[bcn-pm] DNA sequencing

[Javier Arturo Rodriguez]

Buena tarde Mongers!

Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y
hamburguesa para sacar adelante el problema:


#!/usr/bin/env perl
use strict;

my $dna =
q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/;

for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) {
    print "grp: $_\n     ";
    my @split = $_=~m/(...)/g;
    print join(" ", @split), "\n";
}


La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos
múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y
la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres
caracteres.

Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante.
Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura...

Saludos,

-Javier Arturo Rodríguez

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