[Rio-pm] Ajuda

Quarta Maio 11 15:28:36 PDT 2011

Claro, vou criar umas e com certeza vou perturbar vcs elas, hehe.

2011/5/11 Diogo Leal <estranho em diogoleal.com>

> Andre',
>
> Ir aos ES para tirar duvidas e' muito mais que aconselhável.
>
>
>
> Diogo Leal [aka estranho]
> http://diogoleal.com
> msn | gtalk: estranho em diogoleal.com
>
>
>
> 2011/5/11 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>
>> Olá Breno,
>>
>> Obrigado pelas indicações. vou tentar baixar os livros que vc me falou. Eu
>> ainda to me sentindo meio deslocado no mundo das programações perl, mas to
>> seguindo em frente e estudando os links que o oscar postou sobre o Bioperl.
>> Mais pra frente quero começar a escrever algumas linhas de comando basico
>> pra ir me familiarizando.
>> vou precisar desenvolver pipelines para localizar genes em alguns genomas.
>> Vou ter muito trabalho pela frente até a proxima seleção.
>>
>> espero um dia ir tomar cerveja nos encontros, mas nao tao vazio de
>> conhecimento como estou hoje hehehe. =D
>>
>> Obrigado.
>>
>> Abraço.
>>
>> André Torres.
>>
>> 2011/5/11 Diogo Leal <estranho em diogoleal.com>
>>
>>> Alias hoje tem Dojo com o brian d fox no centro.
>>>
>>> E' uma boa aparecer por la'  Pelo que parece o brian sabe um poquinho de
>>> Perl, entao tu vai poder trocar uma ideia com ele e outros Perl Monges da
>>> lista.
>>>
>>>
>>>
>>> Diogo Leal [aka estranho]
>>> http://diogoleal.com
>>> msn | gtalk: estranho em diogoleal.com
>>>
>>>
>>>
>>> 2011/5/11 breno <breno em rio.pm.org>
>>>
>>>> Oi André, bem vindo!
>>>>
>>>> Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:
>>>>
>>>>
>>>> https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod
>>>>
>>>> Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
>>>> Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
>>>> Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
>>>> também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.
>>>>
>>>> Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
>>>> quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
>>>> colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
>>>> aparece =)
>>>>
>>>> Qualquer dúvida, tamos aí!
>>>>
>>>> Bom aprendizado \o/
>>>>
>>>> []s
>>>>
>>>> breno
>>>>
>>>> 2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
>>>> > Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
>>>> >
>>>> > É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
>>>> > vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc
>>>> avaliar
>>>> > as taxas.
>>>> > primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito
>>>> sobre
>>>> > esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou
>>>> e
>>>> > como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
>>>> > organismo.
>>>> > partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
>>>> > interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
>>>> > vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo
>>>> que os
>>>> > organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
>>>> > Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se
>>>> nao
>>>> > for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
>>>> > mecanismo de reparo falhe.
>>>> > em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas
>>>> (celulas
>>>> > do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos
>>>> no
>>>> > controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é
>>>> passada
>>>> > para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas
>>>> reprodutivas
>>>> > (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
>>>> >
>>>> > Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria
>>>> fazer um
>>>> > experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as
>>>> mutações
>>>> > (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
>>>> >
>>>> > Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
>>>> > ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em
>>>> contato.
>>>> > e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
>>>> >
>>>> > Gustavo,
>>>> > fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
>>>> > bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei
>>>> a
>>>> > faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
>>>> > computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que
>>>> adiar a
>>>> > entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra
>>>> estudar e
>>>> > me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
>>>> >
>>>> > Abraço pessoal,
>>>> >
>>>> > André Torres.
>>>> > 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>>> >>
>>>> >> Então Samir,
>>>> >> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como
>>>> você
>>>> >> disse.
>>>> >> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o
>>>> problema
>>>> >> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
>>>> >> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu
>>>> pra
>>>> >> entender a minha dúvida...
>>>> >>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que
>>>> você
>>>> >> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de
>>>> resposta",
>>>> >> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer
>>>> valores
>>>> >> tanto para o bem, quanto para o mal.
>>>> >> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão
>>>> sobre o
>>>> >> assunto, aprenderemos juntos!
>>>> >> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se
>>>> exatas)
>>>> >> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação
>>>> entre
>>>> >> estatísticas e como são obtidos os valores.
>>>> >>
>>>> >> []'s
>>>> >>
>>>> >>
>>>> >> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>>>> >>>
>>>> >>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
>>>> >>> voces pra me dar a dica,
>>>> >>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo
>>>> genetico"?
>>>> >>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC
>>>> sobre qual
>>>> >>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
>>>> >>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia
>>>> maior -
>>>> >>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir
>>>> cancer.
>>>> >>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores
>>>> tambem,
>>>> >>> mas queria estudar este fator isolado.
>>>> >>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>>>> >>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do
>>>> quao
>>>> >>> possivel/demorado/custoso e.
>>>> >>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e
>>>> continuamos
>>>> >>> a discussao =)
>>>> >>> Abs
>>>> >>>
>>>> >>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>>> >>>>
>>>> >>>> Seja Bem Vindo, André!
>>>> >>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
>>>> >>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>>>> >>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se
>>>> conhece...
>>>> >>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito
>>>> ativo aqui
>>>> >>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem
>>>> sido MUITO
>>>> >>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais
>>>> uma pessoa
>>>> >>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar
>>>> também saca
>>>> >>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>>>> >>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>>>> >>>>
>>>> >>>> []'s
>>>> >>>> Gustavo Souza
>>>> >>>>
>>>> >>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>> >>>>>
>>>> >>>>> Brigado Alexei!
>>>> >>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>>>> >>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>>>> >>>>>
>>>> >>>>> Abraço.
>>>> >>>>>
>>>> >>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>>>> >>>>>>
>>>> >>>>>> bem vindo!
>>>> >>>>>>
>>>> >>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>> >>>>>>>
>>>> >>>>>>> Obrigado Oscar,
>>>> >>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>>>> >>>>>>>
>>>> >>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente
>>>> especializada na
>>>> >>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se
>>>> arriscar.
>>>> >>>>>>> Abraço.
>>>> >>>>>>>
>>>> >>>>>>> André Torres.
>>>> >>>>>>>
>>>> >>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>>>> >>>>>>>>
>>>> >>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>>>> >>>>>>>>
>>>> >>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um
>>>> treinamento
>>>> >>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
>>>> >>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>>>> >>>>>>>>
>>>> >>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>>>> >>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do
>>>> inicio de
>>>> >>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>>>> >>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer
>>>> as
>>>> >>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns
>>>> outros modulos que
>>>> >>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer
>>>> as
>>>> >>>>>>>>> coisas direito.
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas
>>>> de
>>>> >>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> Abraço.
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> André Torres.
>>>> >>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>>>> >>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa,
>>>> busque no CPAN se
>>>> >>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>>>> >>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> boa sorte!
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> ulisses
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> From: André Torres
>>>> >>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
>>>> >>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>>>> >>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Olá pessoal,
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A
>>>> minha
>>>> >>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da
>>>> biologia
>>>> >>>>>>>>>> computacional.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>>>> >>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa
>>>> area para me
>>>> >>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na
>>>> programação
>>>> >>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Abraço.
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> --
>>>> >>>>>>>>>> André Torres
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz
>>>> >>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
>>>> >>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> Contatos
>>>> >>>>>>>>>> andre.torres em ufrj.br
>>>> >>>>>>>>>> andre.torres em ipec.fiocruz.br
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da
>>>> criação,
>>>> >>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar
>>>> seu semelhante."
>>>> >>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
>>>> >>>>>>>>>>
>>>> >>>>>>>>>> ________________________________
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>>>> >>>>>>>>>> Rio-pm mailing list
>>>> >>>>>>>>>> Rio-pm em pm.org
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>>>> >>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da
>>>> criação,
>>>> >>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>>>> semelhante."
>>>> >>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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>>>> seja
>>>> >>>>>>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>>>> semelhante."
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>>>> seja
>>>> >>>>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu
>>>> semelhante."
>>>> >>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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>>>> >> Rio-pm mailing list
>>>> >> Rio-pm em pm.org
>>>> >> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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>>>> >
>>>> >
>>>> > --
>>>> > André Torres
>>>> >
>>>> > Fundação Oswaldo Cruz
>>>> > Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
>>>> > Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
>>>> >
>>>> > Contatos
>>>> > andre.torres em ufrj.br
>>>> > andre.torres em ipec.fiocruz.br
>>>> >
>>>> > "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
>>>> animal
>>>> > ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
>>>> (Albert
>>>> > Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
>>>> >
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>>>> > Rio-pm mailing list
>>>> > Rio-pm em pm.org
>>>> > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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>> --
>> André Torres
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>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
>> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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"Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja animal
ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert
Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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