[Rio-pm] Ajuda

Quarta Maio 11 13:29:07 PDT 2011

Olá Breno,

Obrigado pelas indicações. vou tentar baixar os livros que vc me falou. Eu
ainda to me sentindo meio deslocado no mundo das programações perl, mas to
seguindo em frente e estudando os links que o oscar postou sobre o Bioperl.
Mais pra frente quero começar a escrever algumas linhas de comando basico
pra ir me familiarizando.
vou precisar desenvolver pipelines para localizar genes em alguns genomas.
Vou ter muito trabalho pela frente até a proxima seleção.

espero um dia ir tomar cerveja nos encontros, mas nao tao vazio de
conhecimento como estou hoje hehehe. =D

Obrigado.

Abraço.

André Torres.

2011/5/11 Diogo Leal <estranho em diogoleal.com>

> Alias hoje tem Dojo com o brian d fox no centro.
>
> E' uma boa aparecer por la'  Pelo que parece o brian sabe um poquinho de
> Perl, entao tu vai poder trocar uma ideia com ele e outros Perl Monges da
> lista.
>
>
>
> Diogo Leal [aka estranho]
> http://diogoleal.com
> msn | gtalk: estranho em diogoleal.com
>
>
>
> 2011/5/11 breno <breno em rio.pm.org>
>
>> Oi André, bem vindo!
>>
>> Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:
>>
>>
>> https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod
>>
>> Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
>> Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
>> Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
>> também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.
>>
>> Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
>> quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
>> colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
>> aparece =)
>>
>> Qualquer dúvida, tamos aí!
>>
>> Bom aprendizado \o/
>>
>> []s
>>
>> breno
>>
>> 2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
>> > Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
>> >
>> > É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
>> > vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc
>> avaliar
>> > as taxas.
>> > primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito
>> sobre
>> > esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e
>> > como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
>> > organismo.
>> > partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
>> > interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
>> > vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que
>> os
>> > organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
>> > Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se
>> nao
>> > for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
>> > mecanismo de reparo falhe.
>> > em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas
>> (celulas
>> > do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no
>> > controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é
>> passada
>> > para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas
>> reprodutivas
>> > (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
>> >
>> > Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria
>> fazer um
>> > experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as
>> mutações
>> > (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
>> >
>> > Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
>> > ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.
>> > e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
>> >
>> > Gustavo,
>> > fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
>> > bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
>> > faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
>> > computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que
>> adiar a
>> > entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar
>> e
>> > me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
>> >
>> > Abraço pessoal,
>> >
>> > André Torres.
>> > 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>> >>
>> >> Então Samir,
>> >> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como
>> você
>> >> disse.
>> >> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o
>> problema
>> >> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
>> >> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu
>> pra
>> >> entender a minha dúvida...
>> >>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que
>> você
>> >> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",
>> >> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer
>> valores
>> >> tanto para o bem, quanto para o mal.
>> >> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre
>> o
>> >> assunto, aprenderemos juntos!
>> >> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se
>> exatas)
>> >> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação
>> entre
>> >> estatísticas e como são obtidos os valores.
>> >>
>> >> []'s
>> >>
>> >>
>> >> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>> >>>
>> >>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
>> >>> voces pra me dar a dica,
>> >>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo
>> genetico"?
>> >>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre
>> qual
>> >>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
>> >>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior
>> -
>> >>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir
>> cancer.
>> >>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores
>> tambem,
>> >>> mas queria estudar este fator isolado.
>> >>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>> >>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao
>> >>> possivel/demorado/custoso e.
>> >>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e
>> continuamos
>> >>> a discussao =)
>> >>> Abs
>> >>>
>> >>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>> >>>>
>> >>>> Seja Bem Vindo, André!
>> >>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
>> >>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>> >>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se
>> conhece...
>> >>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo
>> aqui
>> >>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem
>> sido MUITO
>> >>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma
>> pessoa
>> >>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também
>> saca
>> >>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>> >>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>> >>>>
>> >>>> []'s
>> >>>> Gustavo Souza
>> >>>>
>> >>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>> >>>>>
>> >>>>> Brigado Alexei!
>> >>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>> >>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>> >>>>>
>> >>>>> Abraço.
>> >>>>>
>> >>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>> >>>>>>
>> >>>>>> bem vindo!
>> >>>>>>
>> >>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>> >>>>>>>
>> >>>>>>> Obrigado Oscar,
>> >>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>> >>>>>>>
>> >>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada
>> na
>> >>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se
>> arriscar.
>> >>>>>>> Abraço.
>> >>>>>>>
>> >>>>>>> André Torres.
>> >>>>>>>
>> >>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>> >>>>>>>>
>> >>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>> >>>>>>>>
>> >>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um
>> treinamento
>> >>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
>> >>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>> >>>>>>>>
>> >>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>> >>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do
>> inicio de
>> >>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>> >>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
>> >>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros
>> modulos que
>> >>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer
>> as
>> >>>>>>>>> coisas direito.
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
>> >>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> Abraço.
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> André Torres.
>> >>>>>>>>>
>> >>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>> >>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa,
>> busque no CPAN se
>> >>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>> >>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> boa sorte!
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> ulisses
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> From: André Torres
>> >>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
>> >>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>> >>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Olá pessoal,
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A
>> minha
>> >>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia
>> >>>>>>>>>> computacional.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>> >>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa
>> area para me
>> >>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na
>> programação
>> >>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Abraço.
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> --
>> >>>>>>>>>> André Torres
>> >>>>>>>>>>
>> >>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz
>> >>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
>> >>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
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>> >>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da
>> criação,
>> >>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>> semelhante."
>> >>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
>> >>>>>>>>>>
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>> >>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>> semelhante."
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>> seja
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"Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja animal
ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert
Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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