[SP-pm] Perl and Bioinformatics

[Otavio Pereira]

Quanto ao PBP, é interessante se o cara quiser desenvolver algo um pouco
mais durável, para que outros do seu grupo de pesquisa possam usar e
manter,.

Sempre vamos precisar de algo 'quick-and-dirty', mas pra algo que vc fizer
continuar sendo usado, desenvolvido e rendendo citações, precisa ser um
código bem escrito, então sou totalmente a favor de PBP.

Um primer de bioperl seria legal tb! Eu por exemplo estava tentando usar os
módulos de pdb em perl, e não rolou... acabei indo no 'quick-and-dirty' (no
caso um HoA) e  resolvi meu problema pra começar a escrever o projeto, mas
gostaria de ter feito algo mais durável que no mínimo usaria novamente mas
tb que pudesse disponibilizar para os colegas do grupo.

Abç,

Otávio


2010/3/28 Ramon Vidal <ramon.vidal em gmail.com>

> Sm, o Bioperl é bastante abrangente, tem biblioteca pra qq coisa em bio, e
> tem parser para outputs de qq programa também.
> Vc tem razão, eu acho q nao conheço nem metade do que o bioperl pode fazer
> por mim, deveria ter uma apresentação sobre ele... Será q o Jason topa? rsrs
>
> Ramon Vidal
>
> Laboratório de Genômica e Expressão - LGE
> Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP
>
>
>
>
> 2010/3/28 Andre Carneiro <andregarciacarneiro em gmail.com>
>
> Não sei se já foi feito, mas quando eu lidava com isso, acabei descobrindo
>> Bioperl sozinho... Será que ainda hoje é assim? Bioperl é bastante
>> abrangente no sentido de que a maior parte das áreas que envolvem
>> bioinoformática tem algum módulo para resolver problemas relacionados(Embora
>> eu não tenha usado tanto assim).
>>
>> Indo ao ponto, não seria legal ter uma apresentação de Bioperl no evento?
>> Apresentando as facilidades, recursos, 'black magic of perl' usando Bioperl,
>> etc???
>>
>>
>>
>>
>> Cheers!
>>
>> 2010/3/26 Ramon Vidal <ramon.vidal em gmail.com>
>>
>>> Acho q ambos seriam interessantes... É so apresentar um PBP softcore, se
>>> é q existe isso. Existem bioinformatas que se dedicam no desenvolvimento
>>> mais aprimorado e aqueles que querem o resultado para ontem (o que realmente
>>> é a maioria). Então tem público de todo o tipo
>>>
>>>
>>>
>>> Ramon Vidal
>>>
>>> Laboratório de Genômica e Expressão - LGE
>>> Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> 2010/3/26 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>
>>>
>>>> Ok Eden, então vou só para pagar a primeira rodada e entregar os crachas
>>>> :D, vc fala de PDL :D
>>>>
>>>> Solli M. Honório
>>>>
>>>> Em 26 de março de 2010 17:12, Eden Cardim <edencardim em gmail.com>escreveu:
>>>>
>>>> 2010/3/26 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>:
>>>>> > Wagner,
>>>>> >
>>>>> > O meu 'apoio' + 5 reais paga o café na esquina, então vou fazer o
>>>>> seguinte,
>>>>> > vou pagar a 1o. rodada de cerveja no evento, como contribuição. Por
>>>>> favor,
>>>>> > toque o barco.
>>>>> >
>>>>> > Precisamos saber que tipo de palestra seria interessante para um
>>>>> evento
>>>>> > deste. Eu, por exemplo, não conheço nada de Bio, mas poderia fazer
>>>>> uma
>>>>> > palestra relacionada ao PBP (Perl Best Practice).
>>>>>
>>>>> Não sei se PBP seria atrativo pra esse tipo de público, pela minha
>>>>> parca experiência, bioinformatas tendem a preferir coisas que possam
>>>>> ser aplicados imediatamente para obter resultados. Por exemplo, andei
>>>>> dando uma olhada no PDL durante minha internação e acho que isso seria
>>>>> algo mais interessante para um bioinformata do que a meta-informação
>>>>> do PBP.
>>>>>
>>>>> --
>>>>>   Eden Cardim       Need help with your Catalyst or DBIx::Class
>>>>> project?
>>>>>  Code Monkey                    http://www.shadowcat.co.uk/catalyst/
>>>>>  Shadowcat Systems Ltd.  Want a managed development or deployment
>>>>> platform?
>>>>> http://edenc.vox.com/            http://www.shadowcat.co.uk/servers/
>>>>> _______________________________________________
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>> André Garcia Carneiro
>> Analista/Desenvolvedor Perl
>> (11)82907780
>>
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