[Rio-pm] extraindo strings de um arquivo
André Torres
andretorresrj em gmail.com
Domingo Junho 3 20:32:39 PDT 2012
Gabriel e Breno,
Obrigado pelas respostas super úteis.
Entao, eu fiz as modificações que vcs me sugeriram. O fato de colocar a
hash para ordenar os 2 valores em função do nome foi ótimo, pq ja vou saber
que nomes tiveram mais de duas repetições para "triad" e "binding". Agora,
tenho uma duvida como os valores sao lidos e guardados na hash, pois o meu
output nao sai ordenado pelo nome como no arquivo input. eu fiz algo
errado, ou existe uma forma de deixar a lista ordenada pelos nomes da mesma
forma que o input?
em relação ao resto do codigo, eu cosegui compreender as soluções, exceto
por uma das soluções que o Gabriel deu em relação a ler a nova antiga e a
linha atual.
o código modificado vai no final do texto.
Muito obrigado.
André Torres.
exemplo de input X output:
*input:*
name
32
45
65
...
*output:*
name
65
32
45
...
________________________________________________________________________
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
#my $hmm_name = $ARGV[0];
my @name_seq;
my $line;
#my $linha_atual;
#my $linha_anterior;
my $triad;
my $T;
my $BP;
my $hmm_name = shift;
open my $fh, '<', $hmm_name or die "Error: $!";
my %sequencias = ();
while (<$fh>){
next unless /^Q#/;
my @name_seq = split /\s+/;
if ($name_seq[5] eq 'triad' or $name_seq[5] eq 'binding'){
$triad = $name_seq[-4];
}
else{
print "nao existe triade ou binding poket"; #caso $triad recupere
algum valor diferente de 'triad' ou 'binding'
}
$sequencias{$name_seq[2]} .='|***'. $triad; #define $name_seq[2]
como a chave
}
foreach my $seq (keys %sequencias){ # o valor de cada chave
organizada na hash é passada para a variavel $seq.
print $seq . $sequencias{ $seq } . "\n"; #imprime a chave e os
campos relacionados a cada uma.
}
close $fh;
exit;
___________________________________________________________________________________
Em 2 de junho de 2012 18:34, breno <breno em rio.pm.org> escreveu:
> Boa Gabriel!
>
> André, usando as dicas dele, que tal a seguinte versão:
>
> ------------------->8-------------------
> my $hmm_name = shift;
>
> open my $fh, '<', $hmm_name
> or die "Error: $!";
>
> my %sequencias = ();
>
> while (<$fh>) {
> next unless /^Q#/;
>
> my @name_seq = split /\s+/;
>
> my ($name_seq, $triad) = @name_seq[2,5];
>
> if ($triad eq 'triad' or $triad eq 'binding') {
> $sequencias{ $name_seq } .= '|' . $name_seq[-4];
> }
> }
>
> foreach my $seq (keys %sequencias) {
> print $seq . $sequencias{ $seq } . "\n";
> }
>
> close $fh;
> -------------------8<-------------------
>
> Você consegue entender o que cada parte está fazendo? Isso te atende?
> Preste atenção nas dicas do Gabriel e não deixe de responder se tiver
> alguma dúvida!
>
>
> []s
>
> -b
>
> 2012/6/2 Gabriel Vieira <gabriel.vieira em gmail.com>:
> > 1) Sempre inicie os seus programas com:
> >
> > use strict;
> > use warnings;
> >
> >
> > 2) Use o open com 3 parâmetros:
> >
> > open my $f, '<', $hmm_name or die "Error: $!";
> >
> >
> > 3) Evite usar a variável especial $_, declare uma variável para
> > receber o conteúdo:
> >
> > while ( my $line = <$f> ) {
> >
> > 4) Declare suas variáveis, sempre:
> >
> > my @name_seq = split /\s+/, $line;
> > my $name_seq = $name_seq[2];
> > my $triad = $name_seq[5];
> >
> >
> > 5) == é comparador numérico:
> >
> > perl -E 'my $a = "b"; say $a == "a"'
> >
> > Sempre que os dois valores estiverem preenchidos por valores não
> > numéricos irá retornar 1 (verdadeiro).
> >
> >
> > 6) = é atribuição de valor:
> >
> > if ( my $x = "oi" ) { print $x }
> >
> > Sempre irá atribuir o valor do lado direito à variável e validar esse
> > valor. Se for 0 ou undef, será falso, para todas as outras existe
> > mastercard.. ops.. será verdadeiro.
> >
> >
> > 7) Você atribuiu um valor a @T em 2 condições, qual seria o valor de
> > @T caso elas não fossem atendidas?
> >
> >
> > Dito isso, e pedindo ajuda aos monges caso eu tenha escrito alguma
> > besteira, vamos à resposta da sua pergunta.
> >
> > Vejo algumas soluções de imediato:
> >
> > 1) Utilização de HASH, onde o valor em comum às linhas seria a chave:
> >
> > push @{ $hash{">AAEL000511-PA"}, "S327,E453,H567";
> >
> > Claro, isso com as variáveis no lugar das constantes.
> > Isso implica em memória, então você avalia se vale a pena.
> >
> >
> > 2) Utilização de uma variável temporária para armazenar a linha atual
> > e ser lida junto com a próxima:
> >
> > my $linha_anterior;
> >
> > while ( my $linha_atual = <$f> ) {
> >
> > if ( defined $linha_anterior ) {
> > print $linha_anterior . $linha_atual;
> > undef $linha_anterior;
> > }
> > else {
> > $linha_anterior = $linha_atual;
> > }
> >
> > }
> >
> >
> > 3) Faça nova leitura do stream (mais elegante, IMHO):
> >
> > while ( my $linha_anterior = <$f> ) {
> > my $linha_atual = <$f>;
> > }
> >
> >
> > 4) Existem outras maneiras...
> >
> >
> > É isso...
> >
> > 2012/6/2 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> >> oi pessoal,
> >>
> >> estou com uma duvida.
> >>
> >> eu estou extraindo duas colunas de um arquivo texto, mas gostaria de
> deixar
> >> elas organizadas em apenas em uma linha e nao em duas como estoa no
> arquivo
> >> original. nao sei como fazer para o que eu li na primeira linha ser
> colocado
> >> junto o que for lido na segunda.
> >>
> >> ai embaixo vai um exemplo da entrada e da saida que eu estou tendo e a
> que
> >> eu queria.
> >>
> >> obrigado.
> >>
> >> input:
> >> Q#1 - >AAEL000511-PA specific catalytic triad S327,E453,H567
> >> 3 3 29383
> >> Q#1 - >AAEL000511-PA specific substrate binding pocket
> >> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571 13
> >> 13 29383
> >>
> >> output que estou tendo:
> >> AAEL000511-PA S327,E453,H567
> >> AAEL000511-PA
> >> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
> >>
> >> output desejado:
> >>>AAEL000511-PA | S327,E453,H567 |
> >>> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
> >>
> >> codigo:
> >>
> >> open (READ, "$hmm_name") or die ("Error: $!");
> >>
> >> while (<READ>)
> >> {
> >> if ($_ =~/^Q#/) {
> >> @name_seq = split (" ", $_);
> >> $name_seq = $name_seq[2];
> >> $triad = $name_seq[5];
> >> }
> >> if ($triad == "triad"){
> >> @T = $name_seq[-4];
> >> }
> >> elsif ($triad = "binding"){
> >> @T = $name_seq[-4];
> >> }
> >> print "@T\n";
> >> }
> >> close (READ);
> >>
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> >> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja
> animal
> >> ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert
> >> Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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