[toulouse-pm] TPC n (Jeudi Soir)

[Michel Rodriguez]

Les keynotes du matin

Perl & Bioinformatics

Ewan Birney decrit le projet Genome Humain, base sur des soft OpenSource,
beaucoup de Perl et lui meme ouvert (tous les resultats sont publics).

Les plus de Perl: au premier rang la facilite d'apprentissage, regexes,
hashes...  Les moins: plus de 10 facons de faire, exception, objets. Au
final ils utilisent Perl comme du Java. Il voudrait pouvoir melanger Perl,
Python et Java (au niveau source, pas bytecode, ca il s'en tape). Il
paiera une biere a qui le fait!

Question de l'auditoire: comment faire pour que des scientifiques
(non-programmeurs a la base) arrivent a produire du code potable. Il
s'inspire de XP et melange codeurs (qui connaissent rieng a la biologie et
font des erreurs enormes a cause de ca) et biologistes.


Jim Kent
http://genome.ucsc.edu/

Il decrit le genome humain comme une enorme pile de code mal programme
(tout est global, infecte par des virus, prend 18 ans a compiler, et de
toute facon pas designe'). Plus tard Larry commente que tout n'est pas
vraiment global, que des bouts du DNA dynamiquement activent certaines
parties du genome.

Il decrit les mechanismes de l'evolution, le DNA, je vous passe les
details vu que je suis occupe a essayer de suivre et que c'est dur de
traduire et taper ca a la volee. Un point interessant: comment on passe
d'un gene a une cellule est a peu pres connu, mais comment on passe de
cellules a des organiemes est plus mysterieux.

Lecons pour les  programmeurs: importance des tests.

Perl Content Management Systems

Par Robin Berjon, qui corrigera mon compte-rendu si je dis des conneries.

En plus je viens de m'inscrire pour faire un Lightning Talk sur XML et les
regexps donc je risque de pas faire trop attention, il faut que je prepare
les slides.

Qu'est-ce que c'est qu'un Content Management System (CMS)?

Ca manage (surtout) des documents, souvent pour le Web mais pas forcement.

Apres avoir ecrit son systeme de template, puis sa surcouche a DBI (NdM:
et son module XML) il semblerait que la nouvelle mode soit d'ecrire un
CMS. Donc du coup il y en a plein partout.

Il va en decrire 3 principaux: Slash, Bricolage, XIMS

Slash

- facile a utiliser, worflow simple, pas embetant. Peut ne pas etre
suffisant.
- souvent au debut on pense qu'il n'y a pas besoin de workflow, et puis on
s'apercoit que
- c'est indispensable.
- performant (ya qu'a voir slashdot!)
- bien supporte', ya meme un excellent bouquin chez O'Reilly


Bricolage

- complet et pro
- utilisable,peu de problemes
- tres oriente desktop

Manage des stories, media et templates
Securite prise en compte, peut publier sous divers formats, et a une
interface SOAP (bzzzz)
Bon workflow (mais qui peut etre trop complexe pour certains)

XIMS

- concu pour l'universite d'Innsbruck
- a besoin d'ORACLE, mais d'ici 2 mois devrait etre separe
- plus un framework qu'une application a part entiere comme les autres
- utilise XML (il est plus heureux si il s'occupe de fichiers XML, mais il
peut travailler avec d'autres formats), les fichiers de configs sont tous
en XML
- bonne securite
- utilise XSLT pour publier

mod_perl 2.0

Stas Beckman

Disponible a http://stason.org/talks

Stas a ete sponsorise cette annee par ticketmaster.com et il les remercie.

Ca va super vite, je vais pas avoir le temps de tout noter

mod_perl a ete re-ecrit pour Apache 2.0 et il tire parti de toutes ses
possibilites.  Pourquoi utiliser Apache avec POP3 et SMTP? Pour avoir une
seule admin et pouvoir utiliser les filtres d'Apache (SSL,
authentication...)

Dans Apache 2.0 les donnees sont passes dans des "bucket brigades", rigolo

En gros mod_perl 2.0 utilise toutes les ameliorations de Apache 2.0 et de
Perl 5.6 et maintenant 5.8.

Tout le systeme de threads a ete ameliore

L'install est tres simple (NdM: qu'il dit!), il faut faire use Apache 2.0
pour utiliser les modules (ils ont le meme nom que sous mod_perl 1.xx mais
sont differents)

On peut desactiver mod_perl pour different virtual hosts, et meme
configurer plus finement. De nouvelles phases ont ete ajoutees a Apache.

Il y a une doc pour la migration, qui demande de changer certaines
directives (heureusement)


Mapping XML to RDBMS: XML-DBMS

Ron Bourret (qui maintien un excellent site sur les BD et XML,
http://www.rpbourret.com)

Un outil domaine public pour faire communiquer XML et BD relationnelles.
Traite du XML "oriente donnees". C'est du Java :--(

On definit un mapping XML -> objet (pas le DOM, un mapping specifique a
une classe de documents). Les objets sont utilises pour remplir la BD

Les elements peuvent etre simples (texte uniquement, equivalent a des
scalars) ou complexes (contiennent d'autres elements, du mixed-content
et/ou des attributs). On mappe les elements simples vers des colonnes et
les elements complexes vers des classes. Le systeme genere les tables qui
vont bien, y compris les tables de liens primary key/foreign key. L'ordre
des elements peut etre sauvegarde (par type d'element, pas pour des
elements de meme type).

Il est possible de "mettre a plat" des elements (genre un addresse ou les
differents champs sont groupes dans l'element addresse mais juste des
colonnes de l'element englobant dans la BD), les namespaces sont supportes

Les fichiers de config sont en.. XML bieng sur!

Si le document et la BD sont trop differents on peut utiliser XSLT (dans
le futur XQuery)

L'outil a une interface ligne-de-commande et 2 API (une de haut niveau et
une de bas niveau)

La map file peut etre generee automatiquement soit a partir de la DTD soit
a partir du schema relationel. En general il faut la finir a la main.

Dans le futur l'utilisation des W3C Schema (NdM: que je deteste) pourrait
simplifier la generation de la map file.

Autres

Rigolo aussi: il semble que pendant que RealNetworks faisait son annonce
Stallman a commence a gueuler... et se soit fait virer de la tente ou on
mange (merci a Eric Cholet pour l'info).

Tous les films de TPC (sauf celui, censure, de Nat):
http://www.perl.org/tpc/2002/movies/tpf/


Michel Rodriguez
Perl & XML
http://www.xmltwig.com