[SP-pm] Dúvida

Alexandre Tashima aktashi at hotmail.com
Thu Aug 7 12:25:54 PDT 2008


Pessoal,

Estou com uma nova dúvida. Escrevi um programinha de exercício do livro "Beginning Perl for Bioinformatics", mas ele está com algum erro que eu estou quebrando a cabeça e não consigo achar. É um programa para contar a frequência de cada uma das bases em uma sequência de DNA. Sem subrotina ele funciona, mas agora eu criei uma subrotina e um programa principal e ele não está passando a variável corretamente. O código é o seguinte:

#!usr\bin\perl -w
#
# Este programa calcula a % de cada nucleotideo em
# uma sequencia de DNA

use strict;
use warnings;

# Entrada da sequencia de DNA
print "Entre com a sequencia de DNA:\n";
my($dna);
$dna = 'ACGTACGTACGT';

print $dna, "\n";

exercise($dna);

exit;

sub exercise {

    use strict;
    use warnings;

    my($dna, $a, $c, $g, $t, $length, $ver);

    $dna = @_;

    print "DNA = $dna\n";

    # Teste de pausa do programa
    $ver = <STDIN>;

    # Contagem da frequencia de cada nucleotideo
    $a = ($dna =~ tr/Aa//);
    $c = ($dna =~ tr/Cc//);
    $g = ($dna =~ tr/Gg//);
    $t = ($dna =~ tr/Tt//);

    # Calculo do tamanho do fragmento de DNA
    $length = length($dna);

    # Calculo da porcentagem de cada residuo
    $a = int(100*$a/$length);
    $c = int(100*$c/$length);
    $g = int(100*$g/$length);
    $t = int(100*$t/$length);

    print "A = $a %\n";
    print "C = $c %\n";
    print "G = $g %\n";
    print "T = $t %\n";
    print "DNA = $length\n";
    
    return $dna;
    
}

Ah, e estou usando o ConTEXT ao invés do notepad. É muito melhor.

Abraços,
Alexandre


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