[SP-pm] Dúvida
Alexandre Tashima
aktashi at hotmail.com
Thu Aug 7 12:25:54 PDT 2008
Pessoal,
Estou com uma nova dúvida. Escrevi um programinha de exercício do livro "Beginning Perl for Bioinformatics", mas ele está com algum erro que eu estou quebrando a cabeça e não consigo achar. É um programa para contar a frequência de cada uma das bases em uma sequência de DNA. Sem subrotina ele funciona, mas agora eu criei uma subrotina e um programa principal e ele não está passando a variável corretamente. O código é o seguinte:
#!usr\bin\perl -w
#
# Este programa calcula a % de cada nucleotideo em
# uma sequencia de DNA
use strict;
use warnings;
# Entrada da sequencia de DNA
print "Entre com a sequencia de DNA:\n";
my($dna);
$dna = 'ACGTACGTACGT';
print $dna, "\n";
exercise($dna);
exit;
sub exercise {
use strict;
use warnings;
my($dna, $a, $c, $g, $t, $length, $ver);
$dna = @_;
print "DNA = $dna\n";
# Teste de pausa do programa
$ver = <STDIN>;
# Contagem da frequencia de cada nucleotideo
$a = ($dna =~ tr/Aa//);
$c = ($dna =~ tr/Cc//);
$g = ($dna =~ tr/Gg//);
$t = ($dna =~ tr/Tt//);
# Calculo do tamanho do fragmento de DNA
$length = length($dna);
# Calculo da porcentagem de cada residuo
$a = int(100*$a/$length);
$c = int(100*$c/$length);
$g = int(100*$g/$length);
$t = int(100*$t/$length);
print "A = $a %\n";
print "C = $c %\n";
print "G = $g %\n";
print "T = $t %\n";
print "DNA = $length\n";
return $dna;
}
Ah, e estou usando o ConTEXT ao invés do notepad. É muito melhor.
Abraços,
Alexandre
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