[Cascavel-pm] Call for Papers +Dúvida de Biotecnologia [Was: Chamada de Artigos para WorkshopAlemão!! [Fwd: Call For Papers for 6th German Perl-Workshop]

Alceu R. de Freitas Jr. glasswalk3r em yahoo.com.br
Sexta Setembro 12 12:38:48 CDT 2003


Eu não ganho comissão, mas como ninguém comentou nada
sobre eu me sinto obrigado a falar.
A O´Reilly tem um livro que trata especificamente
sobre esse assunto, usando também Perl. A vantagem que
eu vejo é você pode verificar exemplos de códigos
aplicados a essa área (um tanto restrita para a
maioria de nós, eu diria) já que o livro é bem
específico.
O livro tem tradução para o português já: só não o
nome. :-)

Quanto a expressão $divide[$x], o Perl substitui o $x
por um valor, que servirá de índice para o array
@divide.
Na segunda @divide[$x], você está usando uma
referência no saco. Se for usar referências, tome
cuidado para não confundir uma coisa com outra.

[]´s
Alceu


 --- Adriano Vivan Borro <vivan em dim.fm.usp.br>
escreveu: > Legal. Vou procurar o Sr. Nicolas com
certeza. Tks.
> 
> Qto a minha duvida, eh o seguinte. A frase q estou
> verificando eh na verdade um
> gene. E como todos sabem, um gene eh uma frase em um
> alfabeto de 4 caracteres (nao
> deem essa definicao a um biologo ou biomedico, cnao
> eles podem ateh brigar. :-D ).
> Ae, o q acontece... Eu nunca sei qual eh o tamanho
> dessa frase. E preciso cortar (
> ou como eles tratam... "clivar" ) o gene em pontos
> especificos. De todos estes
> pedacos de gene, tenho q retirar o ultimo, o
> penultimo, e assim por diante, ateh
> achar determinada sequencia de caracteres.
> 
> Tenho, entao, que quero cortar minha frase em toda
> sequencia TACA por exemplo. E
> quero achar a seguencia CAGA.
> 
> Vai, entao um "exemplo de gene":
> 
>
AGATAATACAATATACAGGCAGACGCATACAGGGATACAGACCTACAATTCGTACACCGCAGATACAGACCAGC
> 
> Entao, executando um split /TACA/,$seq , supondo
> $seq a variavel em q cologuei meu
> "gene", temos:
> 
> AGATAA       ATA               GGCAGACGCA         
> GGGA            GACC
> ATTCG          CCGCAGA            GACCAGC
> 
> Lembrando q a cada execucao, tenho um gene diferente
> a ser analizado, que tem o
> tamanho diferente e terao diferentes numeros de
> clivagem, ou seja, nao sei nunca o
> tamanho e nem o numero de elementos do meu array.
> 
> A sequencia procurada estah, entao, em $seq[-2] e em
> $seq[-6], pois estou contando
> do final para o inicio. Mas a que quero eh a ultima
> ocorrencia, entao $seq[-2]. A
> saida vai ser entao, o pedaco de gene q tem a
> sequencia procurada, ou seja, CCGCAGA
> . Com isso, finalizo minha rotina, e serah feita a
> leitura de outro gene.
> 
> Espero ter conseguido, desta vez, explicar meu
> problema.
> 
> Ah.... A rotina... Tah ae embaixo, mas vai ae d novo
> pra nao ter q ficar dando
> scrool, q eh um saco:
> 
>    $x=-1;
>    @divide = split /TACA/, $seq;
>    while( $divide[$x] !~ qr/CAGA/ ) {
>        $x--;
>    }
>    print $divide[$x]."\n";
> 
> E tb uma coisa... Existe alguma diferenca entre usar
> $divide[$x] e @divide[$x] ? Pq
> eu testei isso e, ao menos no compilador q uso aki,
> deu o mesmo resultado....
> 
> []'s
> 


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