<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<div class="PlainText">Caraca. Complexo.<br>
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.<br>
Hello colega bioinformata.<br>
<br>
Stanislaw Pusep <creaktive@gmail.com> escreveu:<br>
<br>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Olá Nicole!</div>
<div>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:</div>
<div><br>
</div>
<div>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH</div>
<div><br>
</div>
<div>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:</div>
<div><br>
</div>
<div>#!/usr/bin/perl</div>
<div><br>
</div>
<div>para:</div>
<div><br>
</div>
<div>#!/usr/bin/env perl</div>
<div><br>
</div>
<div>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.</div>
<div><br>
</div>
<div>3.1. Download do local::lib:</div>
<div><br>
</div>
<div>$ wget <a href="http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz">
http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz</a></div>
<div>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz</div>
<div>$ cd local-lib-2.000004/</div>
<div><br>
</div>
<div>3.2. Instalação do local::lib:</div>
<div><br>
</div>
<div>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5</div>
<div>$ make</div>
<div>$ make test</div>
<div>$ make install</div>
<div><br>
</div>
<div>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):</div>
<div><br>
</div>
<div>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile</div>
<div>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)</div>
<div>PROFILE</div>
<div>$</div>
<div><br>
</div>
<div>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no
.profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.</div>
<div><br>
</div>
<div>3.4. Carregar a configuração:</div>
<div><br>
</div>
<div>. $HOME/.profile</div>
<div><br>
</div>
<div>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):</div>
<div><br>
</div>
<div>$ cpan</div>
<div><br>
</div>
<div>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow</div>
<div>cpan[2]> o conf commit</div>
<div>cpan[3]> install App::cpanminus</div>
<div>cpan[4]> quit</div>
<div><br>
</div>
<div>Boa sorte!</div>
</div>
<div class="x_gmail_extra"><br>
<br>
<div class="x_gmail_quote">2014-01-29 Nicole Scherer <span dir="ltr"><<a href="mailto:bionica2007-perl@yahoo.com" target="_blank">bionica2007-perl@yahoo.com</a>></span><br>
<blockquote class="x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>
<div>
<div style="font-size:10pt; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<div>Boa tarde, queridos Mongers,</div>
<div><br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (<a href="http://www.rocksclusters.org/" target="_blank">http://www.rocksclusters.org/</a>) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários
do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- a do sistema (RHEL6):<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
$ /usr/bin/perl -v<br>
This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- e a do Rocks:</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
$ /opt/perl/bin/perl -v<br>
This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Cada qual com as suas bibliotecas.<br>
<br>
@INC:<br>
/usr/local/lib64/perl5<br>
/usr/local/share/perl5<br>
/usr/lib64/perl5/vendor_perl<br>
/usr/share/perl5/vendor_perl<br>
/usr/lib64/perl5<br>
/usr/share/perl5<br>
.<br>
@INC:<br>
/opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi<br>
/opt/perl/lib/site_perl/5.14.2<br>
/opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi<br>
/opt/perl/lib/5.14.2<br>
.<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Agora é que começam meus problemas...</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter
este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
<br>
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o
mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default
pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
[hpcst06@crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm<br>
'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],<br>
'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],<br>
'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],<br>
'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],<br>
'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],<br>
<br>
<br>
(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )<br>
[hpcst06@crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm<br>
'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],<br>
'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],<br>
'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],<br>
'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],<br>
'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],<br>
<br>
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Claro que o usuário pode executar</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Alguém já passou por isto?</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.<br>
</div>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.<br>
<br>
<br>
- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.<br>
Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)<br>
What approach do you want? (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')<br>
[local::lib] <br>
Ou devo usar sempre <br>
$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'<br>
?<br>
(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)<br>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- Rodando<br>
[hpcst06@crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'<br>
<br>
- deu tudo certo.<br>
[...]<br>
Result: PASS<br>
ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz<br>
/usr/bin/make test -- OK<br>
Running make install<br>
Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'<br>
Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm<br>
Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3<br>
Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod<br>
ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz<br>
/usr/bin/make install -- OK<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
Test Summary Report<br>
-------------------<br>
t/05-obj.t (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)<br>
Non-zero exit status: 2<br>
Parse errors: No plan found in TAP output<br>
t/06-obj2.t (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)<br>
Non-zero exit status: 2<br>
Parse errors: No plan found in TAP output<br>
t/07-sort.t (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)<br>
Non-zero exit status: 2<br>
Parse errors: No plan found in TAP output<br>
t/25-weak.t (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)<br>
Non-zero exit status: 2<br>
Parse errors: No plan found in TAP output<br>
Files=54, Tests=258, 4 wallclock secs ( 0.19 usr 0.09 sys + 2.82 cusr 0.40 csys = 3.50 CPU)<br>
Result: FAIL<br>
Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.<br>
make: *** [test_dynamic] Error 255<br>
GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz<br>
/usr/bin/make test -- NOT OK<br>
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:<br>
reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz<br>
Running make install<br>
make test had returned bad status, won't install without force<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
<br>
<br>
Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.<br>
<br>
Abraços a todos,<br>
Nicole Scherer<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="font-style:normal; font-size:13.3333px; background-color:transparent; font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif">
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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</div>
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<br>
_______________________________________________<br>
Rio-pm mailing list<br>
<a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
<a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>