[Rio-pm] extraindo strings de um arquivo

[Gabriel Vieira]

1) Sempre inicie os seus programas com:

use strict;
use warnings;


2) Use o open com 3 parâmetros:

open my $f, '<', $hmm_name or die "Error: $!";


3) Evite usar a variável especial $_, declare uma variável para
receber o conteúdo:

while ( my $line = <$f> ) {

4) Declare suas variáveis, sempre:

      my @name_seq = split /\s+/, $line;
      my $name_seq   = $name_seq[2];
      my $triad            = $name_seq[5];


5) == é comparador numérico:

perl -E 'my $a = "b"; say $a == "a"'

Sempre que os dois valores estiverem preenchidos por valores não
numéricos irá retornar 1 (verdadeiro).


6) = é atribuição de valor:

if ( my $x = "oi" ) { print $x }

Sempre irá atribuir o valor do lado direito à variável e validar esse
valor. Se for 0 ou undef, será falso, para todas as outras existe
mastercard.. ops.. será verdadeiro.


7) Você atribuiu um valor a @T em 2 condições, qual seria o valor de
@T caso elas não fossem atendidas?


Dito isso, e pedindo ajuda aos monges caso eu tenha escrito alguma
besteira, vamos à resposta da sua pergunta.

Vejo algumas soluções de imediato:

1) Utilização de HASH, onde o valor em comum às linhas seria a chave:

push @{ $hash{">AAEL000511-PA"}, "S327,E453,H567";

Claro, isso com as variáveis no lugar das constantes.
Isso implica em memória, então você avalia se vale a pena.


2) Utilização de uma variável temporária para armazenar a linha atual
e ser lida junto com a próxima:

my $linha_anterior;

while ( my $linha_atual = <$f> ) {

  if ( defined $linha_anterior ) {
      print $linha_anterior . $linha_atual;
      undef $linha_anterior;
   }
   else {
      $linha_anterior = $linha_atual;
   }

}


3) Faça nova leitura do stream (mais elegante, IMHO):

while ( my $linha_anterior = <$f> ) {
   my $linha_atual = <$f>;
}


4) Existem outras maneiras...


É isso...

2012/6/2 André Torres <andretorresrj em gmail.com>:
> oi pessoal,
>
> estou com uma duvida.
>
> eu estou extraindo duas colunas de um arquivo texto, mas gostaria de deixar
> elas organizadas em apenas em uma linha e nao em duas como estoa no arquivo
> original. nao sei como fazer para o que eu li na primeira linha ser colocado
> junto o que for lido na segunda.
>
> ai embaixo vai um exemplo da entrada e da saida que eu estou tendo e a que
> eu queria.
>
> obrigado.
>
> input:
> Q#1 - >AAEL000511-PA     specific    catalytic triad    S327,E453,H567
> 3    3    29383
> Q#1 - >AAEL000511-PA     specific    substrate binding pocket
> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571    13
> 13    29383
>
> output que estou tendo:
> AAEL000511-PA S327,E453,H567
> AAEL000511-PA
> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
>
> output desejado:
>>AAEL000511-PA | S327,E453,H567 |
>> G245,G246,G247,E326,S327,A328,V331,A482,L486,N487,V522,G568,I571
>
> codigo:
>
> open (READ, "$hmm_name") or die ("Error: $!");
>
> while (<READ>)
> {
>     if ($_ =~/^Q#/) {
>        @name_seq = split (" ", $_);
>        $name_seq = $name_seq[2];
>        $triad = $name_seq[5];
>        }
>        if ($triad == "triad"){
>        @T = $name_seq[-4];
>        }
>            elsif ($triad = "binding"){
>            @T = $name_seq[-4];
>            }
> print "@T\n";
> }
> close (READ);
>
>
>
> --
> André Torres
>
> "Quando o homem aprender a respeitar até o menor ser da criação, seja animal
> ou vegetal, ninguém precisará ensiná-lo a amar seu semelhante." (Albert
> Schweitzer - Nobel da Paz de 1952)
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Gabriel Vieira