<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
Renato, fiquei sem entender, no meu caso não esta fazendo so um loop? E qual a diferença entre usar um hash %h ou tranformar $h em um hash??<br>Desculpe as perguntas é que não faço nenhum curso ligado a computação logo as vezes fico "boiando".<br><br>Thiago, segue o script caso tenha também algo a modificar/acrescentar a nível das minhas péssimas práticas.<br><br>use warnings;<br>use strict;<br>use Path::Class;<br><br>#Guardar os valores em um hash acessado pelo valor do mfe<br>sub h_energy{ <br> my $data = shift;<br> my $file = file($data)->openr();<br> my %hmfe = (); <br> my $mirna;<br> my $record;<br> <br> while (my $linha = <$file>) {<br> if ( $linha =~ m{target:.*} ) {<br> $record = $linha . $record if ($record);<br> $hmfe{$mirna} = $record if ($mirna);<br> $mirna = $+{mirna};<br> $record = q() if ($record);<br> }<br> elsif ($linha =~ m{mfe:\s+(\S+)\s+kcal/mol}){<br> $mirna = $1;<br> $record .= $linha;<br> }<br> else {<br> $record .= $linha;<br> }<br> }<br> return %hmfe;<br>}<br><br><br>sub termofilter{<br> my ($data, $min, $max) = @_;<br> my %d = h_energy($data);<br> foreach my $keys (keys %d){<br> if($keys >= $min and $keys <= $max){<br> print $keys . "\n";<br> }<br> }<br>}<br>termofilter("hybrid.txt", "-30", "-20");<br><br><div><div id="SkyDrivePlaceholder"></div>> Date: Thu, 29 Nov 2012 17:27:15 -0200<br>> From: thiagoglauco@ticursos.net<br>> To: rio-pm@pm.org<br>> Subject: Re: [Rio-pm] Chaves de hash<br>> <br>> Onde estou agora o firewall bloqueia o pastebin. Pela sua explicação, <br>> verificar por regex seria uma solução segura. O número sera convertido <br>> para um string e, se a sua regex prevê uma margem segura para a <br>> imprecisão do ponto flutuante na sua aplicação, funciona sem problemas.<br>> <br>> Em 2012-11-29 16:59, Aureliano Guedes escreveu:<br>> > Nossa, aqui virou uma arena de ideias, da para aprender muita coisa <br>> > so lendo.<br>> ><br>> > O problema é o seguinte, eu tenho uma lista nesse formato:<br>> ><br>> > target: 01010101<br>> > length: 581<br>> > miRNA : hsa-miR-15a<br>> > length: 22<br>> ><br>> > mfe: -24.4 kcal/mol<br>> > p-value: 0.334111<br>> ><br>> > position 244<br>> > target 5' C UCUCCUGUGGUCUCU G U 3'<br>> > CACA GACCA GUGCUGUU<br>> > GUGU UUGGU CACGACGA<br>> > miRNA 3' AAUA U 5'<br>> ><br>> > Conforme este arquivo http://pastebin.com/9v6WFUT7<br>> ><br>> > Eu quero filtrar essa lista de acordo com o valor de mfe.<br>> ><br>> > Exemplo, se mfe for menor que -30 e maior que -20 esta dentro.<br>> ><br>> > Logo fiz da seguinte forma: http://pastebin.com/Dnhv0Zya<br>> ><br>> > Funcionou, o problema era sono. Não percebi que a regex estava<br>> > pegando um espaço.<br>> ><br>> > Quanto a usar reais como chave de hash, se eu tiver dois reais iguais<br>> > poderá ser um problema para acessar os valores,<br>> > mas em toda regra existe sua exceção.<br>> ><br>> > No meu caso, o que me importa é que mfe esteja no intervalo <br>> > determinado.<br>> ><br>> > Caso descordem seria uma honra ler a explicação de qualquer um de <br>> > vocês.<br>> ><br>> >> Date: Thu, 29 Nov 2012 16:44:50 -0200<br>> >> From: thiagoglauco@ticursos.net<br>> >> To: rio-pm@pm.org<br>> >> Subject: Re: [Rio-pm] Chaves de hash<br>> >><br>> >> Um exemplo mais preciso:<br>> >><br>> >> $ uname -a<br>> >> SunOS cg01spo 5.10 Generic_138888-03 sun4v sparc<br>> >> SUNW,SPARC-Enterprise-T5120<br>> >><br>> >> $ perl -E '<br>> >> if (0.2 > 0.19999999999999997){<br>> >> say "0.2 is greater than 0.19999999999999997";}<br>> >> else {<br>> >> say "Floating Point is not true real"};'<br>> >> 0.2 is greater than 0.19999999999999997<br>> >> $<br>> >><br>> >> $ perl -E '<br>> >> if (0.2 > 0.19999999999999998){<br>> >> say "0.2 is greater than 0.19999999999999998";}<br>> >> else {<br>> >> say "Floating Point is not true real"};'<br>> >> Floating Point is not true real<br>> >> $<br>> >><br>> >> Por que é importante saber essas coisas?<br>> >> http://ta.twi.tudelft.nl/users/vuik/wi211/disasters.html<br>> >><br>> >><br>> >><br>> >><br>> >><br>> >><br>> >> Em 2012-11-29 15:13, thiagoglauco@ticursos.net escreveu:<br>> >> >> Não se compara reais por igualdade.<br>> >> > Se você tem erro na igualdade, terá nas outras comparações se a<br>> >> > diferença entre os números for menor que o maior acréscimo <br>> >> suportado<br>> >> > pela plataforma:<br>> >> ><br>> >> > $ perl -E '<br>> >> > if (0.2 > 0.19999999999999999999999999999999999999999999){<br>> >> >> say "0.2 is greater than <br>> >> 0.19999999999999999999999999999999999999";}<br>> >> >> else {<br>> >> >> say "Floating Point is not true real"};'<br>> >> > Floating Point is not true real<br>> >> > $<br>> >> ><br>> >> > $ perl -E '<br>> >> > if (0.2 > 0.199999){<br>> >> > say "0.2 is greater than 0.199999";}<br>> >> > else {<br>> >> > say "Floating Point is not true real"};'<br>> >> > 0.2 is greater than 0.199999<br>> >> > $<br>> >> ><br>> >> > Então, comparar pontos flutuantes não é seguro. Nem igualdade, nem<br>> >> > maio, nem menor.<br>> >> ><br>> >> > E mais: garanto que se você quer usar um número real como chave de<br>> >> > Hash você tem um problema na análise da lógica do problema que <br>> >> está<br>> >> > enfrentando e como solucioná-lo.<br>> >> ><br>> >> ><br>> >> > Em 2012-11-29 10:36, Blabos de Blebe escreveu:<br>> >> >> Na verdade é o contrário, não?<br>> >> >><br>> >> >> Não se compara reais por igualdade.<br>> >> >><br>> >> >> Se você usa reais como chaves de hash, você tem algum problema...<br>> >> >><br>> >> >> Ao não controlar a representação interna em ponto flutuante, você<br>> >> >> pode<br>> >> >> nunca mais alcançar o valor relacionado à chave, se usar um <br>> >> número<br>> >> >> real como chave, pois qualquer bit diferente, mesmo que <br>> >> arredondando<br>> >> >> no mesmo número vai resultar num cálculo diferente na tabela <br>> >> hash.<br>> >> >><br>> >> >> Igualdade entre númros reais constuma ser definida como algo <br>> >> assim:<br>> >> >><br>> >> >> sub float_equal {<br>> >> >> my ($first, $second) = @_;<br>> >> >> my $threshold = 0.00000001 # arbitrário<br>> >> >> return abs( $first - $second ) < $threshold;<br>> >> >> }<br>> >> >><br>> >> >> Converter para string antes de usar como chave de hash também não <br>> >> me<br>> >> >> parece saudável, pois, embora a string vá funcionar bem no hash,<br>> >> >> você<br>> >> >> não garante que a conversão vai resultar sempre na mesma string, <br>> >> e<br>> >> >> aí<br>> >> >> vc se ferra do mesmo jeito.<br>> >> >><br>> >> >> Por outro lado, se você nunca vai acessar o elemento do hash <br>> >> através<br>> >> >> da chave, um foreach por keys() ou values() vai te retornar os<br>> >> >> valores...<br>> >> >><br>> >> >> Mas aí eu te perguntaria por que rails você está usando hash pra<br>> >> >> isso...<br>> >> >><br>> >> >><br>> >> >><br>> >> >> On Thu, Nov 29, 2012 at 6:47 AM, <thiagoglauco@ticursos.net> <br>> >> wrote:<br>> >> >>> Existe um problema aqui, diferente da comparação.<br>> >> >>> A comparação de reais é problemática devido a estrutura interna <br>> >> do<br>> >> >>> ponto<br>> >> >>> flutuante. NÃO SE COMPARA REAIS POR MAIOR OU MENOR.Isso não é do<br>> >> >>> Perl, mas<br>> >> >>> das regras de aproximação usada pelos processadores.<br>> >> >>><br>> >> >>> Rounding rules<br>> >> >>><br>> >> >>> The standard defines five rounding rules. The first two round to <br>> >> a<br>> >> >>> nearest<br>> >> >>> value; the others are called directed roundings:<br>> >> >>> Roundings to nearest<br>> >> >>><br>> >> >>> Round to nearest, ties to even – rounds to the nearest value;<br>> >> >>> if the<br>> >> >>> number falls midway it is rounded to the nearest value with an <br>> >> even<br>> >> >>> (zero)<br>> >> >>> least significant bit, which occurs 50% of the time; this is the<br>> >> >>> default for<br>> >> >>> binary floating-point and the recommended default for decimal.<br>> >> >>> Round to nearest, ties away from zero – rounds to the nearest<br>> >> >>> value; if<br>> >> >>> the number falls midway it is rounded to the nearest value above<br>> >> >>> (for<br>> >> >>> positive numbers) or below (for negative numbers); this is <br>> >> intended<br>> >> >>> as an<br>> >> >>> option for decimal floating point.<br>> >> >>><br>> >> >>> Directed roundings<br>> >> >>><br>> >> >>> Round toward 0 – directed rounding towards zero (also known as<br>> >> >>> truncation).<br>> >> >>> Round toward +∞ – directed rounding towards positive infinity<br>> >> >>> (also<br>> >> >>> known as rounding up or ceiling).<br>> >> >>> Round toward −∞ – directed rounding towards negative infinity<br>> >> >>> (also<br>> >> >>> known as rounding down or floor).<br>> >> >>><br>> >> >>> Se a comparação for inevitável, converta o seu número para <br>> >> string e<br>> >> >>> compare<br>> >> >>> ou determine um nível de precisão aceitável e faça bit a bit.<br>> >> >>><br>> >> >>> Em 2012-11-28 21:42, Aureliano Guedes escreveu:<br>> >> >>>><br>> >> >>>> Ola Monges.<br>> >> >>>><br>> >> >>>> Estou com um problema simples mas que não acho a solução.<br>> >> >>>><br>> >> >>>> Eu tenho um hash onde as chaves são valores numericos reais (a<br>> >> >>>> maioria negativo e quase nenhum inteiro).<br>> >> >>>> Estou limitando esses valores por um maximo e um minimo.<br>> >> >>>><br>> >> >>>> foreach my $keys (keys %d) {<br>> >> >>>> if ($keys <= $min and $keys >= $max) {<br>> >> >>>> print "$d{$keys}";<br>> >> >>>> }<br>> >> >>>> }<br>> >> >>>><br>> >> >>>> Problema que não da certo.<br>> >> >>>> Ha algo de errado aqui??<br>> >> >>>><br>> >> >>>> _______________________________________________<br>> >> >>>> Rio-pm mailing list<br>> >> >>>> Rio-pm@pm.org<br>> >> >>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> >> >>><br>> >> >>><br>> >> >>> _______________________________________________<br>> >> >>> Rio-pm mailing list<br>> >> >>> Rio-pm@pm.org<br>> >> >>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> >> >> _______________________________________________<br>> >> >> Rio-pm mailing list<br>> >> >> Rio-pm@pm.org<br>> >> >> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> >> ><br>> >> > _______________________________________________<br>> >> > Rio-pm mailing list<br>> >> > Rio-pm@pm.org<br>> >> > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> >><br>> >> _______________________________________________<br>> >> Rio-pm mailing list<br>> >> Rio-pm@pm.org<br>> >> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> ><br>> > _______________________________________________<br>> > Rio-pm mailing list<br>> > Rio-pm@pm.org<br>> > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br>> <br>> _______________________________________________<br>> Rio-pm mailing list<br>> Rio-pm@pm.org<br>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm<br></div> </div></body>
</html>