From alessandra.borgognone a unavarra.es Sun Jun 2 23:07:27 2019 From: alessandra.borgognone a unavarra.es (alessandra.borgognone a unavarra.es) Date: Mon, 3 Jun 2019 08:07:27 +0200 Subject: [bcn-pm] DNA sequencing In-Reply-To: <1c6a5498-9ee0-3e4b-2dfb-ed1df9bd5283@gmail.com> References: <9068258.CR6mHQxinQ@pt001188.tes.da.gencat.cat> <1c6a5498-9ee0-3e4b-2dfb-ed1df9bd5283@gmail.com> Message-ID: <51978d0d1089e1449c14d0326ae7f46f.squirrel@webmail.unavarra.es> Buenos días! Que bien Javier! Se trata de un modulo BioPerl? Hasta pronto, Alessandra El Vie, 31 de Mayo de 2019, 16:18, Javier Arturo Rodriguez escribió: > Buena tarde Mongers! > > Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y > hamburguesa para sacar adelante el problema: > > > #!/usr/bin/env perl > use strict; > > my $dna = > q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/; > > for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) { >     print "grp: $_\n     "; >     my @split = $_=~m/(...)/g; >     print join(" ", @split), "\n"; > } > > > La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos > múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y > la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres > caracteres. > > Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante. > Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura... > > Saludos, > > -Javier Arturo Rodríguez > > _______________________________________________ > llista dels Barcelona-pm > Barcelona-pm a pm.org > https://mail.pm.org/mailman/listinfo/barcelona-pm > BCN Perl Mongers: http://barcelona.pm.org > From explorer a joaquinferrero.com Mon Jun 3 02:24:13 2019 From: explorer a joaquinferrero.com (=?UTF-8?Q?Joaqu=c3=adn_Ferrero?=) Date: Mon, 3 Jun 2019 11:24:13 +0200 Subject: [bcn-pm] DNA sequencing In-Reply-To: <51978d0d1089e1449c14d0326ae7f46f.squirrel@webmail.unavarra.es> References: <9068258.CR6mHQxinQ@pt001188.tes.da.gencat.cat> <1c6a5498-9ee0-3e4b-2dfb-ed1df9bd5283@gmail.com> <51978d0d1089e1449c14d0326ae7f46f.squirrel@webmail.unavarra.es> Message-ID: El 3/6/19 a las 8:07, alessandra.borgognone a unavarra.es escribió: > Buenos días! > Que bien Javier! Se trata de un modulo BioPerl? > > Hasta pronto, > Alessandra > > > El Vie, 31 de Mayo de 2019, 16:18, Javier Arturo Rodriguez escribió: >> Buena tarde Mongers! >> >> Creo que anoche no íbamos tan mal, está claro sólo necesitábamos birra y >> hamburguesa para sacar adelante el problema: >> >> >> #!/usr/bin/env perl >> use strict; >> >> my $dna = >> q/GGCACGAGATATTTGCTACTACCACCAAGATCTGTGCTAGTGGCGGCTCCATGTCGGCTTACGCCAGGCACTTCAACGCACACCACCAGACCCTCCTACTCGCTGGCGTCTCAAAGGGCAGACGTGCGTGCGCGCTGCCCCACTTGTACGCCAGCGGTAATGTATAGGCAAACGACTTAAGCGCCATCCATTTTAAGGGCTAATTGCTTCGGCAGGTGAGTTGTTACACACTCCTTAGCGGATGACAACTTCCATGTCCACCGTCCTGCTGTCTGTAGCAATCAACACCTTTCATGGTATCTATGATGCGTCGTTTATTTAGGCGCCGTAACATTACGTTTGGTTCATCCCACAGCACCAGTTCTGCTTACCAAAACTTGGCCCACTAAGCACACAGATATCTTCTACGCCGCTTGTGGATGGCACACCCTGACAGGGGGGCGACCCGGCGTCAACGTTGCAACAGCATCATGCAAGAATGCTATGGTACGTACCCATTTATAGTTTGAGAATAGGTTAAGATCATTTC/; >> >> for($dna=~m/GAT ( (...)*? ) TAG/gx) { >>     print "grp: $_\n     "; >>     my @split = $_=~m/(...)/g; >>     print join(" ", @split), "\n"; >> } >> >> >> La condición (...)*? es necesaria para asegurarnos que tendremos >> múltiplos de tres caracteres entre el tag (er, codon) inicial y final, y >> la segunda regexp parte la secuencia encontrada en grupos de tres >> caracteres. >> >> Por cierto he codificado el programa con "use DNA;" y es acojonante. >> Molaría que Alessandra nos ayude a codificar el resultado en levadura... >> >> Saludos, >> >> -Javier Arturo Rodríguez >> Pero... haciéndolo así, estamos buscando "GAT" en cualquier posición de la cadena. Pero si estamos buscando codones, debemos hacerlo en múltiplos de tres... JF -------------- part següent -------------- Un document HTML ha estat eliminat... URL: From jluis at escomposlinux.org Wed Jun 26 03:39:45 2019 From: jluis at escomposlinux.org (Jose Luis Perez Diez) Date: Wed, 26 Jun 2019 12:39:45 +0200 Subject: [bcn-pm] =?utf-8?q?Reuni=C3=B3_de_juny?= Message-ID: <2080911.Q4LiIRdJeE@pt001188.tes.da.gencat.cat> Bon dia, dema tindrem la reuni? mensual a "El Bodegon C/ Torrent de l'Olla 38 ? Barcelona? on aprofitarem per comen?ar a treballar amb la organitzaci? del "Barcelona Perl & Friends?. Com que el format es ?Social event? els off-topic seran permesos. RSVP: https://www.meetup.com/es-ES/barcelonapm/events/nzzzvnyzjbkc/ Salutacions jluis