[SP-pm] Res: Ajuda básica

Alexandre Tashima aktashi at hotmail.com
Tue Jul 22 13:20:17 PDT 2008


Obrigado pelas dicas! Vou tentar esses outros editores de texto.

Abraços,
Alexandre


Date: Tue, 22 Jul 2008 17:16:57 -0300
From: anderson.andis em gmail.com
To: saopaulo-pm em mail.pm.org
Subject: Re: [SP-pm] Res: Ajuda básica

Alexandre,

Saudações bio-perl !!!

Também trabalho com bioinformática.

Aliás, sugiro também o ConText (http://www.contexteditor.org/downloads.html) como editor Perl que é super leve (1,6 Mb a última versão) e faz um ótimo highlight da sintax Perl.



Abraços,

-- 
Anderson Martins



2008/7/22 Márcio Vitor <cromo.jml em gmail.com>:

E por que não usar um editor ao invés do Notepad ?

Neste link do Perl Monks rola uma discussão sobre o assunto:

http://www.perlmonks.org/index.pl?node_id=43057

Para Win já usei e gostei do TextPad e Gvim, mas editor é questão de

gosto e necessidade, então só experimentando.

Bem vindo!



Márcio Vitor



2008/7/22 Alexandre Tashima <aktashi em hotmail.com>:

> Obrigado pelas respostas. Este erro do ; eu nem havia notado, porque eu

> copiei novamente os arquivos do exemplo do livro.

>

> Abraços,

> Alexandre

>

> ________________________________

> Date: Tue, 22 Jul 2008 12:55:18 -0700

> From: ricardo_filipo em yahoo.com.br

> To: saopaulo-pm em mail.pm.org

> Subject: [SP-pm] Res: Ajuda básica

>

> Paree que falta o ";"  depois de

>

> $proteinfilename = 'NM_021964fragment.pep'

>

> E bons trabalhos com perl!

> Abração!

>

> ----- Mensagem original ----

> De: Alexandre Tashima <aktashi em hotmail.com>

> Para: saopaulo-pm em pm.org

> Enviadas: Terça-feira, 22 de Julho de 2008 16:39:27

> Assunto: [SP-pm] Ajuda básica

>

> Olá,

>

> Acabo de me inscrever na lista porque tenho algumas dúvidas básicas sobre

> Perl. Estou começando a aprender a linguagem porque tenho interesse em

> bioinformática e Perl me pareceu muito interessante para a área. Bom, estou

> com uma dúvida básica e não sei se este é o meio adequado para resolvê-la,

> mas vamos lá. Comecei a fazer alguns programas e usando o comando open para

> abrir um arquivo, me aparece a seguinte mensagem de erro:

>

>

> syntax error at read_prot.pl line 12, near "open"

> Execution of read_prot.pl aborted due to compilation errors.

>

>

> O programa que escrevi é do exemplo 4.5 do livro Beginning Perl for

> Bioinformatics:

>

> #!usr;bin;perl -w

> # Reading protein sequence data from a file

>

> # The filename of the file containing the protein sequence data

>

> $proteinfilename = 'NM_021964fragment.pep'

>

> # First, we have to open the file and associate

> # a filehandle to it. We choose filehandle

> # PROTEINFILE for readability.

>

> open PROTEINFILE, $proteinfilename or die $!;

>

> # Now we do the actual reading of the protein sequence data

> # from the file by using the angle brackets <> to get the input

> # from the filehandle. We store our data into our variable $protein

>

> $protein = <PROTEIN>;

>

> # Now that we've got our data, we can close the file

>

> close PROTEIN;

>

> # Print the DNA onto the screen

>

> print "Here is the protein:\n\n";

> print $protein, "\n\n";

>

> exit;

>

>

> e o arquivo 'NM_021964fragment.pep' contém uma sequência com letras de

> aminoácidos que compõem uma proteína. Uso um computador IBM pentium 4 com

> Windows XP Home. Não sei o que há de errado, alguém pode me ajudar a

> resolver este problema?

>

> Obrigado,

> Alexandre

>

>

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