[Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan & Perl Roll em Rocks Cluster

Nicole Scherer bionica2007-perl em yahoo.com
Quinta Janeiro 30 05:24:49 PST 2014


Obrigada, Stanislaw!

Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do local::lib?

Abraços,
Nicole






Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
 
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.
O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
Aqui, por exemplo, aparece:

PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
export PATH;
PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
export PERL_MM_OPT;

Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib" diz.



2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
>Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?
>
>Stanislaw,
>
>como
 gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema 
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que 
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, 
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? 
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?
>
>Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>local::lib is installed. You must now add the following environment
 variables
>to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
>Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] 
>
>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
>Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
>Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.
>Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.
>
>Uma
 opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
 colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez 
isso seja demais, não?
>
>Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? 
>A partir daí o usuário deve
 usar cpanm ao invés de cpan?
>
>Outra dúvida, se eu não instalar o 
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar 
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o 
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do 
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do 
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai 
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então 
não vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
>Obrigada pela ajuda!
>
>
>Abraços,
>Nicole
>
>
>
>
>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
> 
>Caraca. Complexo.
>O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>Hello colega bioinformata.
>
>Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>
>Olá Nicole!
>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>
>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>
>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:
>
>
>#!/usr/bin/perl
>
>
>para:
>
>
>#!/usr/bin/env perl
>
>
>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.
>
>
>3.1. Download do local::lib:
>
>
>$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>$ cd local-lib-2.000004/
>
>
>3.2. Instalação do local::lib:
>
>
>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>$ make
>$ make test
>$ make install
>
>
>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>
>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>PROFILE
>$
>
>
>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.
>
>
>3.4. Carregar a configuração:
>
>
>. $HOME/.profile
>
>
>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>
>$ cpan
>
>
>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>cpan[2]> o conf commit
>cpan[3]> install App::cpanminus
>cpan[4]> quit
>
>
>Boa sorte!
>
>
>
>2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>Boa tarde, queridos Mongers,
>>
>>
>>eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>
>>
>>Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
>>
>>
>>- a do sistema (RHEL6):
>>
>>$ /usr/bin/perl -v
>>This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>
>>
>>- e a do Rocks:
>>$ /opt/perl/bin/perl -v
>>This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>
>>Cada qual com as suas bibliotecas.
>>
>>  @INC:
>>    /usr/local/lib64/perl5
>>    /usr/local/share/perl5
>>    /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>    /usr/share/perl5/vendor_perl
>>    /usr/lib64/perl5
>>    /usr/share/perl5
>>    .
>>  @INC:
>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>    /opt/perl/lib/5.14.2
>>    .
>>
>>
>>
>>
>>
>>Agora é que começam meus problemas...
>>
>>
>>Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 
>>
>>
>>
>>
>>O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
>>Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.
>>
>>Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>
>>
>>Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.
>>
>>
>>
>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>  'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>  'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>
>>Claro que o usuário pode executar
>>>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>>Alguém já passou por isto?
>>
>>
>>Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
>>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>
>>
>>- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
>>Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
>>What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>> [local::lib] 
>>Ou devo usar sempre 
>>$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>?
>>(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)
>>
>>
>>
>>
>>
>>- Rodando
>>[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>
>>- deu tudo certo.
>>[...]
>>Result: PASS
>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>  /usr/bin/make test -- OK
>>Running make install
>>Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'
>>Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>>Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>>Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>  /usr/bin/make install  -- OK
>>
>>
>>
>>
>>
>>- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>
>>
>>Test Summary Report
>>-------------------
>>t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
>>Result: FAIL
>>Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>>make: *** [test_dynamic] Error 255
>>  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>  /usr/bin/make test -- NOT OK
>>//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>Running make install
>>  make test had returned bad status, won't install without force
>>
>>
>>
>>
>>Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>
>>Abraços a todos,
>>Nicole Scherer
>>
>>
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