[SP-pm] Boas vindas ao Wagner Arbex

Andre Carneiro andregarciacarneiro at gmail.com
Thu Dec 4 02:22:54 PST 2008


> Não, eu não uso BioPerl... já andei olhando, mas achei que Perl "puro",
> seria mais robusto para o que eu precisava fazer. Entretanto, decidi
> mais por "achismo" do que por fundamentação.
>

É que realmente Bioperl tem muita coisa pronta, inclusive tem uma interface
legal com o BLAST(imagino que você deva usar bastante), e já tem muitas
classes que representam coisas úteis como formatos de arquivo FASTA(e vários
outros formatos que já não me lembro mais...rsrs), por exemplo. Fica bem
fácil de processar. Além disso tem umas ferramentas gráficas que eu cheguei
a usar bem pouco, mas que são bem úteis para produzir mapas de genes, com um
montão de recursos. Vale a pena dar uma olhada.

O que mais se faz é tratamento de cadeia de caracteres... óbvio :D mas,
> para dar alguns exemplos práticos: busca de padrões ou de similaridades
> entre seqüências, identificação de diferenças entre seqüências,
> varreduras ou complementações de seqüências etc.
>
> []s
>


É... o saudade disso!! Espero poder voltar a mexer com isso um dia...


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> --
>    Wagner Arbex
>   Doutorando em Engenharia de Sistemas e Computacao - COPPE/UFRJ
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André Garcia Carneiro
Analista/Desenvolvedor Perl
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