A propósito, tem um módulo chamado BioPerl que você precisa conhecer. <div><br></div><div><br></div><div><br><a href="http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Tools/Blast.pm">http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Tools/Blast.pm</a></div>
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Cheers!</div><div><br><div class="gmail_quote">2010/7/26 Denilson Silva <span dir="ltr"><<a href="mailto:denilsongv2@hotmail.com">denilsongv2@hotmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>
<br> Oi pessoal, <br>
<br>
Estou com o seguinte problema: <br>
eu tenho um script perl que executa um programa através da função<br>
system, este programa gera sua saída num arquivo, ai quando ele <br>
termina a execução eu imprimo o conteúdo do arquivo na página web, <br>
porém, quando a execução do programa é demorada o script não <br>
continua a execução após a chamada system, ele reinicia e depois <br>
termina.<br>
<br>
script resumido:<br>
...<br>
my $query = CGI->new;<br>
print $query->header;<br>
print $query->start_html("Resultado");<br>
<b>&executaBuscas();</b><br>
print $query->end_html;<br>
<br>
<br>
sub executaBuscas{<br>
....<br>
if ( $query->param('ncbi') ) {<br>
... <br>
print $query->h2(' Resultado NCBI'); <br>
&<b>NCBI</b>($arquivo_de_entrada, $ncbi_prog, $ncbi_base);<br>
}<br>
....<br>
}<br>
<br>
sub NCBI {<br>
<br>
my $ncbi = NCBI->new();<br>
$arquivo_de_saida = "resultado.txt";<br>
$ncbi->setResultado($arquivo_de_saida); <br>
$ncbi-><b>consulta</b>();<br>
$ncbi->exibeResultado(); <b> <- está linha não é executada quanda função consulta demora na chamada system</b><br>
}<br>
<br>
consulta{<br>
....<br>
<b>system</b>("/usr/local/blast/bin/blastall -p $programa -d $pathbase -i $sequencia -o $resultado");<br>
....<br>
}<br>
<br>
saída com erro (o script imprime o comando print $query->h2(' Resultado NCBI'); duas vezes) :<br>
<br>
Resultado NCBI<br>
Resultado NCBI<br>
<br>
saida correta:<br>
<br>
Resultado NCBI<br>
<br>
#conteúdo do arquivo<br>
<br>
<br>
<b><br>
Se alguém puder ajudar ?</b><br>
<br>
<br>
<br>
Desde já obrigado.<br>
Abraço.<br>Denilson S. de Andrade<br><br><br><br>                                            <br><hr>O INTERNET EXPLORER 8 DÁ DICAS DE SEGURANÇA PARA VOCÊ <a href="http://www.microsoft.com/brasil/windows/internet-explorer/features/dicas.aspx?tabid=1&catid=1&WT.mc_id=1634" target="_blank">SAIBA MAIS!</a></div>
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(11)82907780<br>
</div>