<br><br><div class="gmail_quote">2008/12/4 Nelson Ferraz <span dir="ltr"><<a href="mailto:nferraz@gmail.com">nferraz@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
2008/12/4 Andre Carneiro <<a href="mailto:andregarciacarneiro@gmail.com">andregarciacarneiro@gmail.com</a>>:<br>
<div class="Ih2E3d">> Opa, eu tô!!<br>
><br>
> Do que exatamente você precisa para publicar esses 'casos de sucesso'?<br>
<br>
</div>Oi André,<br>
<br>
Em primeiro lugar, obrigado pelo último artigo que você publicou<br>
(sobre parsing de HTML com HTML::TreeBuilder).<br>
</blockquote><div><br>Eu é que agradeço a oportunidade de contribuir...<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Eu achei particularmente interessante a forma como isto foi feito:<br>
comecou com uma discussão aqui na lista e terminou publicado no wiki.<br>
</blockquote><div><br>Tomara que isso sirva como inspiração para outras pessoas que ficam tão tímidas quanto eu, quando o assunto é publicar alguma coisa...rsrs!!<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Sendo assim, se você quiser comecar novamente na lista, pode comecar<br>
nos contando o seguinte:<br>
<br>
1) Qual foi a organizacão com que você teve essa experiência de Perl e<br>
bioinformática?<br>
</blockquote><div><br>ESALQ(Escola Superior de Agricultura Luis de Queiroz)/USP, no departamento de fitopatologia, no laboratório de genética molecular.<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
2) Qual era o problema que vocês procuravam resolver?</blockquote><div><br>O projeto que eu tinha mais contato era um projeto de genoma comparativo entre as bactérias leifsonya xyli xyli, e leifsonya xyli cynodontis. A primeira na verdade era o alvo de investigação, já que causava uma doença em cana-de-açúcar. O objetivo era encontrar genes comparando as duas bactérias, para tentar encontrar genes que pudessem ajudar a resolver o problema com a cana-de-açúcar.<br>
<br>Nós usávamos um pacote de um sistema pronto para a montagem das sequências, que se chamava Phred/Phrap/Consed, que fazia uma pré-organização dos arquivos em formato FASTA(depois eu procuro referências sobre isso), e tinha um modo gráfico(Consed) que ajudava a visualizar essas montagens, para analizar quais outras sequencias colocaríamos para fechar os chamados 'gaps'. Para isso, utilizávamos um sistema de banco de dados de genomas público(GeneBank), onde submetíamos parte da sequência para que ele nos retornassem outros arquivos FASTA, para completar as sequencias(não necessariamente dos mesmos organismos). Inicialmente, fazia isso de forma manual, utilizando o site, através de um sistema chamado BLAST. O Blast, basicamente recebia a sequência que eu passava para ele e retornava arquivos FASTA que possivelmente poderiam ser úteis. Para medir isso, existem vários parâmetros de 'erro' e porcentagens de 'match', que tinha que observar para completar a montagens das sequências. Inicialmente eu fazia isso utilizando ferramentas públicas de pesquisa no próprio site do Gene Bank e em outros sites, mas isso era trabalhoso, e tedioso, até que descobri o BioPerl.<br>
<br>Mas antes de BioPerl, eu já utilizava perl para produzir ferramentas de visualização e monitoramento das montagens, e pesquisa de sequências, de maneira bem simples, porque estava começando a aprender perl(não que tenha terminado de aprender rrsrs).<br>
<br>O BioPerl é um projeto que reúne inúmeras ferramentas úteis para quem trabalha com bioinformática, sendo que uma delas é o módulo para tratar arquivos FASTA, e para se comunicar com bancos de dados que tem interface com o BLAST. Isto facilitou muito a minha vida e permitiu que eu conseguisse fazer diversas ferramentas de monitoramento das montagens que os pesquisadores me pediam. Infelizmente eu não tenho como mostrá-las pois isso fica(ou costumava ficar) em uma extranet que não tenho mais acesso.<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
3) Como Perl entrou nessa história? Por que vocês escolheram Perl?<br>
Quantas pessoas estiveram envolvidas?<br>
</blockquote><div><br>Bom, tradicionalmente se utiliza perl para tratar questões de bioinformática, principalmente porque perl é 'famoso' por ser bom em tratar dados em formato texto, e por facilitar a vida quando se trata de produzir aplicativos para a web(lembre-se, que estávamos em meados de 2002, a maioria das aplicações web feitas em perl era CGI).<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
4) O projeto terminou? Qual foi o resultado?<br>
</blockquote><div><br>O projeto terminou sim, mas com outro pesquisador, pois a minha orientadora deixou o projeto para trabalhar fora do país. Eu ainda não sei o resultado para dizer a verdade, pois quando eu saí do estágio, o projeto ainda estava em andamento. Mas vou procurar saber para postar.<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
5) O que você pode nos contar mais, sobre a utilizacão de Perl neste segmento?<br>
</blockquote><div><br>Bom, eu posso contar baseado na minha vivência daquela época. Como perl tem um motor excelente para tratar expressões regulares, e diversos parsers disponíveis, e uma imensidão de módulos no CPAN, utiliza-se perl nesse meio para praticamente tudo. Desde o processamento de sequências, até visualização de imagens, banco de dados, documentação com LATEX, enfim... muita coisa !<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
[]s<br>
<font color="#888888"><br>
Nelson<br>
</font><div><div></div><div class="Wj3C7c">_______________________________________________<br>
SaoPaulo-pm mailing list<br>
<a href="mailto:SaoPaulo-pm@pm.org">SaoPaulo-pm@pm.org</a><br>
<a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>André Garcia Carneiro<br>Analista/Desenvolvedor Perl<br><br>