[Rio-pm] Ajuda

Diogo Leal estranho em diogoleal.com
Quarta Maio 11 12:43:40 PDT 2011


Alias hoje tem Dojo com o brian d fox no centro.

E' uma boa aparecer por la'  Pelo que parece o brian sabe um poquinho de
Perl, entao tu vai poder trocar uma ideia com ele e outros Perl Monges da
lista.



Diogo Leal [aka estranho]
http://diogoleal.com
msn | gtalk: estranho em diogoleal.com



2011/5/11 breno <breno em rio.pm.org>

> Oi André, bem vindo!
>
> Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:
>
> https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod
>
> Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
> Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
> Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
> também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.
>
> Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
> quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
> colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
> aparece =)
>
> Qualquer dúvida, tamos aí!
>
> Bom aprendizado \o/
>
> []s
>
> breno
>
> 2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> > Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
> >
> > É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
> > vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc
> avaliar
> > as taxas.
> > primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito
> sobre
> > esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e
> > como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
> > organismo.
> > partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
> > interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
> > vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que
> os
> > organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
> > Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se nao
> > for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
> > mecanismo de reparo falhe.
> > em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas
> (celulas
> > do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no
> > controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é
> passada
> > para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas
> reprodutivas
> > (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
> >
> > Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria fazer
> um
> > experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as
> mutações
> > (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
> >
> > Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
> > ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.
> > e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
> >
> > Gustavo,
> > fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
> > bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
> > faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
> > computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que
> adiar a
> > entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar
> e
> > me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
> >
> > Abraço pessoal,
> >
> > André Torres.
> > 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
> >>
> >> Então Samir,
> >> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como você
> >> disse.
> >> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o
> problema
> >> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
> >> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu
> pra
> >> entender a minha dúvida...
> >>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que
> você
> >> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",
> >> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer
> valores
> >> tanto para o bem, quanto para o mal.
> >> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre
> o
> >> assunto, aprenderemos juntos!
> >> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se
> exatas)
> >> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação
> entre
> >> estatísticas e como são obtidos os valores.
> >>
> >> []'s
> >>
> >>
> >> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
> >>>
> >>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
> >>> voces pra me dar a dica,
> >>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo
> genetico"?
> >>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre
> qual
> >>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
> >>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior -
> >>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir
> cancer.
> >>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores
> tambem,
> >>> mas queria estudar este fator isolado.
> >>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
> >>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao
> >>> possivel/demorado/custoso e.
> >>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e
> continuamos
> >>> a discussao =)
> >>> Abs
> >>>
> >>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
> >>>>
> >>>> Seja Bem Vindo, André!
> >>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
> >>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
> >>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se
> conhece...
> >>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo
> aqui
> >>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem sido
> MUITO
> >>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma
> pessoa
> >>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também
> saca
> >>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
> >>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
> >>>>
> >>>> []'s
> >>>> Gustavo Souza
> >>>>
> >>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
> >>>>>
> >>>>> Brigado Alexei!
> >>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
> >>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
> >>>>>
> >>>>> Abraço.
> >>>>>
> >>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
> >>>>>>
> >>>>>> bem vindo!
> >>>>>>
> >>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
> >>>>>>>
> >>>>>>> Obrigado Oscar,
> >>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
> >>>>>>>
> >>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada
> na
> >>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se
> arriscar.
> >>>>>>> Abraço.
> >>>>>>>
> >>>>>>> André Torres.
> >>>>>>>
> >>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um treinamento
> >>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
> >>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
> >>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do
> inicio de
> >>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
> >>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
> >>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros
> modulos que
> >>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer as
> >>>>>>>>> coisas direito.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
> >>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> Abraço.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> André Torres.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
> >>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa, busque
> no CPAN se
> >>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
> >>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> boa sorte!
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> ulisses
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> From: André Torres
> >>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
> >>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
> >>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Olá pessoal,
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A minha
> >>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia
> >>>>>>>>>> computacional.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
> >>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa area
> para me
> >>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na
> programação
> >>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Abraço.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> --
> >>>>>>>>>> André Torres
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz
> >>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
> >>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
> >>>>>>>>>>
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> >>>>>>>>>> andre.torres em ufrj.br
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> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,
> >>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
> semelhante."
> >>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
> >>>>>>>>>>
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> >>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
> semelhante."
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> seja
> >>>>>>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
> semelhante."
> >>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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