[Rio-pm] Ajuda

Quarta Maio 11 13:54:59 PDT 2011

Andre',

Ir aos ES para tirar duvidas e' muito mais que aconselhável.

Diogo Leal [aka estranho]
http://diogoleal.com
msn | gtalk: estranho em diogoleal.com

2011/5/11 André Torres <andretorresrj em gmail.com>

> Olá Breno,
>
> Obrigado pelas indicações. vou tentar baixar os livros que vc me falou. Eu
> ainda to me sentindo meio deslocado no mundo das programações perl, mas to
> seguindo em frente e estudando os links que o oscar postou sobre o Bioperl.
> Mais pra frente quero começar a escrever algumas linhas de comando basico
> pra ir me familiarizando.
> vou precisar desenvolver pipelines para localizar genes em alguns genomas.
> Vou ter muito trabalho pela frente até a proxima seleção.
>
> espero um dia ir tomar cerveja nos encontros, mas nao tao vazio de
> conhecimento como estou hoje hehehe. =D
>
> Obrigado.
>
> Abraço.
>
> André Torres.
>
> 2011/5/11 Diogo Leal <estranho em diogoleal.com>
>
>> Alias hoje tem Dojo com o brian d fox no centro.
>>
>> E' uma boa aparecer por la'  Pelo que parece o brian sabe um poquinho de
>> Perl, entao tu vai poder trocar uma ideia com ele e outros Perl Monges da
>> lista.
>>
>>
>>
>> Diogo Leal [aka estranho]
>> http://diogoleal.com
>> msn | gtalk: estranho em diogoleal.com
>>
>>
>>
>> 2011/5/11 breno <breno em rio.pm.org>
>>
>>> Oi André, bem vindo!
>>>
>>> Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:
>>>
>>>
>>> https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod
>>>
>>> Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
>>> Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
>>> Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
>>> também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.
>>>
>>> Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
>>> quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
>>> colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
>>> aparece =)
>>>
>>> Qualquer dúvida, tamos aí!
>>>
>>> Bom aprendizado \o/
>>>
>>> []s
>>>
>>> breno
>>>
>>> 2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
>>> > Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
>>> >
>>> > É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
>>> > vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc
>>> avaliar
>>> > as taxas.
>>> > primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito
>>> sobre
>>> > esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou
>>> e
>>> > como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
>>> > organismo.
>>> > partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
>>> > interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
>>> > vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo
>>> que os
>>> > organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
>>> > Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se
>>> nao
>>> > for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
>>> > mecanismo de reparo falhe.
>>> > em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas
>>> (celulas
>>> > do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos
>>> no
>>> > controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é
>>> passada
>>> > para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas
>>> reprodutivas
>>> > (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
>>> >
>>> > Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria
>>> fazer um
>>> > experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as
>>> mutações
>>> > (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
>>> >
>>> > Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
>>> > ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em
>>> contato.
>>> > e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
>>> >
>>> > Gustavo,
>>> > fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
>>> > bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
>>> > faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
>>> > computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que
>>> adiar a
>>> > entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra
>>> estudar e
>>> > me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
>>> >
>>> > Abraço pessoal,
>>> >
>>> > André Torres.
>>> > 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>> >>
>>> >> Então Samir,
>>> >> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como
>>> você
>>> >> disse.
>>> >> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o
>>> problema
>>> >> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
>>> >> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu
>>> pra
>>> >> entender a minha dúvida...
>>> >>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que
>>> você
>>> >> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de
>>> resposta",
>>> >> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer
>>> valores
>>> >> tanto para o bem, quanto para o mal.
>>> >> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão
>>> sobre o
>>> >> assunto, aprenderemos juntos!
>>> >> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se
>>> exatas)
>>> >> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação
>>> entre
>>> >> estatísticas e como são obtidos os valores.
>>> >>
>>> >> []'s
>>> >>
>>> >>
>>> >> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>>> >>>
>>> >>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
>>> >>> voces pra me dar a dica,
>>> >>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo
>>> genetico"?
>>> >>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC
>>> sobre qual
>>> >>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
>>> >>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior
>>> -
>>> >>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir
>>> cancer.
>>> >>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores
>>> tambem,
>>> >>> mas queria estudar este fator isolado.
>>> >>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>>> >>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do
>>> quao
>>> >>> possivel/demorado/custoso e.
>>> >>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e
>>> continuamos
>>> >>> a discussao =)
>>> >>> Abs
>>> >>>
>>> >>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>> >>>>
>>> >>>> Seja Bem Vindo, André!
>>> >>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
>>> >>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>>> >>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se
>>> conhece...
>>> >>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito
>>> ativo aqui
>>> >>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem
>>> sido MUITO
>>> >>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma
>>> pessoa
>>> >>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar
>>> também saca
>>> >>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>>> >>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>>> >>>>
>>> >>>> []'s
>>> >>>> Gustavo Souza
>>> >>>>
>>> >>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>> >>>>>
>>> >>>>> Brigado Alexei!
>>> >>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>>> >>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>>> >>>>>
>>> >>>>> Abraço.
>>> >>>>>
>>> >>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>>> >>>>>>
>>> >>>>>> bem vindo!
>>> >>>>>>
>>> >>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>> >>>>>>>
>>> >>>>>>> Obrigado Oscar,
>>> >>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>>> >>>>>>>
>>> >>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada
>>> na
>>> >>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se
>>> arriscar.
>>> >>>>>>> Abraço.
>>> >>>>>>>
>>> >>>>>>> André Torres.
>>> >>>>>>>
>>> >>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>>> >>>>>>>>
>>> >>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>>> >>>>>>>>
>>> >>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um
>>> treinamento
>>> >>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
>>> >>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>>> >>>>>>>>
>>> >>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>>> >>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do
>>> inicio de
>>> >>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>>> >>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
>>> >>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros
>>> modulos que
>>> >>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer
>>> as
>>> >>>>>>>>> coisas direito.
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
>>> >>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> Abraço.
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> André Torres.
>>> >>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>>> >>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa,
>>> busque no CPAN se
>>> >>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>>> >>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> boa sorte!
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> ulisses
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> From: André Torres
>>> >>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
>>> >>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>>> >>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Olá pessoal,
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A
>>> minha
>>> >>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da
>>> biologia
>>> >>>>>>>>>> computacional.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>>> >>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa
>>> area para me
>>> >>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na
>>> programação
>>> >>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> Abraço.
>>> >>>>>>>>>>
>>> >>>>>>>>>> --
>>> >>>>>>>>>> André Torres
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>>> >>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da
>>> criação,
>>> >>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>>> semelhante."
>>> >>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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