[bcn-pm] DNA sequencing

[Joaquín Ferrero]

El 3/6/19 a las 8:07, alessandra.borgognone a unavarra.es escribió:
> Buenos días!
> Que bien Javier! Se trata de un modulo BioPerl?
>
> Hasta pronto,
> Alessandra
>
>
> El Vie, 31 de Mayo de 2019, 16:18, Javier Arturo Rodriguez escribió:
>> Buena tarde Mongers!
>>
>> Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y
>> hamburguesa para sacar adelante el problema:
>>
>>
>> #!/usr/bin/env perl
>> use strict;
>>
>> my $dna =
>> q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/;
>>
>> for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) {
>>      print "grp: $_\n     ";
>>      my @split = $_=~m/(...)/g;
>>      print join(" ", @split), "\n";
>> }
>>
>>
>> La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos
>> múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y
>> la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres
>> caracteres.
>>
>> Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante.
>> Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura...
>>
>> Saludos,
>>
>> -Javier Arturo Rodríguez
>>
Pero... haciéndolo así, estamos buscando "GAT" en cualquier posición de la cadena.

Pero si estamos buscando codones, debemos hacerlo en múltiplos de tres...

JF


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