<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<div class="PlainText">Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.<br>
Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.<br>
Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.<br>
<br>
Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj@gmail.com> escreveu:<br>
<br>
</div>
<div>
<div dir="ltr">eu não gosto de alterar o perl do sistema.
<div><br>
</div>
<div>mas posso estar sendo paranoico.</div>
</div>
<div class="x_gmail_extra"><br>
<br>
<div class="x_gmail_quote">2014-01-30 Nicole Scherer <span dir="ltr"><<a href="mailto:bionica2007-perl@yahoo.com" target="_blank">bionica2007-perl@yahoo.com</a>></span><br>
<blockquote class="x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div><span>Oi Blabos,</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do admin.</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para bioinformática, e também vem com o CPAN, que
o do sistema não vem. O meu objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante. Estou nesse dilema porque é uma máquina
de uso compartilhado. Tenho receio de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
<span></span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
<span></span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Obrigada!!!</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span>Nicole</span></div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="display:block"><br>
<br>
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:10pt">
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:12pt">
<div dir="ltr"><font face="Arial">Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <<a href="mailto:blabos@gmail.com" target="_blank">blabos@gmail.com</a>> escreveu:<br>
</font></div>
<div>
<div class="x_h5">
<div>
<div>
<div dir="ltr">Pessoal,
<div><br>
</div>
<div>O perlbrew não ajudaria não?</div>
<div><br>
</div>
<div>Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.</div>
<div><br>
</div>
<div>Seriam apenas os comandos:</div>
<div><br>
</div>
<div>$ curl -L <a rel="nofollow" href="http://install.perlbrew.pl/" target="_blank">
http://install.perlbrew.pl</a> | bash<br>
</div>
<div>$ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc</div>
<div>$ perlbrew install perl-5.18.2</div>
<div>$ perlbrew switch perl-5.18.2</div>
<div>$ perlbrew install-cpanm</div>
<div>$ cpanm My::Incredible::Module</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>[]'s</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div><br>
<br>
<div>2014-01-30 Stanislaw Pusep <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" href="mailto:creaktive@gmail.com" target="_blank">creaktive@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa rodar nunca mais.
<div>Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema): "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão local::lib configurado ao fazer
o login :)</div>
</div>
<div><br>
<br>
<div>2014-01-30 Nicole Scherer <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" href="mailto:bionica2007-perl@yahoo.com" target="_blank">bionica2007-perl@yahoo.com</a>></span>
<div>
<div><br>
<blockquote style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Obrigada, Stanislaw!<br>
<br>
Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for instalar novos pacotes? Com
as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do local::lib?<br>
<br>
Abraços,<br>
Nicole<br>
<br>
<div><span><br>
</span></div>
<div style="display:block"><br>
<br>
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:10pt">
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:12pt">
<div dir="ltr"><font face="Arial">Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <<a rel="nofollow" href="mailto:creaktive@gmail.com" target="_blank">creaktive@gmail.com</a>> escreveu:<br>
</font></div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.</div>
<div>O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?</div>
<div>Aqui, por exemplo, aparece:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";</div>
<div>export PATH;</div>
<div>PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";</div>
<div>export PERL5LIB;</div>
<div>PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";</div>
<div>export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;</div>
<div>PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";</div>
<div>export PERL_MB_OPT;</div>
<div>PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";</div>
<div>export PERL_MM_OPT;</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)</div>
<div>O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib" diz.</div>
</div>
<div><br clear="none">
<br clear="none">
<div>2014-01-30 Nicole Scherer <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" shape="rect" href="mailto:bionica2007-perl@yahoo.com" target="_blank">bionica2007-perl@yahoo.com</a>></span><br clear="none">
<blockquote style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>Obrigada Stanislaw e Aureliano!<br clear="none">
<br clear="none">
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?<br clear="none">
<br clear="none">
Stanislaw,<br clear="none">
<br clear="none">
como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então não seria necessário que o usuário instalasse
novamente, correto? Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?<br clear="none">
<br clear="none">
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:<br clear="none">
<br clear="none">
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br clear="none">
local::lib is installed. You must now add the following environment variables<br clear="none">
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and<br clear="none">
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] <br clear="none">
<br clear="none">
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br clear="none">
<br clear="none">
Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc<br clear="none">
<br clear="none">
Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.<br clear="none">
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.<br clear="none">
<br clear="none">
Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso seja demais, não?<br clear="none">
<br clear="none">
Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? <br clear="none">
A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?<br clear="none">
<br clear="none">
Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do ambiente local, não é usado
na execução dos módulos, certo? O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não vai precisar executar o local::lib, certo?<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
Obrigada pela ajuda!<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
Abraços,<br clear="none">
Nicole<br clear="none">
</div>
<div style="display:block"><br clear="none">
<br clear="none">
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:10pt">
<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:12pt">
<div dir="ltr"><font face="Arial">Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <<a rel="nofollow" shape="rect" href="mailto:guedes_1000@hotmail.com" target="_blank">guedes_1000@hotmail.com</a>> escreveu:<br clear="none">
</font></div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Caraca. Complexo.<br clear="none">
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.<br clear="none">
Hello colega bioinformata.<br clear="none">
<br clear="none">
Stanislaw Pusep <<a rel="nofollow" shape="rect" href="mailto:creaktive@gmail.com" target="_blank">creaktive@gmail.com</a>> escreveu:<br clear="none">
<br clear="none">
</div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Olá Nicole!</div>
<div>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>#!/usr/bin/perl</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>para:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>#!/usr/bin/env perl</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3.1. Download do local::lib:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>$ wget <a rel="nofollow" shape="rect" href="http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz" target="_blank">
http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz</a></div>
<div>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz</div>
<div>$ cd local-lib-2.000004/</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3.2. Instalação do local::lib:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5</div>
<div>$ make</div>
<div>$ make test</div>
<div>$ make install</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile</div>
<div>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)</div>
<div>PROFILE</div>
<div>$</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no
.profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3.4. Carregar a configuração:</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>. $HOME/.profile</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>$ cpan</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow</div>
<div>cpan[2]> o conf commit</div>
<div>cpan[3]> install App::cpanminus</div>
<div>cpan[4]> quit</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div>Boa sorte!</div>
</div>
<div><br clear="none">
<br clear="none">
<div>2014-01-29 Nicole Scherer <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" shape="rect" href="mailto:bionica2007-perl@yahoo.com" target="_blank">bionica2007-perl@yahoo.com</a>></span><br clear="none">
<blockquote style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>Boa tarde, queridos Mongers,</div>
<div><br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (<a rel="nofollow" shape="rect" href="http://www.rocksclusters.org/" target="_blank">http://www.rocksclusters.org/</a>) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia
tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes
coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- a do sistema (RHEL6):<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
$ /usr/bin/perl -v<br clear="none">
This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- e a do Rocks:</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
$ /opt/perl/bin/perl -v<br clear="none">
This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Cada qual com as suas bibliotecas.<br clear="none">
<br clear="none">
@INC:<br clear="none">
/usr/local/lib64/perl5<br clear="none">
/usr/local/share/perl5<br clear="none">
/usr/lib64/perl5/vendor_perl<br clear="none">
/usr/share/perl5/vendor_perl<br clear="none">
/usr/lib64/perl5<br clear="none">
/usr/share/perl5<br clear="none">
.<br clear="none">
@INC:<br clear="none">
/opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi<br clear="none">
/opt/perl/lib/site_perl/5.14.2<br clear="none">
/opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi<br clear="none">
/opt/perl/lib/5.14.2<br clear="none">
.<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Agora é que começam meus problemas...</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter
este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
<br clear="none">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o
mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default
pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
[hpcst06@crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm<br clear="none">
'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],<br clear="none">
'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],<br clear="none">
'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],<br clear="none">
'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],<br clear="none">
'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )<br clear="none">
[hpcst06@crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm<br clear="none">
'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],<br clear="none">
'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],<br clear="none">
'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],<br clear="none">
'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],<br clear="none">
'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Claro que o usuário pode executar</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Alguém já passou por isto?</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.<br clear="none">
</div>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.<br clear="none">
Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)<br clear="none">
What approach do you want? (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')<br clear="none">
[local::lib] <br clear="none">
Ou devo usar sempre <br clear="none">
$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'<br clear="none">
?<br clear="none">
(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)<br clear="none">
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- Rodando<br clear="none">
[hpcst06@crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'<br clear="none">
<br clear="none">
- deu tudo certo.<br clear="none">
[...]<br clear="none">
Result: PASS<br clear="none">
ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz<br clear="none">
/usr/bin/make test -- OK<br clear="none">
Running make install<br clear="none">
Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'<br clear="none">
Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm<br clear="none">
Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3<br clear="none">
Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod<br clear="none">
ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz<br clear="none">
/usr/bin/make install -- OK<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
Test Summary Report<br clear="none">
-------------------<br clear="none">
t/05-obj.t (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)<br clear="none">
Non-zero exit status: 2<br clear="none">
Parse errors: No plan found in TAP output<br clear="none">
t/06-obj2.t (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)<br clear="none">
Non-zero exit status: 2<br clear="none">
Parse errors: No plan found in TAP output<br clear="none">
t/07-sort.t (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)<br clear="none">
Non-zero exit status: 2<br clear="none">
Parse errors: No plan found in TAP output<br clear="none">
t/25-weak.t (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)<br clear="none">
Non-zero exit status: 2<br clear="none">
Parse errors: No plan found in TAP output<br clear="none">
Files=54, Tests=258, 4 wallclock secs ( 0.19 usr 0.09 sys + 2.82 cusr 0.40 csys = 3.50 CPU)<br clear="none">
Result: FAIL<br clear="none">
Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.<br clear="none">
make: *** [test_dynamic] Error 255<br clear="none">
GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz<br clear="none">
/usr/bin/make test -- NOT OK<br clear="none">
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:<br clear="none">
reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz<br clear="none">
Running make install<br clear="none">
make test had returned bad status, won't install without force<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
<br clear="none">
<br clear="none">
Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.<br clear="none">
<br clear="none">
Abraços a todos,<br clear="none">
Nicole Scherer<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br clear="none">
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<a rel="nofollow" shape="rect" href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br clear="none">
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Tiago B. Peczenyj<br>
Linux User #405772<br>
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