[bcn-pm] DNA sequencing
Javier Arturo Rodriguez
codehead a gmail.com
div maig 31 07:18:28 PDT 2019
Buena tarde Mongers!
Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y
hamburguesa para sacar adelante el problema:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
my $dna =
q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/;
for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) {
print "grp: $_\n ";
my @split = $_=~m/(...)/g;
print join(" ", @split), "\n";
}
La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos
múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y
la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres
caracteres.
Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante.
Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura...
Saludos,
-Javier Arturo Rodríguez
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