[SP-pm] Res: Ajuda básica

[Alexandre Tashima]

Obrigado pelas respostas. Este erro do ; eu nem havia notado, porque eu copiei novamente os arquivos do exemplo do livro.

Abraços,
Alexandre

Date: Tue, 22 Jul 2008 12:55:18 -0700
From: ricardo_filipo em yahoo.com.br
To: saopaulo-pm em mail.pm.org
Subject: [SP-pm] Res:  Ajuda básica



Paree que falta o ";"  depois de 

$proteinfilename = 'NM_021964fragment.pep'

E bons trabalhos com perl!
Abração!

----- Mensagem original ----
De: Alexandre Tashima <aktashi em hotmail.com>
Para: saopaulo-pm em pm.org
Enviadas: Terça-feira, 22 de Julho de 2008 16:39:27
Assunto: [SP-pm] Ajuda básica

 


Olá,

Acabo de me inscrever na lista porque tenho algumas dúvidas básicas sobre Perl. Estou começando a aprender a linguagem porque tenho interesse em bioinformática e Perl me pareceu muito interessante para a área. Bom, estou com uma dúvida básica e não sei se este é o meio adequado para resolvê-la, mas vamos lá. Comecei a fazer alguns programas e usando o comando open para abrir um arquivo, me aparece a seguinte mensagem de erro:


syntax error at read_prot.pl line 12, near "open"
Execution of read_prot.pl aborted due to compilation errors.


O programa que escrevi é do exemplo 4.5 do livro Beginning Perl for Bioinformatics:

#!usr;bin;perl -w
# Reading protein sequence data from a file

# The filename of the file containing the protein sequence data

$proteinfilename = 'NM_021964fragment.pep'

# First, we have to open the file and
 associate
# a filehandle to it. We choose filehandle 
# PROTEINFILE for readability.

open PROTEINFILE, $proteinfilename or die $!;

# Now we do the actual reading of the protein sequence data
# from the file by using the angle brackets <> to get the input 
# from the filehandle. We store our data into our variable $protein

$protein = <PROTEIN>;

# Now that we've got our data, we can close the file

close PROTEIN;

# Print the DNA onto the screen

print "Here is the protein:\n\n";
print $protein, "\n\n";

exit;


e o arquivo 'NM_021964fragment.pep' contém uma sequência com letras de aminoácidos que compõem uma proteína. Uso um computador IBM pentium 4 com Windows XP Home. Não sei o que há de errado, alguém pode me ajudar a resolver este problema?


Obrigado,
Alexandre
 

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