[Rio-pm] extraindo strings de um arquivo
André Torres
andretorresrj em gmail.com
Quarta Junho 6 17:21:51 PDT 2012
Gabriel e Breno, muito obrigado pela ajuda.
no caso da duplicação de resultados, eu vou precisar manter pq senao vou
perder dados. entao eu guardei a sua dica sobre como filtrar os
dados duplicados (eu testei e ela funcionou) pra utilizar em outro script.
vai ser super útil. =D
eu entendi os passos da variavel temporária, fiz um script e deixei
separado com essa estrutura caso eu precise.
agora eu preciso pegar os outros scripts que eu fiz e montar um workflow do
tipo que a saida de um programa vai ser a entrada do outro. vou quebrar a
minha cabeça e qualquer duvida venho pedir ajuda aos mestres.
abraço.
André Torres.
Em 4 de junho de 2012 06:41, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>escreveu:
> Gabriel++, o Andre parece que é da bioinformatica, na bioinformatica ja
> deparei com problema parecido, e a minha solução superou a marca de 8
> linhas, ao passo que apenas com '
>
> push @array, $key unless exists $hash{$key};' você resolveu. Obrigado, acabastes de me ajudar sem eu pedir.
>
>
> > From: gabriel.vieira em gmail.com
> > Date: Mon, 4 Jun 2012 01:57:05 -0300
> > To: rio-pm em pm.org
> > Subject: Re: [Rio-pm] extraindo strings de um arquivo
>
> >
> > Sort mantém ordenada de acordo com os nomes da chave, não de acordo
> > com o momento que as chaves foram criadas.
> >
> > Se for isso que você quer, então sim, use. :)
> >
> > Dê uma lida no perlfunc do sort para saber como lidar com sort de
> > números e de palavras.
> >
> > 2012/6/4 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> > > Eu consegui achar uma resposta pra isso e acredito que a melhor forma
> seria
> > > usar o sort para manter as chaves ordenadas.
> > > esse foi o link que comenta sobre os valores serem retornados
> > > aleatoriamente. http://perldoc.perl.org/functions/keys.html
> > >
> > > o que vcs acham?
> > >
> > > Abraço.
> > >
> > >
> > > Em 4 de junho de 2012 00:32, André Torres <andretorresrj em gmail.com>
> > > escreveu:
> > >
> > >> Gabriel e Breno,
> > >>
> > >> Obrigado pelas respostas super úteis.
> > >> Entao, eu fiz as modificações que vcs me sugeriram. O fato de colocar
> a
> > >> hash para ordenar os 2 valores em função do nome foi ótimo, pq ja vou
> saber
> > >> que nomes tiveram mais de duas repetições para "triad" e "binding".
> Agora,
> > >> tenho uma duvida como os valores sao lidos e guardados na hash, pois
> o meu
> > >> output nao sai ordenado pelo nome como no arquivo input. eu fiz algo
> errado,
> > >> ou existe uma forma de deixar a lista ordenada pelos nomes da mesma
> forma
> > >> que o input?
> > >> em relação ao resto do codigo, eu cosegui compreender as soluções,
> exceto
> > >> por uma das soluções que o Gabriel deu em relação a ler a nova antiga
> e a
> > >> linha atual.
> > >> o código modificado vai no final do texto.
> > >>
> > >> Muito obrigado.
> > >>
> > >> André Torres.
> > >>
> > >>
> > >> exemplo de input X output:
> > >> input:
> > >> name
> > >> 32
> > >> 45
> > >> 65
> > >> ...
> > >>
> > >> output:
> > >> name
> > >> 65
> > >> 32
> > >> 45
> > >> ...
> > >>
> > >>
> ________________________________________________________________________
> > >> #!/usr/bin/perl
> > >> use strict;
> > >> use warnings;
> > >>
> > >> #my $hmm_name = $ARGV[0];
> > >> my @name_seq;
> > >> my $line;
> > >> #my $linha_atual;
> > >> #my $linha_anterior;
> > >> my $triad;
> > >> my $T;
> > >> my $BP;
> > >>
> > >> my $hmm_name = shift;
> > >>
> > >> open my $fh, '<', $hmm_name or die "Error: $!";
> > >> my %sequencias = ();
> > >> while (<$fh>){
> > >> next unless /^Q#/;
> > >> my @name_seq = split /\s+/;
> > >> if ($name_seq[5] eq 'triad' or $name_seq[5] eq 'binding'){
> > >> $triad = $name_seq[-4];
> > >> }
> > >> else{
> > >> print "nao existe triade ou binding poket"; #caso $triad
> recupere
> > >> algum valor diferente de 'triad' ou 'binding'
> > >> }
> > >> $sequencias{$name_seq[2]} .='|***'. $triad; #define
> $name_seq[2]
> > >> como a chave
> > >> }
> > >> foreach my $seq (keys %sequencias){ # o valor de cada chave
> > >> organizada na hash é passada para a variavel $seq.
> > >> print $seq . $sequencias{ $seq } . "\n"; #imprime a chave e
> os
> > >> campos relacionados a cada uma.
> > >> }
> > >> close $fh;
> > >> exit;
> > >>
> > >>
> ___________________________________________________________________________________
> > >>
> > >>
> > >>
> > >>
> > >>
> > >> Em 2 de junho de 2012 18:34, breno <breno em rio.pm.org> escreveu:
> > >>
> > >>> Boa Gabriel!
> > >>>
> > >>> André, usando as dicas dele, que tal a seguinte versão:
> > >>>
> > >>> ------------------->8-------------------
> > >>> my $hmm_name = shift;
> > >>>
> > >>> open my $fh, '<', $hmm_name
> > >>> or die "Error: $!";
> > >>>
> > >>> my %sequencias = ();
> > >>>
> > >>> while (<$fh>) {
> > >>> next unless /^Q#/;
> > >>>
> > >>> my @name_seq = split /\s+/;
> > >>>
> > >>> my ($name_seq, $triad) = @name_seq[2,5];
> > >>>
> > >>> if ($triad eq 'triad' or $triad eq 'binding') {
> > >>> $sequencias{ $name_seq } .= '|' . $name_seq[-4];
> > >>> }
> > >>> }
> > >>>
> > >>> foreach my $seq (keys %sequencias) {
> > >>> print $seq . $sequencias{ $seq } . "\n";
> > >>> }
> > >>>
> > >>> close $fh;
> > >>> -------------------8<-------------------
> > >>>
> > >>> Você consegue entender o que cada parte está fazendo? Isso te atende?
> > >>> Preste atenção nas dicas do Gabriel e não deixe de responder se tiver
> > >>> alguma dúvida!
> > >>>
> > >>>
> > >>> []s
> > >>>
> > >>> -b
> > >>>
> > >>> 2012/6/2 Gabriel Vieira <gabriel.vieira em gmail.com>:
> > >>> > 1) Sempre inicie os seus programas com:
> > >>> >
> > >>> > use strict;
> > >>> > use warnings;
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 2) Use o open com 3 parâmetros:
> > >>> >
> > >>> > open my $f, '<', $hmm_name or die "Error: $!";
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 3) Evite usar a variável especial $_, declare uma variável para
> > >>> > receber o conteúdo:
> > >>> >
> > >>> > while ( my $line = <$f> ) {
> > >>> >
> > >>> > 4) Declare suas variáveis, sempre:
> > >>> >
> > >>> > my @name_seq = split /\s+/, $line;
> > >>> > my $name_seq = $name_seq[2];
> > >>> > my $triad = $name_seq[5];
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 5) == é comparador numérico:
> > >>> >
> > >>> > perl -E 'my $a = "b"; say $a == "a"'
> > >>> >
> > >>> > Sempre que os dois valores estiverem preenchidos por valores não
> > >>> > numéricos irá retornar 1 (verdadeiro).
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 6) = é atribuição de valor:
> > >>> >
> > >>> > if ( my $x = "oi" ) { print $x }
> > >>> >
> > >>> > Sempre irá atribuir o valor do lado direito à variável e validar
> esse
> > >>> > valor. Se for 0 ou undef, será falso, para todas as outras existe
> > >>> > mastercard.. ops.. será verdadeiro.
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 7) Você atribuiu um valor a @T em 2 condições, qual seria o valor
> de
> > >>> > @T caso elas não fossem atendidas?
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > Dito isso, e pedindo ajuda aos monges caso eu tenha escrito alguma
> > >>> > besteira, vamos à resposta da sua pergunta.
> > >>> >
> > >>> > Vejo algumas soluções de imediato:
> > >>> >
> > >>> > 1) Utilização de HASH, onde o valor em comum às linhas seria a
> chave:
> > >>> >
> > >>> > push @{ $hash{">AAEL000511-PA"}, "S327,E453,H567";
> > >>> >
> > >>> > Claro, isso com as variáveis no lugar das constantes.
> > >>> > Isso implica em memória, então você avalia se vale a pena.
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 2) Utilização de uma variável temporária para armazenar a linha
> atual
> > >>> > e ser lida junto com a próxima:
> > >>> >
> > >>> > my $linha_anterior;
> > >>> >
> > >>> > while ( my $linha_atual = <$f> ) {
> > >>> >
> > >>> > if ( defined $linha_anterior ) {
> > >>> > print $linha_anterior . $linha_atual;
> > >>> > undef $linha_anterior;
> > >>> > }
> > >>> > else {
> > >>> > $linha_anterior = $linha_atual;
> > >>> > }
> > >>> >
> > >>> > }
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 3) Faça nova leitura do stream (mais elegante, IMHO):
> > >>> >
> > >>> > while ( my $linha_anterior = <$f> ) {
> > >>> > my $linha_atual = <$f>;
> > >>> > }
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > 4) Existem outras maneiras...
> > >>> >
> > >>> >
> > >>> > É isso...
> > >>> >
> > >>> > 2012/6/2 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> > >>> >> oi pessoal,
> > >>> >>
> > >>> >> estou com uma duvida.
> > >>> >>
> > >>> >> eu estou extraindo duas colunas de um arquivo texto, mas gostaria
> de
> > >>> >> deixar
> > >>> >> elas organizadas em apenas em uma linha e nao em duas como estoa
> no
> > >>> >> arquivo
> > >>> >> original. nao sei como fazer para o que eu li na primeira linha
> ser
> > >>> >> colocado
> > >>> >> junto o que for lido na segunda.
> > >>> >>
> > >>> >> ai embaixo vai um exemplo da entrada e da saida que eu estou
> tendo e a
> > >>> >> que
> > >>> >> eu queria.
> > >>> >>
> > >>> >> obrigado.
> > >>> >>
> > >>> >> input:
> > >>> >> Q#1 - >AAEL000511-PA specific catalytic triad
> S327,E453,H567
> > >>> >> 3 3 29383
> > >>> >> Q#1 - >AAEL000511-PA specific substrate binding pocket
> > >>> >>
> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571 13
> > >>> >> 13 29383
> > >>> >>
> > >>> >> output que estou tendo:
> > >>> >> AAEL000511-PA S327,E453,H567
> > >>> >> AAEL000511-PA
> > >>> >> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
> > >>> >>
> > >>> >> output desejado:
> > >>> >>>AAEL000511-PA | S327,E453,H567 |
> > >>> >>> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
> > >>> >>
> > >>> >> codigo:
> > >>> >>
> > >>> >> open (READ, "$hmm_name") or die ("Error: $!");
> > >>> >>
> > >>> >> while (<READ>)
> > >>> >> {
> > >>> >> if ($_ =~/^Q#/) {
> > >>> >> @name_seq = split (" ", $_);
> > >>> >> $name_seq = $name_seq[2];
> > >>> >> $triad = $name_seq[5];
> > >>> >> }
> > >>> >> if ($triad == "triad"){
> > >>> >> @T = $name_seq[-4];
> > >>> >> }
> > >>> >> elsif ($triad = "binding"){
> > >>> >> @T = $name_seq[-4];
> > >>> >> }
> > >>> >> print "@T\n";
> > >>> >> }
> > >>> >> close (READ);
> > >>> >>
> > >>> >>
> > >>> >>
> > >>> >> --
> > >>> >> André Torres
> > >>> >>
> > >>> >> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação,
> seja
> > >>> >> animal
> > >>> >> ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
> > >>> >> (Albert
> > >>> >> Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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> > >> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
> > >> animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
> > >> (Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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> > > "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
> animal
> > > ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert
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"Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
animal ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante."
(Albert Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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