[Rio-pm] Perl é genuinamente uma linguagem de script ou híbrida?

[Daniel Hughes]

como vc obter dados eh uma parte fundamental de uma pesquisa entao precisar
compartilhar as técnicas também - outra vez como outros laboratórios podem
reproducir/confirmar um resultado (admito recentemente os autores de uma
pesquisa que desenvolveu um virus perigoso novo foram pedidos a nao
publicar como foi feito pelo governo doe EUA). entao, se fosse uma parte
integral do artigo, vc compartilharia o codigo mesmo. mas bioinformatica eh
um ramo esquisito mesmo. abrange desenvolvimento de algoritmos pra assemble
genomes e fast alignment sequences ate simple data monging (muitos monging
scripts existem pra que ninguem acha que vale a pena em disponibilizar), e
exatamente qual licenças usa depende do lugar mas onde trabalha - por
exemplo Sanger Institute normalmente usa GPL mas outros institutos as vezes
usam licenças menos exigentes. uma mudanca recente que eh bem bacana eh que
muitos grupos estao começando publicar em 'open journals' (free access)
e.g. PLOS pra deixar pessoas em institutos com menos dinheiro ter acesso.

dan.



Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
-------------------------------------------------------------------------------------
dsth em cantab.net
dsth em cpan.org


2012/2/18 Ole Peter Smith <ole.ufg em gmail.com>

> uma coisa e dados, outro e codigo. Tem que compartilhar e o codigo
> mesmo!!!! Caso nao, como ser conhecimeto livre???
>
> No minimo, os algoritmos de pseudocodigo...
>
> Acho muito bacana esta discussao, que eu vejo em nemhuma outra lista!
>
> 0le
>
> 2012/2/17 Daniel Hughes <dsth em cantab.net>
>
>>
>> Veja bem, isso é polêmico mas... uma vez que vc teve a ideia e vc
>>> implementou isso é "seu". Dependendo do seu grau de instrução no assunto vc
>>> pode querer ter a ideia para si ou dividir com o mundo. Felizmente o mundo
>>> perl gira em torno do CPAN então nós somos incentivados a dividir nossos
>>> codigos com a comunidade mas um cara q cresceu no mundo da biologia, por
>>> exemplo, pode não entender os beneficios disso. Ou seja, querer evitar que
>>> o codigo fonte seja divulgado pode ser um problema cultural onde se
>>> acredita que isso é o certo a se fazer, ou pode ser um desejo expresso do
>>> cara que mesmo compreendendo as inumeras vantagens insiste em ter tudo para
>>> si.
>>>
>>>
>> desculpa, mas fiz meu doutorado em biologia molecular e nao to
>> reconhecendo nada disso. em realidade em biologia tem ainda mais incentivo
>> pra compartilhar dados pq nao pode publicar sem fazer isso. enquanto
>> algumas pessoas talvez demorem um pouco pra assegurar que eles estão os
>> primeiros em geral isso eh em termos de meses no maximo. tanto nos
>> laboratórios quanto em bioinformatica os únicos dados e códigos escondidos
>> sao do setor particular e nao academico.
>>
>>
>> dan.
>>
>>
>> Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
>>
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>                         Ole Peter Smith, IME, UFG
>     http://www.mat.ufg.br/docentes/olepeter - ole at mat.ufg.br
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>                       Not a Problem to be Solved
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