[bcn-pm] DNA sequencing

[alessandra.borgognone a unavarra.es]

Buenos días!
Que bien Javier! Se trata de un modulo BioPerl?

Hasta pronto,
Alessandra


El Vie, 31 de Mayo de 2019, 16:18, Javier Arturo Rodriguez escribió:
> Buena tarde Mongers!
>
> Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y
> hamburguesa para sacar adelante el problema:
>
>
> #!/usr/bin/env perl
> use strict;
>
> my $dna =
> q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/;
>
> for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) {
>     print "grp: $_\n     ";
>     my @split = $_=~m/(...)/g;
>     print join(" ", @split), "\n";
> }
>
>
> La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos
> múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y
> la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres
> caracteres.
>
> Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante.
> Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura...
>
> Saludos,
>
> -Javier Arturo Rodríguez
>
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