Alias hoje tem Dojo com o brian d fox no centro. <br><br>E' uma boa aparecer por la' Pelo que parece o brian sabe um poquinho de Perl, entao tu vai poder trocar uma ideia com ele e outros Perl Monges da lista.<br>
<br><br><br clear="all">Diogo Leal [aka estranho]<br><a href="http://diogoleal.com">http://diogoleal.com</a><br>msn | gtalk: <a href="mailto:estranho@diogoleal.com">estranho@diogoleal.com</a><br><br>
<br><br><div class="gmail_quote">2011/5/11 breno <span dir="ltr"><<a href="mailto:breno@rio.pm.org">breno@rio.pm.org</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Oi André, bem vindo!<br>
<br>
Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:<br>
<br>
<a href="https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod" target="_blank">https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod</a><br>
<br>
Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern<br>
Perl, do chromatic (<a href="http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html" target="_blank">http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html</a>).<br>
Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem<br>
também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.<br>
<br>
Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc<br>
quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de<br>
colocar algumas palavras-chaves em "<a href="http://search.cpan.org" target="_blank">search.cpan.org</a>" e ver o que<br>
aparece =)<br>
<br>
Qualquer dúvida, tamos aí!<br>
<br>
Bom aprendizado \o/<br>
<br>
[]s<br>
<br>
breno<br>
<br>
2011/5/9 André Torres <<a href="mailto:andretorresrj@gmail.com">andretorresrj@gmail.com</a>>:<br>
<div><div></div><div class="h5">> Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)<br>
><br>
> É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.<br>
> vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc avaliar<br>
> as taxas.<br>
> primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito sobre<br>
> esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e<br>
> como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de<br>
> organismo.<br>
> partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos<br>
> interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.<br>
> vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que os<br>
> organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.<br>
> Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se nao<br>
> for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o<br>
> mecanismo de reparo falhe.<br>
> em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas (celulas<br>
> do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no<br>
> controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é passada<br>
> para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas reprodutivas<br>
> (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.<br>
><br>
> Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria fazer um<br>
> experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as mutações<br>
> (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).<br>
><br>
> Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as<br>
> ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.<br>
> e-mail: <a href="mailto:andretorresrj@gmail.com">andretorresrj@gmail.com</a> eu uso o gtalk tambem.<br>
><br>
> Gustavo,<br>
> fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da<br>
> bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a<br>
> faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia<br>
> computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que adiar a<br>
> entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar e<br>
> me preparar melhor pra desenvolver o projeto.<br>
><br>
> Abraço pessoal,<br>
><br>
> André Torres.<br>
> 2011/5/8 Gustavo Souza <<a href="mailto:g.cflsouza@gmail.com">g.cflsouza@gmail.com</a>><br>
>><br>
>> Então Samir,<br>
>> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como você<br>
>> disse.<br>
>> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o problema<br>
>> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou<br>
>> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu pra<br>
>> entender a minha dúvida...<br>
>> E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que você<br>
>> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",<br>
>> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer valores<br>
>> tanto para o bem, quanto para o mal.<br>
>> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre o<br>
>> assunto, aprenderemos juntos!<br>
>> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se exatas)<br>
>> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação entre<br>
>> estatísticas e como são obtidos os valores.<br>
>><br>
>> []'s<br>
>><br>
>><br>
>> 2011/5/8 Samir Cury <<a href="mailto:samir.cury.siqueira@cern.ch">samir.cury.siqueira@cern.ch</a>><br>
>>><br>
>>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que<br>
>>> voces pra me dar a dica,<br>
>>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo genetico"?<br>
>>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre qual<br>
>>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,<br>
>>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior -<br>
>>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir cancer.<br>
>>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores tambem,<br>
>>> mas queria estudar este fator isolado.<br>
>>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da<br>
>>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao<br>
>>> possivel/demorado/custoso e.<br>
>>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e continuamos<br>
>>> a discussao =)<br>
>>> Abs<br>
>>><br>
>>> 2011/5/8 Gustavo Souza <<a href="mailto:g.cflsouza@gmail.com">g.cflsouza@gmail.com</a>><br>
>>>><br>
>>>> Seja Bem Vindo, André!<br>
>>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já<br>
>>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]<br>
>>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se conhece...<br>
>>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo aqui<br>
>>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem sido MUITO<br>
>>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma pessoa<br>
>>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também saca<br>
>>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]<br>
>>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P<br>
>>>><br>
>>>> []'s<br>
>>>> Gustavo Souza<br>
>>>><br>
>>>> 2011/5/8 André Torres <<a href="mailto:andretorresrj@gmail.com">andretorresrj@gmail.com</a>><br>
>>>>><br>
>>>>> Brigado Alexei!<br>
>>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava<br>
>>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.<br>
>>>>><br>
>>>>> Abraço.<br>
>>>>><br>
>>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <<a href="mailto:russoz@gmail.com">russoz@gmail.com</a>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> bem vindo!<br>
>>>>>><br>
>>>>>> 2011/5/8 André Torres <<a href="mailto:andretorresrj@gmail.com">andretorresrj@gmail.com</a>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Obrigado Oscar,<br>
>>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada na<br>
>>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se arriscar.<br>
>>>>>>> Abraço.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> André Torres.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <<a href="mailto:oscarbm@gmail.com">oscarbm@gmail.com</a>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> <a href="http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page" target="_blank">http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page</a><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um treinamento<br>
>>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.<br>
>>>>>>>> Vale a pena ler esse link.<br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <<a href="mailto:andretorresrj@gmail.com">andretorresrj@gmail.com</a>><br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal<br>
>>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do inicio de<br>
>>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.<br>
>>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as<br>
>>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros modulos que<br>
>>>>>>>>> o programa me pediu tambem.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer as<br>
>>>>>>>>> coisas direito.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de<br>
>>>>>>>>> acordo com o meu progresso.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> Abraço.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> André Torres.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <<a href="mailto:ulisses@ibiz.com.br">ulisses@ibiz.com.br</a>><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme<br>
>>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa, busque no CPAN se<br>
>>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> CPAN = <a href="http://search.cpan.org/" target="_blank">http://search.cpan.org/</a><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> <a href="http://123bioinformatics.com/?page_id=93" target="_blank">http://123bioinformatics.com/?page_id=93</a><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> <a href="http://search.cpan.org/%7Ecjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm" target="_blank">http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm</a><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu<br>
>>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> boa sorte!<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> ulisses<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> From: André Torres<br>
>>>>>>>>>> To: <a href="mailto:rio-pm@pm.org">rio-pm@pm.org</a><br>
>>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM<br>
>>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Olá pessoal,<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A minha<br>
>>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia<br>
>>>>>>>>>> computacional.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de<br>
>>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa area para me<br>
>>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na programação<br>
>>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Abraço.<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> --<br>
>>>>>>>>>> André Torres<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz<br>
>>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas<br>
>>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> Contatos<br>
>>>>>>>>>> <a href="mailto:andre.torres@ufrj.br">andre.torres@ufrj.br</a><br>
>>>>>>>>>> <a href="mailto:andre.torres@ipec.fiocruz.br">andre.torres@ipec.fiocruz.br</a><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,<br>
>>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."<br>
>>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> ________________________________<br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>>>>>> Rio-pm mailing list<br>
>>>>>>>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
>>>>>>>>>> <a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br>
>>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>>>>>> Rio-pm mailing list<br>
>>>>>>>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
>>>>>>>>>> <a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> --<br>
>>>>>>>>> André Torres<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz<br>
>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas<br>
>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico<br>
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>>>>>>>>> <a href="mailto:andre.torres@ufrj.br">andre.torres@ufrj.br</a><br>
>>>>>>>>> <a href="mailto:andre.torres@ipec.fiocruz.br">andre.torres@ipec.fiocruz.br</a><br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,<br>
>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."<br>
>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>>>>> Rio-pm mailing list<br>
>>>>>>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
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>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> --<br>
>>>>>>>> Oscar Marques<br>
>>>>>>>> <a href="mailto:oscarbm@gmail.com">oscarbm@gmail.com</a><br>
>>>>>>>> <a href="http://www.dunkelheit.com.br" target="_blank">http://www.dunkelheit.com.br</a><br>
>>>>>>>> Twitter: @f117usbr<br>
>>>>>>>> +55 21 9293-9343<br>
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>>>>>>><br>
>>>>>>><br>
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>>>>>>><br>
>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja<br>
>>>>>>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."<br>
>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)<br>
>>>>>>><br>
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>>>>>>> Rio-pm mailing list<br>
>>>>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
>>>>>>> <a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> --<br>
>>>>>> Alexei "RUSSOZ" Znamensky<br>
>>>>>> [russoz_gmail_com] [<a href="http://russoz.wordpress.com" target="_blank">russoz.wordpress.com</a>]<br>
>>>>>> [<a href="http://www.flickr.com/photos/alexeiz" target="_blank">www.flickr.com/photos/alexeiz</a>] [<a href="https://github.com/russoz" target="_blank">https://github.com/russoz</a>]<br>
>>>>>> Only love / Can bring the rain / That makes you yearn to the sky<br>
>>>>>><br>
>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>> Rio-pm mailing list<br>
>>>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
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>>>>><br>
>>>>><br>
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>>>>> André Torres<br>
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>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja<br>
>>>>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."<br>
>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)<br>
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>>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
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>>><br>
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>>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
>>> <a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br>
>><br>
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>> _______________________________________________<br>
>> Rio-pm mailing list<br>
>> <a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
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> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja animal<br>
> ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert<br>
> Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)<br>
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><br>
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