[Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan & Perl Roll em Rocks Cluster

Blabos de Blebe blabos em gmail.com
Quinta Janeiro 30 06:12:11 PST 2014


Pessoal,

O perlbrew não ajudaria não?

Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.

Seriam apenas os comandos:

$ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
$ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
$ perlbrew install perl-5.18.2
$ perlbrew switch perl-5.18.2
$ perlbrew install-cpanm
$ cpanm My::Incredible::Module


[]'s





2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>

> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada, Stanislaw!
>>
>> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
>> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
>> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
>> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
>> ainda preciso do local::lib?
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>
>>
>>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
>> creaktive em gmail.com> escreveu:
>>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
>> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
>> etapa.
>> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
>> Aqui, por exemplo, aparece:
>>
>> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
>> export PATH;
>> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
>> export PERL5LIB;
>>
>> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
>> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
>> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
>> export PERL_MB_OPT;
>> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
>> export PERL_MM_OPT;
>>
>> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
>> o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
>> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
>> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
>> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
>> diz.
>>
>>
>> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>>
>> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
>> X-Meeting?
>>
>> Stanislaw,
>>
>> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
>> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
>> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
>> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
>> precisaria fazer sua própria instalação?
>>
>> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
>> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>> local::lib is installed. You must now add the following environment
>> variables
>> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>>
>>
>> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>
>> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
>> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>>
>> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
>> entendo por que não está funcionando.
>> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
>> .profile a força.
>>
>> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
>> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
>> seja demais, não?
>>
>> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
>> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>>
>> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
>> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
>> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
>> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
>> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
>> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
>> vai precisar executar o local::lib, certo?
>>
>>
>> Obrigada pela ajuda!
>>
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
>> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>>   Caraca. Complexo.
>> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>> Hello colega bioinformata.
>>
>> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>>
>>   Olá Nicole!
>> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o
>> Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado
>> avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas
>> foram tomadas:
>>
>>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>>
>>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
>> modificados de:
>>
>>  #!/usr/bin/perl
>>
>>  para:
>>
>>  #!/usr/bin/env perl
>>
>>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
>> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
>> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
>> dessa forma.
>>
>>  3.1. Download do local::lib:
>>
>>  $ wget
>> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ cd local-lib-2.000004/
>>
>>  3.2. Instalação do local::lib:
>>
>>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>> $ make
>> $ make test
>> $ make install
>>
>>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>>
>>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>> PROFILE
>> $
>>
>>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
>> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
>> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
>> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
>> acima) rodar eval do output do Perl.
>>
>>  3.4. Carregar a configuração:
>>
>>  . $HOME/.profile
>>
>>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
>> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>>
>>  $ cpan
>>
>>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>> cpan[2]> o conf commit
>> cpan[3]> install App::cpanminus
>> cpan[4]> quit
>>
>>  Boa sorte!
>>
>>
>> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>          Boa tarde, queridos Mongers,
>>
>>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
>> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
>> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>
>>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
>> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
>> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
>> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
>> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
>> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
>> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
>> Perl:
>>
>>  - a do sistema (RHEL6):
>>  $ /usr/bin/perl -v
>> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  - e a do Rocks:
>>  $ /opt/perl/bin/perl -v
>> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
>> x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>>
>>   @INC:
>>     /usr/local/lib64/perl5
>>     /usr/local/share/perl5
>>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>>     /usr/lib64/perl5
>>     /usr/share/perl5
>>     .
>>   @INC:
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/5.14.2
>>     .
>>
>>
>>  Agora é que começam meus problemas...
>>
>>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
>> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
>> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
>> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
>> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>>
>>
>>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
>> deixá-lo como default.
>>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
>> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
>> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
>> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
>> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
>> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
>> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
>> ok.
>>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>
>>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
>> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
>> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
>> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
>> todos os itens, menos em prefs_dir.
>>
>>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>  Claro que o usuário pode executar
>>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido
>> automático.
>>  Alguém já passou por isto?
>>
>>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
>> chamasse a atenção.
>>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>
>>
>> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
>> localmente algum pacote.
>> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
>> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
>> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
>> local::lib)
>> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>>  [local::lib]
>> Ou devo usar sempre
>> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>> ?
>> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os
>> usuários, mas funciona)
>>
>>
>>  - Rodando
>> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
>> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>
>> - deu tudo certo.
>> [...]
>> Result: PASS
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- OK
>> Running make install
>> Prepending
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
>> PERL5LIB for 'install'
>> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>> Appending installation info to
>> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make install  -- OK
>>
>>
>>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
>> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>
>> Test Summary Report
>> -------------------
>> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
>> 0.40 csys =  3.50 CPU)
>> Result: FAIL
>> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>> make: *** [test_dynamic] Error 255
>>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- NOT OK
>> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>> Running make install
>>   make test had returned bad status, won't install without force
>>
>>
>>
>> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
>> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>
>> Abraços a todos,
>> Nicole Scherer
>>
>>
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