[Rio-pm] Ajuda

Segunda Maio 9 14:26:10 PDT 2011

Tudo bem Samir? (gustavo, tua resposta ta no final)

É um estudo muito interessante, mas vai te dar trabalho.
vou colocar algumas coisas que eu pensaria como experimento para vc avaliar
as taxas.
primeiramente, vc tem que procurar na literatura o que ja existe feito sobre
esse assunto. quais aparelhos, quais tipos de ondas o pessoal utilizou e
como eles avaliaram as taxas de mutação em uma determinada espécie de
organismo.
partindo para o experimento, vc tem que desenhar quais serao os alvos
interessantes para vc conseguir essa taxa. ai é que começa o problema.
vc precisa entender como as mutações ocorrem, os mecanimos de reparo que os
organismos possuem e como elas sao fixadas nas gerações.

Ex: em um organismo assexuado como as bactérias e virus, a mutação se nao
for maléfica, sera passada para a proxima geração imediatamente caso o
mecanismo de reparo falhe.
em organismos sexuados, a mutação pode ocorrer em celulas somáticas (celulas
do corpo). isso pode causar cancer caso os genes que estao envolvidos no
controle do ciclo celular tenha sido modificado. essa mutação nao é passada
para as gerações seguintes. as mutações que ocorrem em celulas reprodutivas
(espermatozoides e ovulos) sao passadas para as proximas gerações.

Acredito que a forma mais facil de vc realizar esse trabalho, seria fazer um
experimento com bacteria Ecoli e definir como vc vai localizar as mutações
(tecnicas moleculares e/ou de sequenciamento).

Nao sei se coloquei muita coisa tecnica, mas se vc quiser ajuda com as
ideias ou se precisar discutir pra criar novas ideias, entra em contato.
e-mail: andretorresrj em gmail.com eu uso o gtalk tambem.

Gustavo,
fico feliz de saber que nao to sozinho nesse mundo da
bioinformatica uhaehueahuae. a minha historia é complexa. Eu terminei a
faculdade agora no final do ano e passei no mestrado da biologia
computacional e sistema do IOC. como passei em um concurso, tive que adiar a
entrada para o proximo ano. A melhor coisa disso é ter tempo pra estudar e
me preparar melhor pra desenvolver o projeto.

Abraço pessoal,

André Torres.
2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>

> Então Samir,
> Acho que seria legal você postar o seu material ou suas idéias como você
> disse.
> Eu por exemplo, tenho alguns materiais legais sobre o assunto, o problema é
> que eu não sei também se o foco será mais pra parte biológica ou
> "tecnológica" em si... não sei se me expressei bem, mas creio que deu pra
> entender a minha dúvida...
>  E em relação a padronização, a resposta é sim. Todas tecnologias que você
> citou (wi-fi, celulares, etc) possuem cada um o seu "grau de resposta",
> porém, há uma forma que é utilizada para se padronizar e estabalecer valores
> tanto para o bem, quanto para o mal.
> Acho que é só isso. Caso seja interessante pra você uma discussão sobre o
> assunto, aprenderemos juntos!
> O André por ser biólogo, tem mais conhecimento que eu (que sou se exatas)
> nesse assunto, eu me pronunciei mais pelo fato de rolar uma relação entre
> estatísticas e como são obtidos os valores.
>
> []'s
>
>
>
> 2011/5/8 Samir Cury <samir.cury.siqueira em cern.ch>
>
>> Galera, aproveitando o gancho, acho que nao tem pessoas melhores que voces
>> pra me dar a dica,
>>
>> Existe alguma padronizacao para "analise de mutacao de codigo genetico"? -
>> sou totalmente leigo na area, mas ja pensei em fazer minha TCC sobre qual o
>> impacto biologico do oceano eletromagnetico que nos cerca (wi-fi, celulares,
>> etc) - que cada vez tem uma frequencia, logo energia maior - leia-se
>> capacidade de mutacao - leia-se possibilidade de induzir cancer.
>>
>> Sei que mutacao ocorre naturalmente e por diversos outros fatores tambem,
>> mas queria estudar este fator isolado.
>>
>> Ja imagino como simular o fenomeno fisico, mas esbarrei na parte da
>> estatistica genetica que sou totalmente leigo e nao faco ideia do quao
>> possivel/demorado/custoso e.
>>
>> Posso postar mais detalhes (numa outra thread se quiserem) e continuamos a
>> discussao =)
>>
>> Abs
>>
>>
>> 2011/5/8 Gustavo Souza <g.cflsouza em gmail.com>
>>
>>> Seja Bem Vindo, André!
>>> Eu "trabalho" [estudo] na área, sou "novo" em Perl também e já programava
>>> um pouco em Pyhton... [que venham as brincadeiras rsrs]
>>> Programo muito utilizando a teoria do Buijn Graph, não sei se conhece...
>>> pra sequenciamento genético... então, apesar de não estar muito ativo aqui
>>> na lista e nos ES, sempre leio tudo que é enviado e acredite, tem sido MUITO
>>> útil. Sempre há uma forma de nos ajudarmos! Legal saber que mais uma pessoa
>>> que foca nessa área entrou no grupo, e legal saber que o Oscar também saca
>>> desse assunto. [muitas perguntas serão feitas rs]
>>> Enfim, Bioinformática aqui também! ;P
>>>
>>> []'s
>>> Gustavo Souza
>>>
>>>
>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>
>>>> Brigado Alexei!
>>>> Foi legal encontrar um lugar para debater com o pessoal. tava
>>>> completamente perdido sem saber por onde começar.
>>>>
>>>> Abraço.
>>>>
>>>> 2011/5/8 Alexei Znamensky <russoz em gmail.com>
>>>>
>>>>> bem vindo!
>>>>>
>>>>>
>>>>> 2011/5/8 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>
>>>>>> Obrigado Oscar,
>>>>>> vou verificar a pagina. ainda tenho muito o que aprender.
>>>>>>
>>>>>> Acredite, tem muito laboratório precisando de gente especializada na
>>>>>> area da informática, mas é dificil encontrar gente que queira se arriscar.
>>>>>> Abraço.
>>>>>>
>>>>>> André Torres.
>>>>>>
>>>>>> 2011/5/8 Oscar Marques <oscarbm em gmail.com>
>>>>>>
>>>>>>> http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
>>>>>>>
>>>>>>> Tempos atras, abri uma thread sobre isso, eu ia dar um treinamento de
>>>>>>> Perl na Biologia da UFSCAR.
>>>>>>> Vale a pena ler esse link.
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> 2011/5/6 André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>
>>>>>>>> Opa, tudo bem rapaz?
>>>>>>>>
>>>>>>>> cara, eu ja dei uma olhada nas rotinas prontas que o pessoal
>>>>>>>> deposita no CPAN, mas o problema é que vou ter que começar do inicio de
>>>>>>>> verdade. ja estou fora da programação há bastante tempo.
>>>>>>>> eu baixei o bioperl, mas preciso saber como instalar e fazer as
>>>>>>>> coisas funcionarem de verdade. tenho que instalar alguns outros modulos que
>>>>>>>> o programa me pediu tambem.
>>>>>>>>
>>>>>>>> enfim ... ainda vou ter que bater muita cabeça pra saber fazer as
>>>>>>>> coisas direito.
>>>>>>>>
>>>>>>>> obrigado pelas dicas cara. eu vou mandando as minhas duvidas de
>>>>>>>> acordo com o meu progresso.
>>>>>>>>
>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>
>>>>>>>> André Torres.
>>>>>>>>
>>>>>>>> 2011/5/6 Ulisses-IBIZ <ulisses em ibiz.com.br>
>>>>>>>>
>>>>>>>>>  Andre, tb sou novo aqui na lista RJ.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Se vc é novo em Perl, suponho que não conheça o CPAN (enorme
>>>>>>>>> repositório de módulos prontos; antes de fazer qqe coisa, busque no CPAN se
>>>>>>>>> alguém já não fez algo parecido). CPAN is your best friend.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> CPAN = http://search.cpan.org/
>>>>>>>>>  Bioinformatics CPAN Modules / Bioinformatics CPAN Modules
>>>>>>>>> http://123bioinformatics.com/?page_id=93
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.900/BioPerl.pm
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Não tenho formação em Bio; esses links podem ter algo do seu
>>>>>>>>> interesse ou mesmo aplicabilidade direta ou indireta...
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> boa sorte!
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> ulisses
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> *From:* André Torres <andretorresrj em gmail.com>
>>>>>>>>> *To:* rio-pm em pm.org
>>>>>>>>> *Sent:* Friday, May 06, 2011 9:58 PM
>>>>>>>>> *Subject:* [Rio-pm] Ajuda
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Olá pessoal,
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> estava olhando o site/grupo de vcs e achei interessante. A minha
>>>>>>>>> intenção, é aprender perl para ser aplicado na area da biologia
>>>>>>>>> computacional.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Fiz biologia, mas antes disso fiz tecnico em processamento de
>>>>>>>>> dados. Queria entrar em contato pessoas que trabalham nessa area para me
>>>>>>>>> inteirar melhor das condições que tenho para me inserir na programação
>>>>>>>>> voltada pra area da biologia.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Obrigado e boa noite a todos.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Abraço.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> --
>>>>>>>>> André Torres
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>>>>>>>>> Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
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>>>>>>>>> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,
>>>>>>>>> seja animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
>>>>>>>>> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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