[Rio-pm] Ajuda

Quarta Maio 11 11:58:16 PDT 2011

Oi André, bem vindo!

Para aprender Perl, vc pode começar com o perlintro:

https://github.com/garu/POD2-PT_BR/blob/master/lib/POD2/PT_BR/perlintro.pod

Se quiser livros, e souber falar inglês, recomendo muito o Modern
Perl, do chromatic (http://onyxneon.com/books/modern_perl/index.html).
Eu comprei o meu mas pode baixar gratuitamente do site oficial. Tem
também o Effective Perl Programming do brian d foy, que é bem legal.

Tem muita coisa bacana no link do BioPerl que o Oscar mandou, e se vc
quiser algo que resolva algum problema específico, lembre-se de
colocar algumas palavras-chaves em "search.cpan.org" e ver o que
aparece =)

Qualquer dúvida, tamos aí!

Bom aprendizado \o/

[]s

breno

2011/5/9 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)
>
> É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
> vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc avaliar
> as taxas.
> primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito sobre
> esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e
> como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
> organismo.
> partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
> interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
> vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que os
> organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.
> Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se nao
> for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
> mecanismo de reparo falhe.
> em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas (celulas
> do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no
> controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é passada
> para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas reprodutivas
> (espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.
>
> Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria fazer um
> experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as mutações
> (tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).
>
> Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
> ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.
> e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.
>
> Gustavo,
> fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
> bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
> faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
> computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que adiar a
> entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar e
> me preparar melhor pra desenvolver o projeto.
>
> Abraço pessoal,
>
> André Torres.
> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>
>> Então Samir,
>> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como você
>> disse.
>> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o problema
>> é que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
>> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu pra
>> entender a minha dúvida...
>>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que você
>> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",
>> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer valores
>> tanto para o bem, quanto para o mal.
>> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre o
>> assunto, aprenderemos juntos!
>> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se exatas)
>> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação entre
>> estatísticas e como são obtidos os valores.
>>
>> []'s
>>
>>
>> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>>>
>>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que
>>> voces pra me dar a dica,
>>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo genetico"?
>>> - sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre qual
>>> o impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi,
>>> celulares, etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior -
>>> leia-se capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir cancer.
>>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores tambem,
>>> mas queria estudar este fator isolado.
>>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao
>>> possivel/demorado/custoso e.
>>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e continuamos
>>> a discussao =)
>>> Abs
>>>
>>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>>>
>>>> Seja Bem Vindo, André!
>>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já
>>>> programava um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se conhece...
>>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo aqui
>>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem sido MUITO
>>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma pessoa
>>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também saca
>>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>>>>
>>>> []'s
>>>> Gustavo Souza
>>>>
>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>
>>>>> Brigado Alexei!
>>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>>>>>
>>>>> Abraço.
>>>>>
>>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>>>>>>
>>>>>> bem vindo!
>>>>>>
>>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>
>>>>>>> Obrigado Oscar,
>>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>>>>>>>
>>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada na
>>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se arriscar.
>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>
>>>>>>> André Torres.
>>>>>>>
>>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>>>>>>>>
>>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>>>>>>>>
>>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um treinamento
>>>>>>>> de Perl na Biologia da UFSCAR.
>>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>>>>>>>>
>>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do inicio de
>>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
>>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros modulos que
>>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer as
>>>>>>>>> coisas direito.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
>>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> André Torres.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa, busque no CPAN se
>>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> boa sorte!
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> ulisses
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> From: André Torres
>>>>>>>>>> To: rio-pm em pm.org
>>>>>>>>>> Sent: Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>>>>>>>>>> Subject: [Rio-pm] Ajuda
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Olá pessoal,
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A minha
>>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia
>>>>>>>>>> computacional.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa area para me
>>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na programação
>>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> --
>>>>>>>>>> André Torres
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Fundação Oswaldo Cruz
>>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
>>>>>>>>>> Laboratório de Micologia Imunodiagnóstico
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Contatos
>>>>>>>>>> andre.torres em ufrj.br
>>>>>>>>>> andre.torres em ipec.fiocruz.br
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,
>>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
>>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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