[Rio-pm] Como traduzir uma página HTML para XML

Cleysinho cleysinhonv em gmail.com
Quarta Fevereiro 8 02:42:17 PST 2012


Olá Wagner,

Eu estou elaborando uma abordagem *in silico* por estudo de vias
metabólicas. A dinâmica desse estudo me direciona para um passo anterior a
esse com uma abordagem do BLAST no KEEG para que eu chegue ate a essa
página por meio de um número de acesso
(pte:PTT_17669<http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669>).
O que na verdade preciso é chegar ao número de acesso da Ortologia
K01899<http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01899>.
Porém vi que lá possuem informações que podem ser importantes para traçar
uma nova linha de estudo. Embora não sei se estas informaçẽos pode ser
encontradas no NCBI, se elas estiverem lá seriam mais fáceis de adquiri-las
usando o Bioperl, no qual uso em algumas funcionalidades do sistema. A
opção pelo KEEG por aparecer em sua maioria nas novas publicações , mas
confesso que conheço pouco do grande potencial do Bioperl.

Por outro lado se você conhecer uma saída semelhante seria de ótimo.

Abraços

2012/2/7 Wagner Arbex <arbex em arbex.pro.br>

> Olá, Cleydson;
>
> Vc tem quer ler essa página do KEGG ou vc consegue essas infs da proteína
> no NCBI? Minha pergunta é pq vc tem serviços - muitos, por sinal -
> disponibilizados pelo NCBI que são facilmente acessados em Perl e que te
> retornam "todas" as infs que vc precisa.  Amanhã posso te passar mais
> dicas.
>
> Salvo engano, uma outra opção, como vc deve saber, é usar BioPerl. Esse
> "treco" não é tão feio como parece :)
>
> []s e até mais.
> --
>    Wagner Arbex, DSc
>    Bioinformatics, Modeling and Simulation
>    http://www.arbex.pro.br/
>
>    Sent from my iPad
>
> On 07/02/2012, at 18:00, Cleysinho <cleysinhonv em gmail.com> wrote:
>
> Olá pessoal,
>
>
> Estou com um desafio intessante que esta me custando algumas horas da
> minha madrugada. Estou usando expressão regular para extrair resultado de
> uma página (usando www::mechanize), o módulo esta até elegante, mas a
> dinâmica dos resultados da página faz com que a expressão regular fure em
> algum momento da análise. Devido essa dinâmica entendi que seria mais
> "simples" transformar a página html em xml, o delicioso de tudo isso é que
> não faço idéia de como fazer inicialmente. Se alguém souber como posso
> fazer, poderia me dar alguma dica ou sugerir algum módulo  se não lhes
> custar o tempo.
>
> A página
> http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669
>
> Abraços,
>
> --
> **
> .: Inteligência Coletiva :.
> Uma inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial.
> Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na
> humanidade’. (Pierre Lévy)
> www.cleysinho.blogspot.com
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>
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