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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
Bem, sou da biomedicina, trabalho atualmente com pesquisa em genética de RNA's satelites e atualmente em silico.<br>Eu vejo sim um compartillhamento de dados, poucos são os casos que vejo uma certa ignorancia ao compartilhar!<br>Eu mesmo estarei compartilhando meus programas quando publicar meu trabalho!<br>Mas cada um com seu motivo.<br>Mas parece que tem uma galera de Ribeirão Preto aqui??<br>Faremos contato em breve, hahaha!<br><br><div><div id="SkyDrivePlaceholder"></div><hr id="stopSpelling">From: dsth@cantab.net<br>Date: Sat, 18 Feb 2012 12:03:39 +0000<br>To: rio-pm@pm.org<br>Subject: Re: [Rio-pm] Perl é genuinamente uma linguagem de script ou híbrida?<br><br>oi cleysinho,<br><br>nao exatamente. nao sei se phred/phrap eh um bom exemplo hoje em dia - quer dizer nao lembro-me a ultima vez que alguem eu trabalho com fez sanger sequencing e teve trace data (mas suponho que ainda seja usado pra low-medium throughput? - hoje em dia so faco high-throughput). <br>
<br>eles disponilibizam source code e.g. da pagina de phred "<font face="Arial, Helvetica, sans-serif">We distribute phred as 'C' source code: in order to run it you need a 'C' compiler." e </font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">"We distribute phrap/cross_match/swat as 'C' source code: in order to run them you need a 'C' compiler."</font>.<font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> a diferenca eh </font>que eles so fazem diretamente pra pessoas depois de registrar com eles. suponho isso eh pq a licensa eles usam nao eh gratis pra empresas e pra tentar evitar empresas usa-lo sem registrar eles nao simplesmente deixam o source num public ftp - mas eh gratis pra acedemicos (isto nao nao eh tao raro e.g. RepBase eh muito bem usado e tem uma politia semelhante).<br>
<br>um abraco,<br><br>dan.<br><br><br clear="all">Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)<br>-------------------------------------------------------------------------------------<br><a href="mailto:dsth@cantab.net">dsth@cantab.net</a><br>
<a href="mailto:dsth@cpan.org">dsth@cpan.org</a><br>
<br><br><div class="ecxgmail_quote">2012/2/18 Cleysinho <span dir="ltr"><<a href="mailto:cleysinhonv@gmail.com">cleysinhonv@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left:1ex">
Oi Daniel,<br><br>Eu acredito que existem pessoas e pessoas. Eu participei de curso de inverno de Bioinformática em Ribeirão Preto, senti que eles são extremamente sérios com estas questões e são um dos maiores incentivadores de estudantes de graduação a entrarem na área. O belo trabalho in silico é bem ajustado com os trabalhos de bancada. Resumindo eles são sérios com estas questões.<br>
<br>Por outro lado veja o programa Phred, Phrap eles são extremamente usados na bioinformática e até hoje eles não liberaram o código fonte, sempre que precisar você precisa mandar um email para o cara que desenvolveu para ele liberar o arquivo já compilado, o pior é que estou falando do programa amais usado. Programas para detectar regiões de microsateliite mais usados não disponibilizam o código.<br>
<br><br>Tem outros centro computacionais importantes no Brasil que publicaram um sistema de anotação de genoma na Bioinformatics e vendem o serviços de anotação.<br><br>É a realidade que vivemos hoje no que se diz computação científica. <br>
<div class="ecxHOEnZb"><div class="h5">
<br><div class="ecxgmail_quote">2012/2/18 Ole Peter Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:ole.ufg@gmail.com">ole.ufg@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left:1ex">
uma coisa e dados, outro e codigo. Tem que compartilhar e o codigo mesmo!!!! Caso nao, como ser conhecimeto livre???<div><br></div><div>No minimo, os algoritmos de pseudocodigo...</div><div><br></div><div>Acho muito bacana esta discussao, que eu vejo em nemhuma outra lista!</div>
<div><br></div><div>0le<br><br><div class="ecxgmail_quote">2012/2/17 Daniel Hughes <span dir="ltr"><<a href="mailto:dsth@cantab.net">dsth@cantab.net</a>></span><br><blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left:1ex">
<div><div>
<br><div class="ecxgmail_quote"><div><blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left:1ex"><div class="ecxgmail_quote"><div>Veja bem, isso é polêmico mas... uma vez que vc teve a ideia e vc implementou isso é "seu". Dependendo do seu grau de instrução no assunto vc pode querer ter a ideia para si ou dividir com o mundo. Felizmente o mundo perl gira em torno do CPAN então nós somos incentivados a dividir nossos codigos com a comunidade mas um cara q cresceu no mundo da biologia, por exemplo, pode não entender os beneficios disso. Ou seja, querer evitar que o codigo fonte seja divulgado pode ser um problema cultural onde se acredita que isso é o certo a se fazer, ou pode ser um desejo expresso do cara que mesmo compreendendo as inumeras vantagens insiste em ter tudo para si.</div>
<div><br></div></div></blockquote><br></div>desculpa, mas fiz meu doutorado em biologia molecular e nao to reconhecendo nada disso. em realidade em biologia tem ainda mais incentivo pra compartilhar dados pq nao pode publicar sem fazer isso. enquanto algumas pessoas talvez demorem um pouco pra assegurar que eles estão os primeiros em geral isso eh em termos de meses no maximo. tanto nos laboratórios quanto em bioinformatica os únicos dados e códigos escondidos sao do setor particular e nao academico.<div>
<br>
<br>dan.<br><br><br clear="all">Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)<br>-------------------------------------------------------------------------------------<br><a href="mailto:dsth@cantab.net">dsth@cantab.net</a><br>
<a href="mailto:dsth@cpan.org">dsth@cpan.org</a><br>
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Rio-pm mailing list<br>
<a href="mailto:Rio-pm@pm.org">Rio-pm@pm.org</a><br>
<a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm</a><br></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br> /////<br>
( O O )<br>=================oOO==(_)==OOo=================<div> Every day and every hour, I'm Learning more</div><div> The more I Learn, the less I Know about before</div>
<div> The Less I know, the more I want to Look around</div><div> Diggin' deeper into Higher Ground... UB40</div><div> .oooO Oooo.<br>==================( )=( )=====================<br>
\ ( ) /<br> \_) (_/<br>===============================================<br> Ole Peter Smith, IME, UFG<br> <a href="http://www.mat.ufg.br/docentes/olepeter" target="_blank">http://www.mat.ufg.br/docentes/olepeter</a> - ole at <a href="http://mat.ufg.br" target="_blank">mat.ufg.br</a><br>
===============================================<br> Life sure is a Mystery to be Lived<br> Not a Problem to be Solved<br>===============================================</div><br>
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<span style="font-family:arial;line-height:normal"><span style="font-family:sans-serif;line-height:19px"><b></b></span></span></div></div></div><div class="ecxHOEnZb"><div class="h5"><div style="font-family:tahoma,sans-serif;line-height:21px">
<div>
<span style="font-size:13px;line-height:21px"><div><span style="font-size:13px;line-height:21px">.: Inteligência Coletiva :.</span></div>Uma
inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial.
Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na
humanidade’. (</span><span style="font-size:13px;line-height:21px">Pierre Lévy)</span>
</div></div><div><a style="font-family:tahoma,sans-serif" href="http://www.cleysinho.blogspot.com" target="_blank">www.cleysinho.blogspot.com</a><br><a href="http://www.bioinfopop.ufv.br" target="_blank">www.bioinfopop.ufv.br</a><br>
<span style="font-family:tahoma,sans-serif"></span></div><div style="display:inline"></div><br>
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