[SP-pm] Perl and Bioinformatics

[Gabriel Vieira]

Acho que a melhor maneira de se introduzir PBP neste caso é por
mini-curso usando BioPerl.
Como palestra não acho que vá interessar tanta gente.

2010/3/29 Otavio Pereira <otavio.pereira em gmail.com>:
> Quanto ao PBP, é interessante se o cara quiser desenvolver algo um pouco
> mais durável, para que outros do seu grupo de pesquisa possam usar e
> manter,.
>
> Sempre vamos precisar de algo 'quick-and-dirty', mas pra algo que vc fizer
> continuar sendo usado, desenvolvido e rendendo citações, precisa ser um
> código bem escrito, então sou totalmente a favor de PBP.
>
> Um primer de bioperl seria legal tb! Eu por exemplo estava tentando usar os
> módulos de pdb em perl, e não rolou... acabei indo no 'quick-and-dirty' (no
> caso um HoA) e  resolvi meu problema pra começar a escrever o projeto, mas
> gostaria de ter feito algo mais durável que no mínimo usaria novamente mas
> tb que pudesse disponibilizar para os colegas do grupo.
>
> Abç,
>
> Otávio
>
>
> 2010/3/28 Ramon Vidal <ramon.vidal em gmail.com>
>>
>> Sm, o Bioperl é bastante abrangente, tem biblioteca pra qq coisa em bio, e
>> tem parser para outputs de qq programa também.
>> Vc tem razão, eu acho q nao conheço nem metade do que o bioperl pode fazer
>> por mim, deveria ter uma apresentação sobre ele... Será q o Jason topa? rsrs
>>
>> Ramon Vidal
>>
>> Laboratório de Genômica e Expressão - LGE
>> Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP
>>
>>
>>
>>
>> 2010/3/28 Andre Carneiro <andregarciacarneiro em gmail.com>
>>>
>>> Não sei se já foi feito, mas quando eu lidava com isso, acabei
>>> descobrindo Bioperl sozinho... Será que ainda hoje é assim? Bioperl é
>>> bastante abrangente no sentido de que a maior parte das áreas que envolvem
>>> bioinoformática tem algum módulo para resolver problemas relacionados(Embora
>>> eu não tenha usado tanto assim).
>>> Indo ao ponto, não seria legal ter uma apresentação de Bioperl no evento?
>>> Apresentando as facilidades, recursos, 'black magic of perl' usando Bioperl,
>>> etc???
>>>
>>>
>>>
>>> Cheers!
>>>
>>> 2010/3/26 Ramon Vidal <ramon.vidal em gmail.com>
>>>>
>>>> Acho q ambos seriam interessantes... É so apresentar um PBP softcore, se
>>>> é q existe isso. Existem bioinformatas que se dedicam no desenvolvimento
>>>> mais aprimorado e aqueles que querem o resultado para ontem (o que realmente
>>>> é a maioria). Então tem público de todo o tipo
>>>>
>>>>
>>>> Ramon Vidal
>>>>
>>>> Laboratório de Genômica e Expressão - LGE
>>>> Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> 2010/3/26 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>
>>>>>
>>>>> Ok Eden, então vou só para pagar a primeira rodada e entregar os
>>>>> crachas :D, vc fala de PDL :D
>>>>>
>>>>> Solli M. Honório
>>>>>
>>>>> Em 26 de março de 2010 17:12, Eden Cardim <edencardim em gmail.com>
>>>>> escreveu:
>>>>>>
>>>>>> 2010/3/26 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>:
>>>>>> > Wagner,
>>>>>> >
>>>>>> > O meu 'apoio' + 5 reais paga o café na esquina, então vou fazer o
>>>>>> > seguinte,
>>>>>> > vou pagar a 1o. rodada de cerveja no evento, como contribuição. Por
>>>>>> > favor,
>>>>>> > toque o barco.
>>>>>> >
>>>>>> > Precisamos saber que tipo de palestra seria interessante para um
>>>>>> > evento
>>>>>> > deste. Eu, por exemplo, não conheço nada de Bio, mas poderia fazer
>>>>>> > uma
>>>>>> > palestra relacionada ao PBP (Perl Best Practice).
>>>>>>
>>>>>> Não sei se PBP seria atrativo pra esse tipo de público, pela minha
>>>>>> parca experiência, bioinformatas tendem a preferir coisas que possam
>>>>>> ser aplicados imediatamente para obter resultados. Por exemplo, andei
>>>>>> dando uma olhada no PDL durante minha internação e acho que isso seria
>>>>>> algo mais interessante para um bioinformata do que a meta-informação
>>>>>> do PBP.
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>>   Eden Cardim       Need help with your Catalyst or DBIx::Class
>>>>>> project?
>>>>>>  Code Monkey                    http://www.shadowcat.co.uk/catalyst/
>>>>>>  Shadowcat Systems Ltd.  Want a managed development or deployment
>>>>>> platform?
>>>>>> http://edenc.vox.com/            http://www.shadowcat.co.uk/servers/
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>>> (11)82907780
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