<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div class="moz-cite-prefix">El 3/6/19 a las 8:07,
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:alessandra.borgognone@unavarra.es">alessandra.borgognone@unavarra.es</a> escribió:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:51978d0d1089e1449c14d0326ae7f46f.squirrel@webmail.unavarra.es">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">Buenos días!
Que bien Javier! Se trata de un modulo BioPerl?
Hasta pronto,
Alessandra
El Vie, 31 de Mayo de 2019, 16:18, Javier Arturo Rodriguez escribió:
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">Buena tarde Mongers!
Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y
hamburguesa para sacar adelante el problema:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
my $dna =
q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/;
for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) {
print "grp: $_\n ";
my @split = $_=~m/(...)/g;
print join(" ", @split), "\n";
}
La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos
múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y
la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres
caracteres.
Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante.
Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura...
Saludos,
-Javier Arturo Rodríguez
</pre>
</blockquote>
</blockquote>
<p>Pero... haciéndolo así, estamos buscando "GAT" en cualquier
posición de la cadena.</p>
<p>Pero si estamos buscando codones, debemos hacerlo en múltiplos de
tres...</p>
JF<br>
<p><br>
</p>
</body>
</html>