[Rio-pm] Ajuda
Tiago Peczenyj
tiago.peczenyj em gmail.com
Quarta Maio 11 12:03:51 PDT 2011
Hoje um conhecido meu me perguntou como começar em Perl e eu sugeri o
Modern Perl também, assim como o perldoc, perltut, etc.
Agora eu sinto falta de um conjunto de puzzles e desafios para ir
resolvendo e aprendendo, por exemplo. Tem os exemplos do Rosetta code,
tem os algoritmos classicos como Fibonacci, Fatorial, etc, mas o que
vcs indicam de divertido também?
2011/5/11 breno <breno em rio.pm.org>:
> Oi André, bem vindo!
>
> Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:
>
> https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod
>
> Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
> Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
> Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
> também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.
>
> Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
> quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
> colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
> aparece =)
>
> Qualquer dúvida, tamos aí!
>
> Bom aprendizado \o/
>
> []s
>
> breno
>
> 2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
>> Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
>>
>> É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
>> vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc avaliar
>> as taxas.
>> primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito sobre
>> esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e
>> como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
>> organismo.
>> partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
>> interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
>> vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que os
>> organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
>> Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se nao
>> for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
>> mecanismo de reparo falhe.
>> em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas (celulas
>> do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no
>> controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é passada
>> para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas reprodutivas
>> (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
>>
>> Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria fazer um
>> experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as mutações
>> (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
>>
>> Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
>> ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.
>> e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
>>
>> Gustavo,
>> fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
>> bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
>> faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
>> computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que adiar a
>> entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar e
>> me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
>>
>> Abraço pessoal,
>>
>> André Torres.
>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>>
>>> Então Samir,
>>> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como você
>>> disse.
>>> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o problema
>>> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
>>> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu pra
>>> entender a minha dúvida...
>>> E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que você
>>> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",
>>> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer valores
>>> tanto para o bem, quanto para o mal.
>>> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre o
>>> assunto, aprenderemos juntos!
>>> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se exatas)
>>> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação entre
>>> estatísticas e como são obtidos os valores.
>>>
>>> []'s
>>>
>>>
>>> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>>>>
>>>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
>>>> voces pra me dar a dica,
>>>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo genetico"?
>>>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre qual
>>>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
>>>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior -
>>>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir cancer.
>>>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores tambem,
>>>> mas queria estudar este fator isolado.
>>>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>>>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao
>>>> possivel/demorado/custoso e.
>>>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e continuamos
>>>> a discussao =)
>>>> Abs
>>>>
>>>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>>>>
>>>>> Seja Bem Vindo, André!
>>>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
>>>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>>>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se conhece...
>>>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo aqui
>>>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem sido MUITO
>>>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma pessoa
>>>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também saca
>>>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>>>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>>>>>
>>>>> []'s
>>>>> Gustavo Souza
>>>>>
>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>
>>>>>> Brigado Alexei!
>>>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>>>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>>>>>>
>>>>>> Abraço.
>>>>>>
>>>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>>>>>>>
>>>>>>> bem vindo!
>>>>>>>
>>>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>>
>>>>>>>> Obrigado Oscar,
>>>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>>>>>>>>
>>>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada na
>>>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se arriscar.
>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>
>>>>>>>> André Torres.
>>>>>>>>
>>>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um treinamento
>>>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
>>>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>>>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do inicio de
>>>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>>>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
>>>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros modulos que
>>>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer as
>>>>>>>>>> coisas direito.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
>>>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> André Torres.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>>>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa, busque no CPAN se
>>>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>>>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> boa sorte!
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> ulisses
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> From: André Torres
>>>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
>>>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>>>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Olá pessoal,
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A minha
>>>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia
>>>>>>>>>>> computacional.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>>>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa area para me
>>>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na programação
>>>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> --
>>>>>>>>>>> André Torres
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz
>>>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
>>>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Contatos
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>>>>>>>>>>> andre.torres em ipec.fiocruz.br
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,
>>>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
>>>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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