[SP-pm] Boas Vindas ao Fabio Navarro

[Andre Carneiro]

eheheh !Mais ou  menos. Aquela época foi o meu primeiro contato com Perl.
Tava perdidinho... uahuahauahauah!!!! Eu fui descobrir Bio::Perl e outras
coisinhas depois de um tempo. Mas o processo 'puro' era isso aí mesmo...

2010/3/5 Alexei Znamensky <russoz at gmail.com>

> 2010/3/5 Andre Carneiro <andregarciacarneiro at gmail.com>
> [...]
>
>> Nessas repetições de sequência, cada nucleotídeo (actg) tinha uma 'nota'.
>> O Consed fazia uma relação entre repetições de nucleotídeos e as notas para
>> montar uma sequência única no final. Como na metodologia 'shotgun' as
>> sequências eram muito pequenas, sempre sobravam muitos 'gaps' para resolver.
>> No meu tempo eu usava o BLAST, *capturando sequencias de DNA de diversos
>> organismos para bater com a sequencia que eu já tinha, na esperança de obter
>> as sequências faltantes*. Esse sistema usa um algoritmo chamado
>> 'Smith-Waterman' para gerar as sobreposições da sequencia que eu enviaria a
>> ele, com as sequencias que ele pega no GenBank,  e assim eu tinha vários
>> resultados com várias notas também. Mas essa nota não era para cada
>> nucleotídeo e sim para as sequencias que ele encontrou, ou se vc preferir, é
>> uma nota de 'similaridade'.
>>
>
> Por acaso não era no Jurassic Park que você trabalhava?
>
> --
> Alexei Znamensky [russoz_gmail_com] [russoz.wordpress.com] [
> www.flickr.com/photos/alexeiz]
> "Though we live in trying times, we're the ones who have to try"
>
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-- 
André Garcia Carneiro
Analista/Desenvolvedor Perl
(11)82907780
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