Olá Wagner,<br><br>Eu estou elaborando uma abordagem <i>in silico</i> por estudo de vias metabólicas. A dinâmica desse estudo me direciona para um passo anterior a esse com uma abordagem do BLAST no KEEG para que eu chegue ate a essa página por meio de um número de acesso (<a href="http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669" target="_blank">pte:PTT_17669</a>). O que na verdade preciso é chegar ao número de acesso da Ortologia <a href="http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01899">K01899</a>. Porém vi que lá possuem informações que podem ser importantes para traçar uma nova linha de estudo. Embora não sei se estas informaçẽos pode ser encontradas no NCBI, se elas estiverem lá seriam mais fáceis de adquiri-las usando o Bioperl, no qual uso em algumas funcionalidades do sistema. A opção pelo KEEG por aparecer em sua maioria nas novas publicações , mas confesso que conheço pouco do grande potencial do Bioperl.<br>
<br>Por outro lado se você conhecer uma saída semelhante seria de ótimo.<br><br>Abraços<br><br><div class="gmail_quote">2012/2/7 Wagner Arbex <span dir="ltr"><<a href="mailto:arbex@arbex.pro.br">arbex@arbex.pro.br</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF"><div>Olá, Cleydson;</div><div><br></div><div>Vc tem quer ler essa página do KEGG ou vc consegue essas infs da proteína no NCBI? Minha pergunta é pq vc tem serviços - muitos, por sinal - disponibilizados pelo NCBI que são facilmente acessados em Perl e que te retornam "todas" as infs que vc precisa.  Amanhã posso te passar mais dicas. </div>
<div><br></div><div>Salvo engano, uma outra opção, como vc deve saber, é usar BioPerl. Esse "treco" não é tão feio como parece :)<br><br>[]s e até mais. <span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>--<div>   <span>Wagner Arbex, DSc</span></div>
<div>   Bioinformatics, Modeling and Simulation</div>   <a href="http://www.arbex.pro.br/" target="_blank">http://www.arbex.pro.br/</a><div><br></div><div>   Sent from my iPad</div></font></span></div><div><div class="h5">
<div><br>On 07/02/2012, at 18:00, Cleysinho <<a href="mailto:cleysinhonv@gmail.com" target="_blank">cleysinhonv@gmail.com</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>Olá pessoal,<br><br><br clear="all">
Estou com um desafio intessante que esta me custando algumas horas da minha madrugada. Estou usando expressão regular para extrair resultado de uma página (usando www::mechanize), o módulo esta até elegante, mas a dinâmica dos resultados da página faz com que a expressão regular fure em algum momento da análise. Devido essa dinâmica entendi que seria mais "simples" transformar a página html em xml, o delicioso de tudo isso é que não faço idéia de como fazer inicialmente. Se alguém souber como posso fazer, poderia me dar alguma dica ou sugerir algum módulo  se não lhes custar o tempo.<br>

<br>A página<br><a href="http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669" target="_blank">http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669</a><br><br>Abraços,<br><br>-- <br><div style="font-family:'Lucida Grande',Geneva,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;line-height:21px">

<span style="font-family:arial;line-height:normal"><span style="font-family:sans-serif;line-height:19px"><b></b></span></span></div><div style="font-family:tahoma,sans-serif;line-height:21px"><div>
<span style="font-size:13px;line-height:21px"><div><span style="font-size:13px;line-height:21px">.: Inteligência Coletiva :.</span></div>Uma
 inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial. 
Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na 
humanidade’. (</span><span style="font-size:13px;line-height:21px">Pierre Lévy)</span>
</div></div><div><a style="font-family:tahoma,sans-serif" href="http://www.cleysinho.blogspot.com" target="_blank">www.cleysinho.blogspot.com</a><br><a href="http://www.bioinfopop.ufv.br" target="_blank">www.bioinfopop.ufv.br</a><br>

<span style="font-family:tahoma,sans-serif"></span></div><div style="display:inline"></div><br>
</div></blockquote></div></div><div class="im"><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>Rio-pm mailing list</span><br><span><a href="mailto:Rio-pm@pm.org" target="_blank">Rio-pm@pm.org</a></span><br>
<span><a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a></span></div></blockquote></div></div><br>_______________________________________________<br>
Rio-pm mailing list<br>
<a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
<a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div style="font-family:'Lucida Grande',Geneva,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;line-height:21px">
<span style="font-family:arial;line-height:normal"><span style="font-family:sans-serif;line-height:19px"><b></b></span></span></div><div style="font-family:tahoma,sans-serif;line-height:21px"><div>
<span style="font-size:13px;line-height:21px"><div><span style="font-size:13px;line-height:21px">.: Inteligência Coletiva :.</span></div>Uma
 inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial. 
Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na 
humanidade’. (</span><span style="font-size:13px;line-height:21px">Pierre Lévy)</span>
</div></div><div><a style="font-family:tahoma,sans-serif" href="http://www.cleysinho.blogspot.com" target="_blank">www.cleysinho.blogspot.com</a><br><a href="http://www.bioinfopop.ufv.br" target="_blank">www.bioinfopop.ufv.br</a><br>
<span style="font-family:tahoma,sans-serif"></span></div><div style="display:inline"></div><br>