From jc em joaocoutinho.com.br  Thu Jan  2 17:49:40 2014
From: jc em joaocoutinho.com.br (=?ISO-8859-1?Q?Jo=E3o_C=2E_Coutinho?=)
Date: Thu, 2 Jan 2014 23:49:40 -0200
Subject: [Rio-pm] Fwd: [SP-pm] Perl White Camel
In-Reply-To: <CABoSvymvUhNcUYBAxjXTssnmFc3YGKoEFXAhwPrE9FTVqvM8pA@mail.gmail.com>
References: <1387474530.15178.61637045.439BD660@webmail.messagingengine.com>
	<CABoSvymvUhNcUYBAxjXTssnmFc3YGKoEFXAhwPrE9FTVqvM8pA@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAJ5snq6BPj_oYdfC-H8ac90uHikeBH5TK4rHUvQ63qBszLhq8g@mail.gmail.com>

Parabéns!
João C. Coutinho


2013/12/19 Guilherme Alves <guilhermeareal+riopm em gmail.com>:
> Parabéns para os dois!
> WC 2012 e WC 2013!
>
> On Fri, Dec 20, 2013 at 2:35 AM, Nuba Princigalli <nuba em fastmail.fm> wrote:
>> Pessoal, passando adiante a notícia, muito legal!
>>
>> Perl Community: Thiago "maluco" Rondon
>>
>> If you're doing Perl in Brasil, you probably know "maluco". Not only does he
>> run multiple business with heavy doses of Perl, but he was the leader of the
>> São Paulo Perl mongersand the organizer of the Brasilian versions of the
>> Perl Advent calendars, called Equinócio, which the local community runs
>> twice a year. He's also the creator of OpenData-BR, which uses Perl to
>> illuminate government spending data.
>>
>> Fonte: blogs.perl.org/users/brian_d_foy/2013/12/the-2013-white-camels.html
>>
>> Parabéns Maluco! :)
>>
>> ----- Original message -----
>> From: Solli Honorio <shonorio em gmail.com>
>> To: "saopaulo-pm em mail.pm.org" <saopaulo-pm em mail.pm.org>
>> Subject: [SP-pm] Perl White Camel
>> Date: Thu, 19 Dec 2013 08:43:02 -0200
>>
>> Pessoal,
>>
>> É com enorme orgulho que anuncio na lista que o nosso colega Thiago Rodon,
>> mais conhecido como maluco, teve os esforços reconhecido mais uma vez e
>> recebeu o título de Perl White Camel.
>>
>> É o segundo ano consecutivo que o Brasil é tem representante no Perl White
>> Camel, ano passado foi o Breno.
>>
>> Maculo aproveite mais este título e pode gastar os milhões da premiação com
>> cerveja para o grupo.
>>
>> Solli Honorio
>>
>> --
>> "o animal satisfeito dorme". - Guimarães Rosa
>> =begin disclaimer
>>   Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/
>> SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm em pm.org
>> L<http://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm>
>> =end disclaimer
>>
>> --
>> Nuba R. Princigalli nuba em pauleira.com http://pauleira.com @nprincigalli
>> Discipline is not an end in itself, just a means to an end. - King Crimson
>>
>>
>> _______________________________________________
>> Rio-pm mailing list
>> Rio-pm em pm.org
>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
>
> --
> Guilherme Alves
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> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm

From alpbs2003 em gmail.com  Fri Jan 10 03:26:27 2014
From: alpbs2003 em gmail.com (Andre Luis)
Date: Fri, 10 Jan 2014 09:26:27 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
Message-ID: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>

Bom dia lista,


Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa


(32) http://cpan.mirror.facebook.net/


Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
facebook usava PHP


Abs
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140110/11ad18da/attachment.html>

From perl em mosconi.mat.br  Fri Jan 10 03:29:54 2014
From: perl em mosconi.mat.br (Rodrigo Mosconi (perl))
Date: Fri, 10 Jan 2014 09:29:54 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
References: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAEGYR=3YtqCBoi+YXH5tf2cdzw0w=5YyJh6wVFoGHhsNWifOuw@mail.gmail.com>

IMHO: O frontend usa php, mas acredito que há coisa de "back" que usam perl


Em 10 de janeiro de 2014 09:26, Andre Luis <alpbs2003 em gmail.com> escreveu:

> Bom dia lista,
>
>
> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>
>
> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>
>
> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
> facebook usava PHP
>
>
> Abs
>
>
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> Rio-pm em pm.org
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From renato.cron em gmail.com  Fri Jan 10 03:32:29 2014
From: renato.cron em gmail.com (Renato Santos)
Date: Fri, 10 Jan 2014 09:32:29 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
References: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CABmdQ_RHZjWFjD2mz2U4FDAA54AhAej7AcG2hkqAMjDD6LiC9Q@mail.gmail.com>

Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:

> Bom dia lista,
>
>
> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>
>
> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>
>
> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
> facebook usava PHP
>
>
> Abs
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From tiago.peczenyj em gmail.com  Fri Jan 10 03:33:36 2014
From: tiago.peczenyj em gmail.com (Tiago Peczenyj)
Date: Fri, 10 Jan 2014 09:33:36 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
References: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAB_CdjzDXY+vY+xLifm6kuF+cmqw1q1K9NgB_26ax3xjAxYoQw@mail.gmail.com>

resposta curta: facebook usava e ainda usa muita coisa.

https://github.com/facebook/

Vale lembrar que o facebook usa uma solução doida que transforma PHP em C++

https://developers.facebook.com/blog/post/2010/02/02/hiphop-for-php--move-fast/


2014/1/10 Andre Luis <alpbs2003 em gmail.com>

> Bom dia lista,
>
>
> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>
>
> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>
>
> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
> facebook usava PHP
>
>
> Abs
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Linux User #405772

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From junior em fvox.com.br  Fri Jan 10 03:37:59 2014
From: junior em fvox.com.br (Junior Moraes)
Date: Fri, 10 Jan 2014 09:37:59 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAEGYR=3YtqCBoi+YXH5tf2cdzw0w=5YyJh6wVFoGHhsNWifOuw@mail.gmail.com>
References: <CAJkVf3K5iAoEGCN3dGgcMk-LthAjkJd33oxWBEjgtgkFj57xFQ@mail.gmail.com>
	<CAEGYR=3YtqCBoi+YXH5tf2cdzw0w=5YyJh6wVFoGHhsNWifOuw@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAD1BN01LBGM_g8nyaMmcxr8jKcdymP3EwVgHroHo3YuG0GohSw@mail.gmail.com>

Hi.

O Facebook tem mirror de vários outros projetos de código aberto:
http://mirror.facebook.net/

É óbvio que em algum lugar (nem que seja nos scripts do próprio SO dos
servidores) deve rodar Perl. Mas creio que dentro da arquitetura da
aplicação do Facebook em si, não há muito espaço para o Perl rs.

[]'s


Em 10 de janeiro de 2014 09:29, Rodrigo Mosconi (perl)
<perl em mosconi.mat.br>escreveu:

> IMHO: O frontend usa php, mas acredito que há coisa de "back" que usam perl
>
>
> Em 10 de janeiro de 2014 09:26, Andre Luis <alpbs2003 em gmail.com> escreveu:
>
>> Bom dia lista,
>>
>>
>> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>
>>
>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>
>>
>> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>> facebook usava PHP
>>
>>
>> Abs
>>
>>
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>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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From guedes_1000 em hotmail.com  Fri Jan 10 08:32:31 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Fri, 10 Jan 2014 14:32:31 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
Message-ID: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>

Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.

 Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com performance de C++?


Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:

Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:

> Bom dia lista,
>
>
> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>
>
> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>
>
> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
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From tiago.peczenyj em gmail.com  Fri Jan 10 08:38:24 2014
From: tiago.peczenyj em gmail.com (Tiago Peczenyj)
Date: Fri, 10 Jan 2014 14:38:24 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
Message-ID: <CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>

basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop

e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB

o deploy é via bit-torrent.


2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>

>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>
>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
> performance de C++?
>
>
> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>
>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
> alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>
>   Bom dia lista,
>
>
>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>
>
> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>
>
>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
> facebook usava PHP
>
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>  Abs
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From blabos em gmail.com  Fri Jan 10 09:27:32 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Fri, 10 Jan 2014 15:27:32 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>

> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>
> o deploy é via bit-torrent.

Você, claro, tá tirando um sarro, né!?


2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>

> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>
> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>
> o deploy é via bit-torrent.
>
>
> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>
>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>
>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>> performance de C++?
>>
>>
>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>
>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
>> alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>
>>   Bom dia lista,
>>
>>
>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>
>>
>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>
>>
>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>> facebook usava PHP
>>
>>
>>  Abs
>>
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From geraldonetto em gmail.com  Fri Jan 10 09:31:00 2014
From: geraldonetto em gmail.com (Geraldo Netto)
Date: Fri, 10 Jan 2014 15:31:00 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CACepeQ_Qv2chKj22LBoX=8GXYkSHCQd1Jzu1hvzbg6Qx80ub1w@mail.gmail.com>

Não tenho as evidências do crime (ex: link)
mas, o Peczenyj está certo!


Geraldo Netto
Sapere Aude => Non dvcor, dvco
São Paulo, Brasil, -3gmt
site: http://exdev.sf.net/


2014/1/10 Blabos de Blebe <blabos em gmail.com>:
>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>
>> o deploy é via bit-torrent.
>
> Você, claro, tá tirando um sarro, né!?
>
>
> 2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>
>>
>> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>>
>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>
>> o deploy é via bit-torrent.
>>
>>
>> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>>>
>>> Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>>
>>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>>> performance de C++?
>>>
>>>
>>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>>
>>> Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
>>> alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>>>
>>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>>
>>> Bom dia lista,
>>>
>>>
>>> Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>>
>>>
>>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>>
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>>> Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>>> facebook usava PHP
>>>
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>>> Abs
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From tiago.peczenyj em gmail.com  Fri Jan 10 09:33:09 2014
From: tiago.peczenyj em gmail.com (Tiago Peczenyj)
Date: Fri, 10 Jan 2014 15:33:09 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAB_CdjzuBSDUYXyVG7Mbkjx3WDwzB6C23tywnyWcFncB7UFC_A@mail.gmail.com>

http://arstechnica.com/business/2012/04/exclusive-a-behind-the-scenes-look-at-facebook-release-engineering/

"Because Facebook's entire code base is compiled down to a single binary
executable, the company's deployment process is quite different from what
you'd normally expect in a PHP environment. Rossi told me that the binary,
which represents the entire Facebook application, is approximately 1.5GB in
size. When Facebook updates its code and generates a new build, the new
binary has to be pushed to all of the company's servers.

Moving a 1.5GB binary blob to countless servers is a non-trivial technical
challenge. After exploring several solutions, Facebook came up with the
idea of using BitTorrent, the popular peer-to-peer filesharing protocol.
BitTorrent is very good at propagating large files over a large number of
different servers."


2014/1/10 Blabos de Blebe <blabos em gmail.com>

> > e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
> >
> > o deploy é via bit-torrent.
>
> Você, claro, tá tirando um sarro, né!?
>
>
> 2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>
>
>> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>>
>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>
>> o deploy é via bit-torrent.
>>
>>
>> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>>
>>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>>
>>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>>> performance de C++?
>>>
>>>
>>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>>
>>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
>>> alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>>
>>>   Bom dia lista,
>>>
>>>
>>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>>
>>>
>>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>>
>>>
>>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>>> facebook usava PHP
>>>
>>>
>>>  Abs
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>> Rio-pm mailing list
>>> Rio-pm em pm.org
>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>
>>>
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>>> Rio-pm mailing list
>>> Rio-pm em pm.org
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>>
>>
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>> Tiago B. Peczenyj
>> Linux User #405772
>>
>> http://about.me/peczenyj
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>> Rio-pm em pm.org
>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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Tiago B. Peczenyj
Linux User #405772

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From blabos em gmail.com  Fri Jan 10 09:55:33 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Fri, 10 Jan 2014 15:55:33 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAB_CdjzuBSDUYXyVG7Mbkjx3WDwzB6C23tywnyWcFncB7UFC_A@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
	<CAB_CdjzuBSDUYXyVG7Mbkjx3WDwzB6C23tywnyWcFncB7UFC_A@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAxpsiYEdUPSHBAw6WFzOM7-75Osy46YHmvOYOub4hJy5YGQnQ@mail.gmail.com>

Hooooooooly Shit!!!!


On Fri, Jan 10, 2014 at 3:33 PM, Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>wrote:

>
> http://arstechnica.com/business/2012/04/exclusive-a-behind-the-scenes-look-at-facebook-release-engineering/
>
> "Because Facebook's entire code base is compiled down to a single binary
> executable, the company's deployment process is quite different from what
> you'd normally expect in a PHP environment. Rossi told me that the binary,
> which represents the entire Facebook application, is approximately 1.5GB in
> size. When Facebook updates its code and generates a new build, the new
> binary has to be pushed to all of the company's servers.
>
> Moving a 1.5GB binary blob to countless servers is a non-trivial technical
> challenge. After exploring several solutions, Facebook came up with the
> idea of using BitTorrent, the popular peer-to-peer filesharing protocol.
> BitTorrent is very good at propagating large files over a large number of
> different servers."
>
>
> 2014/1/10 Blabos de Blebe <blabos em gmail.com>
>
>> > e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>> >
>> > o deploy é via bit-torrent.
>>
>> Você, claro, tá tirando um sarro, né!?
>>
>>
>> 2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>
>>
>>> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>>>
>>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>>
>>> o deploy é via bit-torrent.
>>>
>>>
>>> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>>>
>>>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>>>
>>>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>>>> performance de C++?
>>>>
>>>>
>>>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>>>
>>>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl
>>>> em alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>>>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>>>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>>>
>>>>   Bom dia lista,
>>>>
>>>>
>>>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>>>
>>>>
>>>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>>>
>>>>
>>>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>>>> facebook usava PHP
>>>>
>>>>
>>>>  Abs
>>>>
>>>>
>>>> _______________________________________________
>>>> Rio-pm mailing list
>>>> Rio-pm em pm.org
>>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>>
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>>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Tiago B. Peczenyj
>>> Linux User #405772
>>>
>>> http://about.me/peczenyj
>>>
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>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>
>>
>>
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>> Rio-pm mailing list
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>>
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From bruno.buss em gmail.com  Fri Jan 10 10:06:33 2014
From: bruno.buss em gmail.com (Bruno Buss)
Date: Fri, 10 Jan 2014 16:06:33 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAj=vgHA1+FgxCm4+1PiEVQ8qhweoyLU-zwmqZ3z4uzuyXU+mg@mail.gmail.com>

O Pac ta certo, só que hoje eles não utilizam mais o hiphop com conversão
para C++ (que era o hiphop compiler) e sim o HHVM[1] que é uma virtual
machine pra PHP. Funciona muito bem para a aplicação deles - aparentemente
- e eles estão agora tentando deixa-la compatível com a os frameworks mais
famosos em PHP para que outras pessoas/empresas possam utiliza-la também.

https://github.com/facebook/hhvm
http://www.hhvm.com/blog/
https://en.wikipedia.org/wiki/HHVM

[ ]'s


2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>

> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>
> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>
> o deploy é via bit-torrent.
>
>
> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>
>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>
>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>> performance de C++?
>>
>>
>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>
>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl em
>> alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>
>>   Bom dia lista,
>>
>>
>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>
>>
>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>
>>
>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>> facebook usava PHP
>>
>>
>>  Abs
>>
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From bruno.buss em gmail.com  Fri Jan 10 10:08:41 2014
From: bruno.buss em gmail.com (Bruno Buss)
Date: Fri, 10 Jan 2014 16:08:41 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
In-Reply-To: <CAAxpsiYEdUPSHBAw6WFzOM7-75Osy46YHmvOYOub4hJy5YGQnQ@mail.gmail.com>
References: <BLU405-EAS254C3E8FF3FA5F67C38C88B94B30@phx.gbl>
	<CAB_Cdjxv62sMSYixp98E9t0Jp+EgU+P5_K-Dy3PxvFJck3sMgQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiY4fz_zytwJ8bDmoXTL02mckkH6w_nDPu75YY=KQw3fAQ@mail.gmail.com>
	<CAB_CdjzuBSDUYXyVG7Mbkjx3WDwzB6C23tywnyWcFncB7UFC_A@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiYEdUPSHBAw6WFzOM7-75Osy46YHmvOYOub4hJy5YGQnQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAj=vgHrPkVwnvWq1CVTqZyK6cLaPF-5qWpvS95sPqhCWtj_dw@mail.gmail.com>

Sim, inclusive tem pelo menos um vídeo do grupo Facebook Engineering[1]
onde eles falam sobre os deploys deles e coisa do tipo e a parada é bem
mindfuck para quem não está acostumado com a escala desse tipo ;P

[1] https://www.facebook.com/Engineering

PS: Vale a pena ler/ver a maioria dos textos/vídeos deste grupo ;)


On Fri, Jan 10, 2014 at 3:55 PM, Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> wrote:

> Hooooooooly Shit!!!!
>
>
> On Fri, Jan 10, 2014 at 3:33 PM, Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>wrote:
>
>>
>> http://arstechnica.com/business/2012/04/exclusive-a-behind-the-scenes-look-at-facebook-release-engineering/
>>
>> "Because Facebook's entire code base is compiled down to a single binary
>> executable, the company's deployment process is quite different from what
>> you'd normally expect in a PHP environment. Rossi told me that the binary,
>> which represents the entire Facebook application, is approximately 1.5GB in
>> size. When Facebook updates its code and generates a new build, the new
>> binary has to be pushed to all of the company's servers.
>>
>> Moving a 1.5GB binary blob to countless servers is a non-trivial
>> technical challenge. After exploring several solutions, Facebook came up
>> with the idea of using BitTorrent, the popular peer-to-peer filesharing
>> protocol. BitTorrent is very good at propagating large files over a large
>> number of different servers."
>>
>>
>> 2014/1/10 Blabos de Blebe <blabos em gmail.com>
>>
>>> > e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>> >
>>> > o deploy é via bit-torrent.
>>>
>>> Você, claro, tá tirando um sarro, né!?
>>>
>>>
>>> 2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>
>>>
>>>> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
>>>>
>>>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>>>
>>>> o deploy é via bit-torrent.
>>>>
>>>>
>>>> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>>>>
>>>>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>>>>
>>>>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>>>>> performance de C++?
>>>>>
>>>>>
>>>>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>>>>
>>>>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl
>>>>> em alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>>>>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>>>>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>>>>
>>>>>   Bom dia lista,
>>>>>
>>>>>
>>>>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>>>>
>>>>>
>>>>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>>>>
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>>>>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>>>>> facebook usava PHP
>>>>>
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>>>>>  Abs
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>>>>> Rio-pm em pm.org
>>>>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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From guedes_1000 em hotmail.com  Fri Jan 10 11:13:23 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Fri, 10 Jan 2014 17:13:23 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl e Facebook
Message-ID: <BLU406-EAS368D7C5AE9770A4F665F7B794B30@phx.gbl>

Vei... to sem palavras.

Bruno Buss <bruno.buss em gmail.com> escreveu:

Sim, inclusive tem pelo menos um vídeo do grupo Facebook Engineering[1]
onde eles falam sobre os deploys deles e coisa do tipo e a parada é bem
mindfuck para quem não está acostumado com a escala desse tipo ;P

[1] https://www.facebook.com/Engineering

PS: Vale a pena ler/ver a maioria dos textos/vídeos deste grupo ;)


On Fri, Jan 10, 2014 at 3:55 PM, Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> wrote:

> Hooooooooly Shit!!!!
>
>
> On Fri, Jan 10, 2014 at 3:33 PM, Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>wrote:
>
>>
>> http://arstechnica.com/business/2012/04/exclusive-a-behind-the-scenes-look-at-facebook-release-engineering/
>>
>> "Because Facebook's entire code base is compiled down to a single binary
>> executable, the company's deployment process is quite different from what
>> you'd normally expect in a PHP environment. Rossi told me that the binary,
>> which represents the entire Facebook application, is approximately 1.5GB in
>> size. When Facebook updates its code and generates a new build, the new
>> binary has to be pushed to all of the company's servers.
>>
>> Moving a 1.5GB binary blob to countless servers is a non-trivial
>> technical challenge. After exploring several solutions, Facebook came up
>> with the idea of using BitTorrent, the popular peer-to-peer filesharing
>> protocol. BitTorrent is very good at propagating large files over a large
>> number of different servers."
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>> 2014/1/10 Blabos de Blebe <blabos em gmail.com>
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>>> > e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
>>> >
>>> > o deploy é via bit-torrent.
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>>> 2014/1/10 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>
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>>>> basicamente eles convertem PHP em C++ usando o HipHop
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>>>> e o facebook todo é um binario com mais de 1 GB
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>>>> o deploy é via bit-torrent.
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>>>> 2014/1/10 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
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>>>>>  Posso ta errado, mas acredito que aquele chat do face usa Perl.
>>>>>
>>>>>  Mas que trem e esse de hiphop "sei la o que" e esse de PHP com
>>>>> performance de C++?
>>>>>
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>>>>> Renato Santos <renato.cron em gmail.com> escreveu:
>>>>>
>>>>>  Isso é só um mirror, geralmente de "contribuição" por utilizar Perl
>>>>> em alguns pedaços (e no começo era um Perl script cgi) aí como pra eles um
>>>>> servidor não é nada, eles fazem o mirror. Assim como globo . com, etc
>>>>> On Jan 10, 2014 9:26 AM, "Andre Luis" <alpbs2003 em gmail.com> wrote:
>>>>>
>>>>>   Bom dia lista,
>>>>>
>>>>>
>>>>>  Hoje configurando o CPAN na minha maquina notei uma coisa curiosa
>>>>>
>>>>>
>>>>> (32) http://cpan.mirror.facebook.net/
>>>>>
>>>>>
>>>>>  Alguém sabe se o facebook está trabalhando com perl? Eu achava que o
>>>>> facebook usava PHP
>>>>>
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>>>>>  Abs
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From leprevostfv em gmail.com  Wed Jan 22 12:37:42 2014
From: leprevostfv em gmail.com (Felipe da Veiga Leprevost)
Date: Wed, 22 Jan 2014 18:37:42 -0200
Subject: [Rio-pm] Perl Blogs Hackeado, dados vazaram
Message-ID: <1390423062.32368.74100713.3B2A4D29@webmail.messagingengine.com>

Olá pessoal,



Agora de tarde foi postado no blog Perl Hacks
([1]http://perlhacks.com/2014/01/blogs-perl-org/) a notícia de que
ontem o blog oficial da comunidade Perl, blog.perl.org foi hackeado.



Aparentemente medidas estão sendo tomadas pelo pessoal que faz a
manutenção do servidor, porém a resistência islâmica (!?!) que causou
os danos liberou os dados de cerca de 3000 usuários onde vazaram junto
as informações de login e senha (as senhas felizmente estão
criptografadas com crypt).



Acredito que seria pertinente atualizar as senhas de acesso ao blog (ou
alterá-las caso as usem em outros lugares) mas no momento o login está
bloqueado.



Abraços

References

1. http://perlhacks.com/2014/01/blogs-perl-org/
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From bionica2007-perl em yahoo.com  Wed Jan 29 10:43:55 2014
From: bionica2007-perl em yahoo.com (Nicole Scherer)
Date: Wed, 29 Jan 2014 10:43:55 -0800 (PST)
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
Message-ID: <1391021035.45590.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>

Boa tarde, queridos Mongers,

eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.

Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:

- a do sistema (RHEL6):

$ /usr/bin/perl -v
This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi


- e a do Rocks:
$ /opt/perl/bin/perl -v
This is perl 5, version 14, subversion 2
 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi

Cada qual com as suas bibliotecas.

  @INC:
   
 /usr/local/lib64/perl5
    /usr/local/share/perl5
   
 /usr/lib64/perl5/vendor_perl
    /usr/share/perl5/vendor_perl
    /usr/lib64/perl5
   
 /usr/share/perl5
    .
  @INC:
    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
   
 /opt/perl/lib/5.14.2
    .



Agora é que começam meus problemas...

Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o  /usr/bin/perl e criar um link do  /opt/perl/bin/perl para   /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 



O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.

Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.

Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.


[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
 
 'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
 
 'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],


(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],



Claro que o usuário pode executar
>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
Alguém já passou por isto?

Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.


- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei
 perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or
 'manual')
 [local::lib] 
Ou devo usar sempre 
$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
?
(tudo bem, posso
 colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)



- Rodando
[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'

- deu tudo certo.
[...]
Result: PASS
  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
  /usr/bin/make test -- OK
Running make install
Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
 PERL5LIB for 'install'
Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
Appending installation info to
 /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
  /usr/bin/make install  -- OK



- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.


Test Summary Report
-------------------
t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: No plan found in TAP output
t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: No plan found in TAP output
t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: No plan found in
 TAP output
t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: No plan found in TAP output
Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
Result: FAIL
Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
make: *** [test_dynamic] Error 255
  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
  /usr/bin/make test -- NOT OK
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
Running make install
  make test had returned bad status, won't install without force




Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.

Abraços a todos,
Nicole Scherer
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140129/5cab1b5a/attachment-0001.html>

From creaktive em gmail.com  Thu Jan 30 01:14:05 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Thu, 30 Jan 2014 10:14:05 +0100
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <1391021035.45590.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
References: <1391021035.45590.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
Message-ID: <CANgJoACEmjNuV1PtT9qb3MS5ziP9+f3by61WfC9FW_0H=-g4pQ@mail.gmail.com>

Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
/usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:

1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH

2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados
de:

#!/usr/bin/perl

para:

#!/usr/bin/env perl

3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
dessa forma.

3.1. Download do local::lib:

$ wget
http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
$ cd local-lib-2.000004/

3.2. Instalação do local::lib:

$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
$ make
$ make test
$ make install

3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):

$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
PROFILE
$

A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
acima) rodar eval do output do Perl.

3.4. Carregar a configuração:

. $HOME/.profile

3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):

$ cpan

cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
cpan[2]> o conf commit
cpan[3]> install App::cpanminus
cpan[4]> quit

Boa sorte!


2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

>  Boa tarde, queridos Mongers,
>
> eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
> Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
> - a do sistema (RHEL6):
> $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
> - e a do Rocks:
> $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
> Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
> Agora é que começam meus problemas...
>
> Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de
> Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
> O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
> Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
> Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
> Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais
> automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a
> estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com
> perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos
> os itens, menos em prefs_dir.
>
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> Claro que o usuário pode executar
> >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
> para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
> Alguém já passou por isto?
>
> Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
> Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
> - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
> - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia
> e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/7cef0b5d/attachment-0001.html>

From guedes_1000 em hotmail.com  Thu Jan 30 02:36:49 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Thu, 30 Jan 2014 08:36:49 -0200
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
Message-ID: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>

Caraca. Complexo.
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
Hello colega bioinformata.

Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:

Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
/usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:

1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH

2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados
de:

#!/usr/bin/perl

para:

#!/usr/bin/env perl

3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
dessa forma.

3.1. Download do local::lib:

$ wget
http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
$ cd local-lib-2.000004/

3.2. Instalação do local::lib:

$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
$ make
$ make test
$ make install

3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):

$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
PROFILE
$

A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
acima) rodar eval do output do Perl.

3.4. Carregar a configuração:

. $HOME/.profile

3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):

$ cpan

cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
cpan[2]> o conf commit
cpan[3]> install App::cpanminus
cpan[4]> quit

Boa sorte!


2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

>  Boa tarde, queridos Mongers,
>
> eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
> Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
> - a do sistema (RHEL6):
> $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
> - e a do Rocks:
> $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
> Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
> Agora é que começam meus problemas...
>
> Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de
> Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
> O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
> Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
> Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
> Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais
> automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a
> estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com
> perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos
> os itens, menos em prefs_dir.
>
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> Claro que o usuário pode executar
> >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
> para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
> Alguém já passou por isto?
>
> Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
> Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
> - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
> - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia
> e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
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> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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From bionica2007-perl em yahoo.com  Thu Jan 30 04:36:37 2014
From: bionica2007-perl em yahoo.com (Nicole Scherer)
Date: Thu, 30 Jan 2014 04:36:37 -0800 (PST)
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
Message-ID: <1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>

Obrigada Stanislaw e Aureliano!

Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?

Stanislaw,

como
 gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema 
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que 
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, 
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? 
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?

Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
local::lib is installed. You must now add the following environment
 variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:


Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] 

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc

Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.

Uma
 opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
 colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez 
isso seja demais, não?

Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? 
A partir daí o usuário deve
 usar cpanm ao invés de cpan?

Outra dúvida, se eu não instalar o 
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar 
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o 
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do 
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do 
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai 
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então 
não vai precisar executar o local::lib, certo?


Obrigada pela ajuda!


Abraços,
Nicole




Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
 
Caraca. Complexo.
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
Hello colega bioinformata.

Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:


Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:

1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH

2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:

#!/usr/bin/perl

para:

#!/usr/bin/env perl

3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.

3.1. Download do local::lib:

$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
$ cd local-lib-2.000004/

3.2. Instalação do local::lib:

$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
$ make
$ make test
$ make install

3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):

$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
PROFILE
$

A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.

3.4. Carregar a configuração:

. $HOME/.profile

3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):

$ cpan

cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
cpan[2]> o conf commit
cpan[3]> install App::cpanminus
cpan[4]> quit

Boa sorte!



2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

Boa tarde, queridos Mongers,
>
>
>eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>
>Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
>
>
>- a do sistema (RHEL6):
>
>$ /usr/bin/perl -v
>This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>
>
>- e a do Rocks:
>$ /opt/perl/bin/perl -v
>This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>
>Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>  @INC:
>    /usr/local/lib64/perl5
>    /usr/local/share/perl5
>    /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>    /usr/share/perl5/vendor_perl
>    /usr/lib64/perl5
>    /usr/share/perl5
>    .
>  @INC:
>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>    /opt/perl/lib/5.14.2
>    .
>
>
>
>
>
>Agora é que começam meus problemas...
>
>
>Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 
>
>
>
>
>O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
>Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.
>
>Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>
>Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>
>
>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>  'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>  'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>
>Claro que o usuário pode executar
>>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>Alguém já passou por isto?
>
>
>Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
>- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
>Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
>What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
> [local::lib] 
>Ou devo usar sempre 
>$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>?
>(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)
>
>
>
>
>
>- Rodando
>[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
>- deu tudo certo.
>[...]
>Result: PASS
>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>  /usr/bin/make test -- OK
>Running make install
>Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'
>Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>  /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>
>
>
>- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
>
>Test Summary Report
>-------------------
>t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>  Non-zero exit status: 2
>  Parse errors: No plan found in TAP output
>t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>  Non-zero exit status: 2
>  Parse errors: No plan found in TAP output
>t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>  Non-zero exit status: 2
>  Parse errors: No plan found in TAP output
>t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>  Non-zero exit status: 2
>  Parse errors: No plan found in TAP output
>Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
>Result: FAIL
>Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>make: *** [test_dynamic] Error 255
>  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>  /usr/bin/make test -- NOT OK
>//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>Running make install
>  make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
>
>Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
>Abraços a todos,
>Nicole Scherer
>
>
>
>
>
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From creaktive em gmail.com  Thu Jan 30 05:06:27 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Thu, 30 Jan 2014 14:06:27 +0100
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
Message-ID: <CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>

Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do
seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
etapa.
O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
Aqui, por exemplo, aparece:

PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
export PATH;
PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
export PERL_MM_OPT;

Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
-Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
diz.


2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>   Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
>
> _______________________________________________
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> Rio-pm em pm.org
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>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
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From bionica2007-perl em yahoo.com  Thu Jan 30 05:24:49 2014
From: bionica2007-perl em yahoo.com (Nicole Scherer)
Date: Thu, 30 Jan 2014 05:24:49 -0800 (PST)
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
Message-ID: <1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>

Obrigada, Stanislaw!

Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do local::lib?

Abraços,
Nicole






Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
 
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.
O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
Aqui, por exemplo, aparece:

PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
export PATH;
PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
export PERL_MM_OPT;

Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib" diz.



2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
>Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?
>
>Stanislaw,
>
>como
 gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema 
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que 
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, 
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? 
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?
>
>Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>local::lib is installed. You must now add the following environment
 variables
>to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
>Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] 
>
>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
>Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
>Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.
>Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.
>
>Uma
 opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
 colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez 
isso seja demais, não?
>
>Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? 
>A partir daí o usuário deve
 usar cpanm ao invés de cpan?
>
>Outra dúvida, se eu não instalar o 
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar 
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o 
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do 
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do 
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai 
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então 
não vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
>Obrigada pela ajuda!
>
>
>Abraços,
>Nicole
>
>
>
>
>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
> 
>Caraca. Complexo.
>O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>Hello colega bioinformata.
>
>Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>
>Olá Nicole!
>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>
>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>
>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:
>
>
>#!/usr/bin/perl
>
>
>para:
>
>
>#!/usr/bin/env perl
>
>
>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.
>
>
>3.1. Download do local::lib:
>
>
>$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>$ cd local-lib-2.000004/
>
>
>3.2. Instalação do local::lib:
>
>
>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>$ make
>$ make test
>$ make install
>
>
>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>
>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>PROFILE
>$
>
>
>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.
>
>
>3.4. Carregar a configuração:
>
>
>. $HOME/.profile
>
>
>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>
>$ cpan
>
>
>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>cpan[2]> o conf commit
>cpan[3]> install App::cpanminus
>cpan[4]> quit
>
>
>Boa sorte!
>
>
>
>2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>Boa tarde, queridos Mongers,
>>
>>
>>eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>
>>
>>Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
>>
>>
>>- a do sistema (RHEL6):
>>
>>$ /usr/bin/perl -v
>>This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>
>>
>>- e a do Rocks:
>>$ /opt/perl/bin/perl -v
>>This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>
>>Cada qual com as suas bibliotecas.
>>
>>  @INC:
>>    /usr/local/lib64/perl5
>>    /usr/local/share/perl5
>>    /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>    /usr/share/perl5/vendor_perl
>>    /usr/lib64/perl5
>>    /usr/share/perl5
>>    .
>>  @INC:
>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>    /opt/perl/lib/5.14.2
>>    .
>>
>>
>>
>>
>>
>>Agora é que começam meus problemas...
>>
>>
>>Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 
>>
>>
>>
>>
>>O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
>>Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.
>>
>>Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>
>>
>>Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.
>>
>>
>>
>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>  'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>  'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>
>>Claro que o usuário pode executar
>>>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>>Alguém já passou por isto?
>>
>>
>>Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
>>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>
>>
>>- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
>>Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
>>What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>> [local::lib] 
>>Ou devo usar sempre 
>>$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>?
>>(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)
>>
>>
>>
>>
>>
>>- Rodando
>>[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>
>>- deu tudo certo.
>>[...]
>>Result: PASS
>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>  /usr/bin/make test -- OK
>>Running make install
>>Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'
>>Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>>Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>>Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>  /usr/bin/make install  -- OK
>>
>>
>>
>>
>>
>>- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>
>>
>>Test Summary Report
>>-------------------
>>t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>  Non-zero exit status: 2
>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
>>Result: FAIL
>>Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>>make: *** [test_dynamic] Error 255
>>  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>  /usr/bin/make test -- NOT OK
>>//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>Running make install
>>  make test had returned bad status, won't install without force
>>
>>
>>
>>
>>Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>
>>Abraços a todos,
>>Nicole Scherer
>>
>>
>>
>>
>>
>>_______________________________________________
>>Rio-pm mailing list
>>Rio-pm em pm.org
>>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>
>
>_______________________________________________
>Rio-pm mailing list
>Rio-pm em pm.org
>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>_______________________________________________
>Rio-pm mailing list
>Rio-pm em pm.org
>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
>_______________________________________________
>Rio-pm mailing list
>Rio-pm em pm.org
>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/280d657a/attachment-0001.html>

From creaktive em gmail.com  Thu Jan 30 05:45:41 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Thu, 30 Jan 2014 14:45:41 +0100
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
Message-ID: <CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>

Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
"eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
local::lib configurado ao fazer o login :)


2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

> Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
> etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
> Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>   Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
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-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/8646008b/attachment-0001.html>

From bionica2007-perl em yahoo.com  Thu Jan 30 06:01:46 2014
From: bionica2007-perl em yahoo.com (Nicole Scherer)
Date: Thu, 30 Jan 2014 06:01:46 -0800 (PST)
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <1391090506.28093.YahooMailNeo@web120402.mail.ne1.yahoo.com>

Oi Stanislaw,

era exatamente isso que eu queria evitar, ter que invocar o local::lib pelo profile, pois assim, teria que instalá-lo em todos os nós do cluster, e isso seria uma outra acrobacia, devido a forma que o rocks funciona.
Vou pensar um uma estratégia para colocar no .bashrc do usuário durante a configuração, como deveria ter sido feito pelo FirstTime.pm, mas não foi. Ainda não entendi por que não está funcionando.

De toda forma, muito obrigada!!!!

Abraços,
Nicole




Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:46, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
 
Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema): "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão local::lib configurado ao fazer o login :)



2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

Obrigada, Stanislaw!
>
>Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do local::lib?
>
>Abraços,
>Nicole
>
>
>
>
>
>
>
>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
> 
>Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.
>O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
>Aqui, por exemplo, aparece:
>
>
>PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
>export PATH;
>PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
>export PERL5LIB;
>PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
>export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
>PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
>export PERL_MB_OPT;
>PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
>export PERL_MM_OPT;
>
>
>Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
>O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib" diz.
>
>
>
>2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>>
>>Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?
>>
>>Stanislaw,
>>
>>como
 gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema 
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que 
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, 
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? 
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?
>>
>>Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:
>>
>>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>local::lib is installed. You must now add the following environment
 variables
>>to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>>then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>>
>>
>>Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] 
>>
>>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>
>>Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc
>>
>>Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.
>>Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.
>>
>>Uma
 opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
 colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez 
isso seja demais, não?
>>
>>Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? 
>>A partir daí o usuário deve
 usar cpanm ao invés de cpan?
>>
>>Outra dúvida, se eu não instalar o 
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar 
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o 
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do 
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do 
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai 
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então 
não vai precisar executar o local::lib, certo?
>>
>>
>>Obrigada pela ajuda!
>>
>>
>>Abraços,
>>Nicole
>>
>>
>>
>>
>>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>> 
>>Caraca. Complexo.
>>O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>>Hello colega bioinformata.
>>
>>Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>>
>>
>>Olá Nicole!
>>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>>
>>
>>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>>
>>
>>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:
>>
>>
>>#!/usr/bin/perl
>>
>>
>>para:
>>
>>
>>#!/usr/bin/env perl
>>
>>
>>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.
>>
>>
>>3.1. Download do local::lib:
>>
>>
>>$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>>$ cd local-lib-2.000004/
>>
>>
>>3.2. Instalação do local::lib:
>>
>>
>>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>>$ make
>>$ make test
>>$ make install
>>
>>
>>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>>
>>
>>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>>PROFILE
>>$
>>
>>
>>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.
>>
>>
>>3.4. Carregar a configuração:
>>
>>
>>. $HOME/.profile
>>
>>
>>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>>
>>
>>$ cpan
>>
>>
>>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>>cpan[2]> o conf commit
>>cpan[3]> install App::cpanminus
>>cpan[4]> quit
>>
>>
>>Boa sorte!
>>
>>
>>
>>2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>Boa tarde, queridos Mongers,
>>>
>>>
>>>eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>>
>>>
>>>Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
>>>
>>>
>>>- a do sistema (RHEL6):
>>>
>>>$ /usr/bin/perl -v
>>>This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>>
>>>
>>>
>>>- e a do Rocks:
>>>$ /opt/perl/bin/perl -v
>>>This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi
>>>
>>>
>>>Cada qual com as suas bibliotecas.
>>>
>>>  @INC:
>>>    /usr/local/lib64/perl5
>>>    /usr/local/share/perl5
>>>    /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>>    /usr/share/perl5/vendor_perl
>>>    /usr/lib64/perl5
>>>    /usr/share/perl5
>>>    .
>>>  @INC:
>>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>>    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>>    /opt/perl/lib/5.14.2
>>>    .
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>Agora é que começam meus problemas...
>>>
>>>
>>>Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
>>>Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.
>>>
>>>Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>>
>>>
>>>Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.
>>>
>>>
>>>
>>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>>  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>>  'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>>  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>>  'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>>
>>>
>>>(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>>  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>>  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>>  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>>  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>>
>>>
>>>
>>>Claro que o usuário pode executar
>>>>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>>para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>>>Alguém já passou por isto?
>>>
>>>
>>>Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
>>>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>>
>>>
>>>- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
>>>Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
>>>What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>>> [local::lib] 
>>>Ou devo usar sempre 
>>>$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>>?
>>>(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>- Rodando
>>>[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>>
>>>- deu tudo certo.
>>>[...]
>>>Result: PASS
>>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>>  /usr/bin/make test -- OK
>>>Running make install
>>>Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'
>>>Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>>>Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>>>Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>>  /usr/bin/make install  -- OK
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>>
>>>
>>>Test Summary Report
>>>-------------------
>>>t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>>  Non-zero exit status: 2
>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>>  Non-zero exit status: 2
>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>>  Non-zero exit status: 2
>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>>  Non-zero exit status: 2
>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
>>>Result: FAIL
>>>Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>>>make: *** [test_dynamic] Error 255
>>>  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>>  /usr/bin/make test -- NOT OK
>>>//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>>  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>>Running make install
>>>  make test had returned bad status, won't install without force
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>>
>>>Abraços a todos,
>>>Nicole Scherer
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>_______________________________________________
>>>Rio-pm mailing list
>>>Rio-pm em pm.org
>>>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>
>>
>>
>>_______________________________________________
>>Rio-pm mailing list
>>Rio-pm em pm.org
>>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/3dfbfb51/attachment-0001.html>

From renato.cron em gmail.com  Thu Jan 30 06:07:49 2014
From: renato.cron em gmail.com (Renato Santos)
Date: Thu, 30 Jan 2014 12:07:49 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
	=?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <1391090506.28093.YahooMailNeo@web120402.mail.ne1.yahoo.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
	<1391090506.28093.YahooMailNeo@web120402.mail.ne1.yahoo.com>
Message-ID: <CABmdQ_ROs2d8zmfjZLpYxSFFEicE0mUPG3Vt-CJcyYG-sDMc4w@mail.gmail.com>

Posso estar falando besteira, mas da pra você configurar o perlbrew também
pra ser compartilhado. Mas aí quando um usuário instalar um módulo, todos
os outros vão enxergar esse módulo também
On Jan 30, 2014 12:02 PM, "Nicole Scherer" <bionica2007-perl em yahoo.com>
wrote:

> Oi Stanislaw,
>
> era exatamente isso que eu queria evitar, ter que invocar o local::lib
> pelo profile, pois assim, teria que instalá-lo em todos os nós do cluster,
> e isso seria uma outra acrobacia, devido a forma que o rocks funciona.
> Vou pensar um uma estratégia para colocar no .bashrc do usuário durante a
> configuração, como deveria ter sido feito pelo FirstTime.pm, mas não foi.
> Ainda não entendi por que não está funcionando.
>
> De toda forma, muito obrigada!!!!
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:46, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>  Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
> etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
> Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>   Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
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> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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From blabos em gmail.com  Thu Jan 30 06:12:11 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Thu, 30 Jan 2014 12:12:11 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAxpsiatuZHEMmy7ndY-gJ=vCmShwb-UF23rkOtf57QeYDkmqQ@mail.gmail.com>

Pessoal,

O perlbrew não ajudaria não?

Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.

Seriam apenas os comandos:

$ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
$ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
$ perlbrew install perl-5.18.2
$ perlbrew switch perl-5.18.2
$ perlbrew install-cpanm
$ cpanm My::Incredible::Module


[]'s





2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>

> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada, Stanislaw!
>>
>> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
>> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
>> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
>> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
>> ainda preciso do local::lib?
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>
>>
>>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
>> creaktive em gmail.com> escreveu:
>>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
>> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
>> etapa.
>> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
>> Aqui, por exemplo, aparece:
>>
>> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
>> export PATH;
>> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
>> export PERL5LIB;
>>
>> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
>> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
>> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
>> export PERL_MB_OPT;
>> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
>> export PERL_MM_OPT;
>>
>> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
>> o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
>> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
>> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
>> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
>> diz.
>>
>>
>> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>>
>> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
>> X-Meeting?
>>
>> Stanislaw,
>>
>> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
>> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
>> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
>> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
>> precisaria fazer sua própria instalação?
>>
>> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
>> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>> local::lib is installed. You must now add the following environment
>> variables
>> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>>
>>
>> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>
>> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
>> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>>
>> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
>> entendo por que não está funcionando.
>> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
>> .profile a força.
>>
>> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
>> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
>> seja demais, não?
>>
>> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
>> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>>
>> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
>> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
>> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
>> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
>> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
>> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
>> vai precisar executar o local::lib, certo?
>>
>>
>> Obrigada pela ajuda!
>>
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
>> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>>   Caraca. Complexo.
>> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>> Hello colega bioinformata.
>>
>> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>>
>>   Olá Nicole!
>> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o
>> Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado
>> avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas
>> foram tomadas:
>>
>>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>>
>>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
>> modificados de:
>>
>>  #!/usr/bin/perl
>>
>>  para:
>>
>>  #!/usr/bin/env perl
>>
>>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
>> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
>> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
>> dessa forma.
>>
>>  3.1. Download do local::lib:
>>
>>  $ wget
>> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ cd local-lib-2.000004/
>>
>>  3.2. Instalação do local::lib:
>>
>>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>> $ make
>> $ make test
>> $ make install
>>
>>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>>
>>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>> PROFILE
>> $
>>
>>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
>> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
>> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
>> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
>> acima) rodar eval do output do Perl.
>>
>>  3.4. Carregar a configuração:
>>
>>  . $HOME/.profile
>>
>>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
>> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>>
>>  $ cpan
>>
>>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>> cpan[2]> o conf commit
>> cpan[3]> install App::cpanminus
>> cpan[4]> quit
>>
>>  Boa sorte!
>>
>>
>> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>          Boa tarde, queridos Mongers,
>>
>>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
>> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
>> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>
>>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
>> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
>> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
>> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
>> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
>> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
>> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
>> Perl:
>>
>>  - a do sistema (RHEL6):
>>  $ /usr/bin/perl -v
>> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  - e a do Rocks:
>>  $ /opt/perl/bin/perl -v
>> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
>> x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>>
>>   @INC:
>>     /usr/local/lib64/perl5
>>     /usr/local/share/perl5
>>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>>     /usr/lib64/perl5
>>     /usr/share/perl5
>>     .
>>   @INC:
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/5.14.2
>>     .
>>
>>
>>  Agora é que começam meus problemas...
>>
>>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
>> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
>> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
>> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
>> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>>
>>
>>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
>> deixá-lo como default.
>>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
>> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
>> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
>> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
>> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
>> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
>> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
>> ok.
>>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>
>>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
>> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
>> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
>> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
>> todos os itens, menos em prefs_dir.
>>
>>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>  Claro que o usuário pode executar
>>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido
>> automático.
>>  Alguém já passou por isto?
>>
>>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
>> chamasse a atenção.
>>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>
>>
>> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
>> localmente algum pacote.
>> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
>> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
>> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
>> local::lib)
>> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>>  [local::lib]
>> Ou devo usar sempre
>> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>> ?
>> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os
>> usuários, mas funciona)
>>
>>
>>  - Rodando
>> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
>> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>
>> - deu tudo certo.
>> [...]
>> Result: PASS
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- OK
>> Running make install
>> Prepending
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
>> PERL5LIB for 'install'
>> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>> Appending installation info to
>> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make install  -- OK
>>
>>
>>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
>> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>
>> Test Summary Report
>> -------------------
>> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
>> 0.40 csys =  3.50 CPU)
>> Result: FAIL
>> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>> make: *** [test_dynamic] Error 255
>>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- NOT OK
>> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>> Running make install
>>   make test had returned bad status, won't install without force
>>
>>
>>
>> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
>> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>
>> Abraços a todos,
>> Nicole Scherer
>>
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From bionica2007-perl em yahoo.com  Thu Jan 30 07:33:50 2014
From: bionica2007-perl em yahoo.com (Nicole Scherer)
Date: Thu, 30 Jan 2014 07:33:50 -0800 (PST)
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <CAAxpsiatuZHEMmy7ndY-gJ=vCmShwb-UF23rkOtf57QeYDkmqQ@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>	<CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiatuZHEMmy7ndY-gJ=vCmShwb-UF23rkOtf57QeYDkmqQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <1391096030.71213.YahooMailNeo@web120404.mail.ne1.yahoo.com>

Oi Blabos,

Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do admin.
No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante. Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.

Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar 
tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.

Obrigada!!!
Nicole




Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> escreveu:
 
Pessoal,

O perlbrew não ajudaria não?

Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.

Seriam apenas os comandos:

$ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash

$ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
$ perlbrew install perl-5.18.2
$ perlbrew switch perl-5.18.2
$ perlbrew install-cpanm
$ cpanm My::Incredible::Module


[]'s






2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>

Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa rodar nunca mais.
>Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema): "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
>
>2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>
>Obrigada, Stanislaw!
>>
>>Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do local::lib?
>>
>>Abraços,
>>Nicole
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>> 
>>Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.
>>O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
>>Aqui, por exemplo, aparece:
>>
>>
>>PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
>>export PATH;
>>PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
>>export PERL5LIB;
>>PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
>>export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
>>PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
>>export PERL_MB_OPT;
>>PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
>>export PERL_MM_OPT;
>>
>>
>>Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
>>O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib" diz.
>>
>>
>>
>>2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>>>
>>>Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?
>>>
>>>Stanislaw,
>>>
>>>como
 gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema 
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que 
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, 
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? 
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?
>>>
>>>Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem:
>>>
>>>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>>local::lib is installed. You must now add the following environment
 variables
>>>to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>>>then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>>>
>>>
>>>Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] 
>>>
>>>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>>
>>>Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc
>>>
>>>Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando.
>>>Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força.
>>>
>>>Uma
 opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
 colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez 
isso seja demais, não?
>>>
>>>Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? 
>>>A partir daí o usuário deve
 usar cpanm ao invés de cpan?
>>>
>>>Outra dúvida, se eu não instalar o 
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar 
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o 
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do 
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do 
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai 
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então 
não vai precisar executar o local::lib, certo?
>>>
>>>
>>>Obrigada pela ajuda!
>>>
>>>
>>>Abraços,
>>>Nicole
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>>> 
>>>Caraca. Complexo.
>>>O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>>>Hello colega bioinformata.
>>>
>>>Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>>>
>>>
>>>Olá Nicole!
>>>Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>>>
>>>
>>>1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>>>
>>>
>>>2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:
>>>
>>>
>>>#!/usr/bin/perl
>>>
>>>
>>>para:
>>>
>>>
>>>#!/usr/bin/env perl
>>>
>>>
>>>3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.
>>>
>>>
>>>3.1. Download do local::lib:
>>>
>>>
>>>$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>>>$ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>>>$ cd local-lib-2.000004/
>>>
>>>
>>>3.2. Instalação do local::lib:
>>>
>>>
>>>$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>>>$ make
>>>$ make test
>>>$ make install
>>>
>>>
>>>3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>>>
>>>
>>>$ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>>>eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>>>PROFILE
>>>$
>>>
>>>
>>>A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib" retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl.
>>>
>>>
>>>3.4. Carregar a configuração:
>>>
>>>
>>>. $HOME/.profile
>>>
>>>
>>>3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>>>
>>>
>>>$ cpan
>>>
>>>
>>>cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>>>cpan[2]> o conf commit
>>>cpan[3]> install App::cpanminus
>>>cpan[4]> quit
>>>
>>>
>>>Boa sorte!
>>>
>>>
>>>
>>>2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>>
>>>Boa tarde, queridos Mongers,
>>>>
>>>>
>>>>eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>>>
>>>>
>>>>Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
>>>>
>>>>
>>>>- a do sistema (RHEL6):
>>>>
>>>>$ /usr/bin/perl -v
>>>>This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>- e a do Rocks:
>>>>$ /opt/perl/bin/perl -v
>>>>This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi
>>>>
>>>>
>>>>Cada qual com as suas bibliotecas.
>>>>
>>>>  @INC:
>>>>    /usr/local/lib64/perl5
>>>>    /usr/local/share/perl5
>>>>    /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>>>    /usr/share/perl5/vendor_perl
>>>>    /usr/lib64/perl5
>>>>    /usr/share/perl5
>>>>    .
>>>>  @INC:
>>>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>>>    /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>>>    /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>>>    /opt/perl/lib/5.14.2
>>>>    .
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>Agora é que começam meus problemas...
>>>>
>>>>
>>>>Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl  (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. 
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default.
>>>>Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok.
>>>>
>>>>Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>>>
>>>>
>>>>Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir.
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>>>  'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>>>  'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>>>  'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>>>  'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>>>
>>>>
>>>>(O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>>>>[hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>>>  'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>>>  'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>>>  'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>>>  'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>>>  'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>Claro que o usuário pode executar
>>>>>o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>>>para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>>>>Alguém já passou por isto?
>>>>
>>>>
>>>>Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me chamasse a atenção.
>>>>
Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>>>
>>>>
>>>>- Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar localmente algum pacote.
>>>>Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use local::lib)
>>>>What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>>>> [local::lib] 
>>>>Ou devo usar sempre 
>>>>$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>>>?
>>>>(tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários, mas funciona)
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>- Rodando
>>>>[hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>>>
>>>>- deu tudo certo.
>>>>[...]
>>>>Result: PASS
>>>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>>>  /usr/bin/make test -- OK
>>>>Running make install
>>>>Prepending /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to PERL5LIB for 'install'
>>>>Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>>>>Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>>>>Appending installation info to /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>>>  ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>>>  /usr/bin/make install  -- OK
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>- Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>>>
>>>>
>>>>Test Summary Report
>>>>-------------------
>>>>t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>>>  Non-zero exit status: 2
>>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>>t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>>>  Non-zero exit status: 2
>>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>>t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>>>  Non-zero exit status: 2
>>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>>t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>>>  Non-zero exit status: 2
>>>>  Parse errors: No plan found in TAP output
>>>>Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr  0.40 csys =  3.50 CPU)
>>>>Result: FAIL
>>>>Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>>>>make: *** [test_dynamic] Error 255
>>>>  GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>>>  /usr/bin/make test -- NOT OK
>>>>//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>>>  reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>>>Running make install
>>>>  make test had returned bad status, won't install without force
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>>>
>>>>Abraços a todos,
>>>>Nicole Scherer
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>_______________________________________________
>>>>Rio-pm mailing list
>>>>Rio-pm em pm.org
>>>>http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>>>
>>>
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-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/03211d84/attachment-0001.html>

From tiago.peczenyj em gmail.com  Thu Jan 30 07:43:29 2014
From: tiago.peczenyj em gmail.com (Tiago Peczenyj)
Date: Thu, 30 Jan 2014 13:43:29 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
	=?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <1391096030.71213.YahooMailNeo@web120404.mail.ne1.yahoo.com>
References: <BLU403-EAS375646D1C1B5C81EB7B44FF94AF0@phx.gbl>
	<1391085397.80468.YahooMailNeo@web120401.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoACS8u=UyTq5NHzXTj8JAzDhDxu9T96sJZNvk7yrj2jm=Q@mail.gmail.com>
	<1391088289.6531.YahooMailNeo@web120406.mail.ne1.yahoo.com>
	<CANgJoADEhZ6facm716GDn8oSWWGCOJcpRrV=g-aeEP+1Da0PnQ@mail.gmail.com>
	<CAAxpsiatuZHEMmy7ndY-gJ=vCmShwb-UF23rkOtf57QeYDkmqQ@mail.gmail.com>
	<1391096030.71213.YahooMailNeo@web120404.mail.ne1.yahoo.com>
Message-ID: <CAB_CdjwOux0s_f0=F6sfef5THK0jBvR8rDojGHUbimf4nXH__Q@mail.gmail.com>

eu não gosto de alterar o perl do sistema.

mas posso estar sendo paranoico.


2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

> Oi Blabos,
>
> Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
> admin.
> No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada pelo
> Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse "Perl
> Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
> Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
> Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>
> Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
> tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>
> Obrigada!!!
> Nicole
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
> blabos em gmail.com> escreveu:
>  Pessoal,
>
> O perlbrew não ajudaria não?
>
> Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>
> Seriam apenas os comandos:
>
> $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
> $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
> $ perlbrew install perl-5.18.2
> $ perlbrew switch perl-5.18.2
> $ perlbrew install-cpanm
> $ cpanm My::Incredible::Module
>
>
> []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>
> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
> etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
> Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>   Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
>
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>



-- 
Tiago B. Peczenyj
Linux User #405772

http://about.me/peczenyj
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/52044c8a/attachment-0001.html>

From guedes_1000 em hotmail.com  Thu Jan 30 09:12:37 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Thu, 30 Jan 2014 15:12:37 -0200
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
Message-ID: <BLU403-EAS777B0FBE4C2BE23048F1B094AF0@phx.gbl>

Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.
Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.
Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.

Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com> escreveu:

eu não gosto de alterar o perl do sistema.

mas posso estar sendo paranoico.


2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>

> Oi Blabos,
>
> Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
> admin.
> No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada pelo
> Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse "Perl
> Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
> Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
> Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>
> Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
> tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>
> Obrigada!!!
> Nicole
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
> blabos em gmail.com> escreveu:
>  Pessoal,
>
> O perlbrew não ajudaria não?
>
> Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>
> Seriam apenas os comandos:
>
> $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
> $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
> $ perlbrew install perl-5.18.2
> $ perlbrew switch perl-5.18.2
> $ perlbrew install-cpanm
> $ cpanm My::Incredible::Module
>
>
> []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>
> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>  Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
> do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
> etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
> PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
> Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
> Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
> Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>   Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>   Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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--
Tiago B. Peczenyj
Linux User #405772

http://about.me/peczenyj
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From blabos em gmail.com  Thu Jan 30 11:29:18 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Thu, 30 Jan 2014 17:29:18 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <BLU403-EAS777B0FBE4C2BE23048F1B094AF0@phx.gbl>
References: <BLU403-EAS777B0FBE4C2BE23048F1B094AF0@phx.gbl>
Message-ID: <CAAxpsiajOTtixU=GpK6Vc-oGchcdW1pQC7QXFULwPSVs_=rc_w@mail.gmail.com>

> e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem.

Um Perl que vem sem CPAN? WTF? Pode isso Arnado?

...

Ok, pode ter algum complicador ou outro...

O perlbrew é utilizado para instalar uma versão local do Perl, sem
requisitar premissões de usuários, ou seja, o binário do Perl + diretórios
de bibliotecas, ficam no home do usuário.

Com ele você pode alternar entre várias versões Perl e ele ainda cuida da
instalação e localização de libs com o comando cpanm. Tudo isso sem
incomodar o administrador.

Vocês utilizam scripts de terceiros? ok, veja esse exemplo:

Script:

#!/usr/bin/perl

print 'Foo: ' . $] . $/;


Executando:

$ ./foo.pl
5.016002

$ perl foo.pl
5.018002

Notou que a segunda forma executa com o perl do meu ambiente, ignorando o
shebang?

Só complica se um script executar outro, mas de qualquer forma, você sempre
pode trocar o shebang para:

#!/usr/bin/env perl



***

A recomendação que a gente costuma dar é "nunca mexa no Perl do ambiente",
porque entre outras coisas, scripts de inicialização do SO dependem dele e
se vc bagunçar aí, seu sistema não boota.

Além disso, sistemas Apple e Fedora são famosos por terem uma péssima
compilação do Perl, com problemas de performance e bugs que já foram
corrigidos mas não aplicados na "versão deles".

Há uns 5 anos, usar o Perl padrão do sistema e instalar local::lib era o
mais indicado. Hoje, a menos que o seu usuário não tenha acesso a um
compilador, o que no caso eu duvido, a melhor opção tende a ser perlbrew.

Pode ser que no seu caso específico, tenha um detalhe ou outro, mas não me
parece tão problemático.

Quanto a módulos especiais, a menos que sejam alguma coisa proprietária e
não estejam acessíveis via cpan, você também pode instalá-los.

Eu sei que Bioinformática é bem diferente de computação em geral, mas se
vocês puderem, ao invés de criar scripts que rodam scripts, tentem criar
módulos, ou seja, bibliotecas, que são chamados em um pequeno script.

É um investimento bobo, que ajuda a resolver uma porrada de problemas e a
diminuir o tempo que você gasta montando o seu ambiente.

***

Quanto a replicação para os nós, tem várias opções também desde
empacotadores até a distribuição com git.

[]'s





2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>

>  Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a
> bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.
> Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o
> perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.
> Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com
> minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.
>
> Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com> escreveu:
>
>  eu não gosto de alterar o perl do sistema.
>
>  mas posso estar sendo paranoico.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>  Oi Blabos,
>
>  Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
> admin.
>  No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada
> pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse
> "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
>  Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
>  Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>
>  Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
> tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>
>  Obrigada!!!
>  Nicole
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
> blabos em gmail.com> escreveu:
>    Pessoal,
>
>  O perlbrew não ajudaria não?
>
>  Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>
>  Seriam apenas os comandos:
>
>  $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
>  $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
> $ perlbrew install perl-5.18.2
> $ perlbrew switch perl-5.18.2
> $ perlbrew install-cpanm
> $ cpanm My::Incredible::Module
>
>
>  []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>
> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>     Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o
> Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa
> dessa etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
>  PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
>  Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
> o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>    Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
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Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/8a634d0f/attachment-0001.html>

From guedes_1000 em hotmail.com  Thu Jan 30 11:44:58 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Thu, 30 Jan 2014 17:44:58 -0200
Subject: [Rio-pm]
 =?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
 =?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
Message-ID: <BLU403-EAS18677C54ABE48B89DD7311094AF0@phx.gbl>

Mas na bioinfo, pelomenos os mais ou menos experientes fazem modulos mesmo. Acontece que eventualmente algumas analises feitas em servidores potentes demoram 2 dias. Entao, ja teve caso de nao ter muita saida e fazer um script para executar outros de acordo com o resultado e progresso da analise. Uma comparacao entre resultados de 5000 individuos com toda biblioteca de miRNA entre miRNAnda e RNAhybrid depois filtrar os resultados e desenhar o sitio de ligacao evidenciando os resultados semelhantes e discriminando os demais, sem saida, foi script executando script. O que foi possivel trabalhar com modulos foi feito.

Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> escreveu:

> e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem.

Um Perl que vem sem CPAN? WTF? Pode isso Arnado?

...

Ok, pode ter algum complicador ou outro...

O perlbrew é utilizado para instalar uma versão local do Perl, sem
requisitar premissões de usuários, ou seja, o binário do Perl + diretórios
de bibliotecas, ficam no home do usuário.

Com ele você pode alternar entre várias versões Perl e ele ainda cuida da
instalação e localização de libs com o comando cpanm. Tudo isso sem
incomodar o administrador.

Vocês utilizam scripts de terceiros? ok, veja esse exemplo:

Script:

#!/usr/bin/perl

print 'Foo: ' . $] . $/;


Executando:

$ ./foo.pl
5.016002

$ perl foo.pl
5.018002

Notou que a segunda forma executa com o perl do meu ambiente, ignorando o
shebang?

Só complica se um script executar outro, mas de qualquer forma, você sempre
pode trocar o shebang para:

#!/usr/bin/env perl



***

A recomendação que a gente costuma dar é "nunca mexa no Perl do ambiente",
porque entre outras coisas, scripts de inicialização do SO dependem dele e
se vc bagunçar aí, seu sistema não boota.

Além disso, sistemas Apple e Fedora são famosos por terem uma péssima
compilação do Perl, com problemas de performance e bugs que já foram
corrigidos mas não aplicados na "versão deles".

Há uns 5 anos, usar o Perl padrão do sistema e instalar local::lib era o
mais indicado. Hoje, a menos que o seu usuário não tenha acesso a um
compilador, o que no caso eu duvido, a melhor opção tende a ser perlbrew.

Pode ser que no seu caso específico, tenha um detalhe ou outro, mas não me
parece tão problemático.

Quanto a módulos especiais, a menos que sejam alguma coisa proprietária e
não estejam acessíveis via cpan, você também pode instalá-los.

Eu sei que Bioinformática é bem diferente de computação em geral, mas se
vocês puderem, ao invés de criar scripts que rodam scripts, tentem criar
módulos, ou seja, bibliotecas, que são chamados em um pequeno script.

É um investimento bobo, que ajuda a resolver uma porrada de problemas e a
diminuir o tempo que você gasta montando o seu ambiente.

***

Quanto a replicação para os nós, tem várias opções também desde
empacotadores até a distribuição com git.

[]'s





2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>

>  Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a
> bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.
> Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o
> perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.
> Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com
> minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.
>
> Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com> escreveu:
>
>  eu não gosto de alterar o perl do sistema.
>
>  mas posso estar sendo paranoico.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>  Oi Blabos,
>
>  Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
> admin.
>  No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada
> pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse
> "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
>  Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
>  Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>
>  Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
> tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>
>  Obrigada!!!
>  Nicole
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
> blabos em gmail.com> escreveu:
>    Pessoal,
>
>  O perlbrew não ajudaria não?
>
>  Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>
>  Seriam apenas os comandos:
>
>  $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
>  $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
> $ perlbrew install perl-5.18.2
> $ perlbrew switch perl-5.18.2
> $ perlbrew install-cpanm
> $ cpanm My::Incredible::Module
>
>
>  []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>
> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>     Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o
> Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa
> dessa etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
>  PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
>  Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
> o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>    Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
>
> _______________________________________________
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm em pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
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From renato.cron em gmail.com  Thu Jan 30 11:53:22 2014
From: renato.cron em gmail.com (Renato Santos)
Date: Thu, 30 Jan 2014 17:53:22 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?iso-8859-1?q?Configura=E7=E3o_de_usu=E1rio_n=E3o_root_?=
	=?iso-8859-1?q?no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <BLU403-EAS18677C54ABE48B89DD7311094AF0@phx.gbl>
References: <BLU403-EAS18677C54ABE48B89DD7311094AF0@phx.gbl>
Message-ID: <CABmdQ_Q7W4yY2zj6v5+2TsrJQMiOiQvRZE9Z0-3R1nJffXw_ig@mail.gmail.com>

Se o script perl chamar outro script com `perl foobar` (que vai chamar o
/bin/sh) vai iniciar executar o proximo script com o perl que esta no env,
ou seja, o PATH.

Se for `./foobar.pl` isso vai executar o shebang, ou seja, o __melhor é
sempre__ passar o do env.

Ou melhor, o certo é saber o que você esta fazendo e como as coisas
funcionam!


2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>:

>  Mas na bioinfo, pelomenos os mais ou menos experientes fazem modulos
> mesmo. Acontece que eventualmente algumas analises feitas em servidores
> potentes demoram 2 dias. Entao, ja teve caso de nao ter muita saida e fazer
> um script para executar outros de acordo com o resultado e progresso da
> analise. Uma comparacao entre resultados de 5000 individuos com toda
> biblioteca de miRNA entre miRNAnda e RNAhybrid depois filtrar os resultados
> e desenhar o sitio de ligacao evidenciando os resultados semelhantes e
> discriminando os demais, sem saida, foi script executando script. O que foi
> possivel trabalhar com modulos foi feito.
>
>
> Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> escreveu:
>
>  > e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem.
>
>  Um Perl que vem sem CPAN? WTF? Pode isso Arnado?
>
>  ...
>
>  Ok, pode ter algum complicador ou outro...
>
>  O perlbrew é utilizado para instalar uma versão local do Perl, sem
> requisitar premissões de usuários, ou seja, o binário do Perl + diretórios
> de bibliotecas, ficam no home do usuário.
>
>  Com ele você pode alternar entre várias versões Perl e ele ainda cuida
> da instalação e localização de libs com o comando cpanm. Tudo isso sem
> incomodar o administrador.
>
>  Vocês utilizam scripts de terceiros? ok, veja esse exemplo:
>
>  Script:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  print 'Foo: ' . $] . $/;
>
>
>  Executando:
>
>  $ ./foo.pl
> 5.016002
>
>  $ perl foo.pl
> 5.018002
>
>  Notou que a segunda forma executa com o perl do meu ambiente, ignorando
> o shebang?
>
>  Só complica se um script executar outro, mas de qualquer forma, você
> sempre pode trocar o shebang para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>
>
>  ***
>
>  A recomendação que a gente costuma dar é "nunca mexa no Perl do
> ambiente", porque entre outras coisas, scripts de inicialização do SO
> dependem dele e se vc bagunçar aí, seu sistema não boota.
>
>  Além disso, sistemas Apple e Fedora são famosos por terem uma péssima
> compilação do Perl, com problemas de performance e bugs que já foram
> corrigidos mas não aplicados na "versão deles".
>
>  Há uns 5 anos, usar o Perl padrão do sistema e instalar local::lib era o
> mais indicado. Hoje, a menos que o seu usuário não tenha acesso a um
> compilador, o que no caso eu duvido, a melhor opção tende a ser perlbrew.
>
>  Pode ser que no seu caso específico, tenha um detalhe ou outro, mas não
> me parece tão problemático.
>
>  Quanto a módulos especiais, a menos que sejam alguma coisa proprietária
> e não estejam acessíveis via cpan, você também pode instalá-los.
>
>  Eu sei que Bioinformática é bem diferente de computação em geral, mas se
> vocês puderem, ao invés de criar scripts que rodam scripts, tentem criar
> módulos, ou seja, bibliotecas, que são chamados em um pequeno script.
>
>  É um investimento bobo, que ajuda a resolver uma porrada de problemas e
> a diminuir o tempo que você gasta montando o seu ambiente.
>
>  ***
>
>  Quanto a replicação para os nós, tem várias opções também desde
> empacotadores até a distribuição com git.
>
>  []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>
>  Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a
> bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.
> Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o
> perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.
> Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com
> minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.
>
> Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com> escreveu:
>
>   eu não gosto de alterar o perl do sistema.
>
>  mas posso estar sendo paranoico.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>  Oi Blabos,
>
>  Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
> admin.
>  No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada
> pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse
> "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
>  Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
>  Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>
>  Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
> tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>
>  Obrigada!!!
>  Nicole
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
> blabos em gmail.com> escreveu:
>    Pessoal,
>
>  O perlbrew não ajudaria não?
>
>  Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>
>  Seriam apenas os comandos:
>
>  $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
>  $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
> $ perlbrew install perl-5.18.2
> $ perlbrew switch perl-5.18.2
> $ perlbrew install-cpanm
> $ cpanm My::Incredible::Module
>
>
>  []'s
>
>
>
>
>
> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>
> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
> rodar nunca mais.
> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
> a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
> "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários automagicamente terão
> local::lib configurado ao fazer o login :)
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada, Stanislaw!
>
> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
> ainda preciso do local::lib?
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
> creaktive em gmail.com> escreveu:
>     Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o
> Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa
> dessa etapa.
> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
> Aqui, por exemplo, aparece:
>
>  PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
> export PATH;
> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
> export PERL5LIB;
>
> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
> export PERL_MB_OPT;
> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
> export PERL_MM_OPT;
>
>  Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
> o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
> diz.
>
>
> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>   Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>
> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
> X-Meeting?
>
> Stanislaw,
>
> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
> precisaria fazer sua própria instalação?
>
> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> local::lib is installed. You must now add the following environment
> variables
> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>
>
> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>
>
> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>
> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
> entendo por que não está funcionando.
> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
> .profile a força.
>
> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
> seja demais, não?
>
> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>
> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
> vai precisar executar o local::lib, certo?
>
>
> Obrigada pela ajuda!
>
>
> Abraços,
> Nicole
>
>
>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>    Caraca. Complexo.
> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
> Hello colega bioinformata.
>
> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>
>   Olá Nicole!
> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
> default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
> /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
>
>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>
>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
> modificados de:
>
>  #!/usr/bin/perl
>
>  para:
>
>  #!/usr/bin/env perl
>
>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
> dessa forma.
>
>  3.1. Download do local::lib:
>
>  $ wget
> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
> $ cd local-lib-2.000004/
>
>  3.2. Instalação do local::lib:
>
>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
> $ make
> $ make test
> $ make install
>
>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>
>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
> PROFILE
> $
>
>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
> acima) rodar eval do output do Perl.
>
>  3.4. Carregar a configuração:
>
>  . $HOME/.profile
>
>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>
>  $ cpan
>
>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
> cpan[2]> o conf commit
> cpan[3]> install App::cpanminus
> cpan[4]> quit
>
>  Boa sorte!
>
>
> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>
>          Boa tarde, queridos Mongers,
>
>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>
>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
> Perl:
>
>  - a do sistema (RHEL6):
>  $ /usr/bin/perl -v
> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>
>  - e a do Rocks:
>  $ /opt/perl/bin/perl -v
> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
> x86_64-linux-thread-multi
>
>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>
>   @INC:
>     /usr/local/lib64/perl5
>     /usr/local/share/perl5
>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>     /usr/lib64/perl5
>     /usr/share/perl5
>     .
>   @INC:
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>     /opt/perl/lib/5.14.2
>     .
>
>
>  Agora é que começam meus problemas...
>
>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>
>
>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
> deixá-lo como default.
>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
> ok.
>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>
>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
> todos os itens, menos em prefs_dir.
>
>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>
>
>  Claro que o usuário pode executar
>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido automático.
>  Alguém já passou por isto?
>
>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
> chamasse a atenção.
>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>
>
> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
> localmente algum pacote.
> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
> local::lib)
> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>  [local::lib]
> Ou devo usar sempre
> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
> ?
> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os usuários,
> mas funciona)
>
>
>  - Rodando
> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>
> - deu tudo certo.
> [...]
> Result: PASS
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- OK
> Running make install
> Prepending
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
> PERL5LIB for 'install'
> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
> Appending installation info to
> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>   /usr/bin/make install  -- OK
>
>
>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>
> Test Summary Report
> -------------------
> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>   Non-zero exit status: 2
>   Parse errors: No plan found in TAP output
> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
> 0.40 csys =  3.50 CPU)
> Result: FAIL
> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
> make: *** [test_dynamic] Error 255
>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>   /usr/bin/make test -- NOT OK
> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
> Running make install
>   make test had returned bad status, won't install without force
>
>
>
> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>
> Abraços a todos,
> Nicole Scherer
>
>
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-- 
Saravá,
Renato CRON
http://www.renatocron.com/blog/
@renato_cron <http://twitter.com/#!/renato_cron>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140130/6933f46f/attachment-0001.html>

From blabos em gmail.com  Thu Jan 30 12:51:17 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Thu, 30 Jan 2014 18:51:17 -0200
Subject: [Rio-pm]
	=?utf-8?b?Q29uZmlndXJhw6fDo28gZGUgdXN1w6FyaW8gbsOjbyBy?=
	=?utf-8?q?oot_no_cpan_=26_Perl_Roll_em_Rocks_Cluster?=
In-Reply-To: <CABmdQ_Q7W4yY2zj6v5+2TsrJQMiOiQvRZE9Z0-3R1nJffXw_ig@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS18677C54ABE48B89DD7311094AF0@phx.gbl>
	<CABmdQ_Q7W4yY2zj6v5+2TsrJQMiOiQvRZE9Z0-3R1nJffXw_ig@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAxpsiazHUbBfv9ZaoaDrVQFEdGohiCOg-6FKKbj6KCshVTThQ@mail.gmail.com>

Mais ou menos...

> Ou melhor, o certo é saber o que você esta fazendo e como as coisas
funcionam!

Se todos os scripts usam o shebang #!/usr/bin/perl, qualquer um que não
invocar um terceiro usando 'perl script.pl' vai cair no shebang do script.

O melhor mesmo é trocar todos os shebangs por #!/usr/bin/env perl



2014-01-30 Renato Santos <renato.cron em gmail.com>

> Se o script perl chamar outro script com `perl foobar` (que vai chamar o
> /bin/sh) vai iniciar executar o proximo script com o perl que esta no env,
> ou seja, o PATH.
>
> Se for `./foobar.pl` isso vai executar o shebang, ou seja, o __melhor é
> sempre__ passar o do env.
>
> Ou melhor, o certo é saber o que você esta fazendo e como as coisas
> funcionam!
>
>
> 2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>:
>
>  Mas na bioinfo, pelomenos os mais ou menos experientes fazem modulos
>> mesmo. Acontece que eventualmente algumas analises feitas em servidores
>> potentes demoram 2 dias. Entao, ja teve caso de nao ter muita saida e fazer
>> um script para executar outros de acordo com o resultado e progresso da
>> analise. Uma comparacao entre resultados de 5000 individuos com toda
>> biblioteca de miRNA entre miRNAnda e RNAhybrid depois filtrar os resultados
>> e desenhar o sitio de ligacao evidenciando os resultados semelhantes e
>> discriminando os demais, sem saida, foi script executando script. O que foi
>> possivel trabalhar com modulos foi feito.
>>
>>
>> Blabos de Blebe <blabos em gmail.com> escreveu:
>>
>>  > e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem.
>>
>>  Um Perl que vem sem CPAN? WTF? Pode isso Arnado?
>>
>>  ...
>>
>>  Ok, pode ter algum complicador ou outro...
>>
>>  O perlbrew é utilizado para instalar uma versão local do Perl, sem
>> requisitar premissões de usuários, ou seja, o binário do Perl + diretórios
>> de bibliotecas, ficam no home do usuário.
>>
>>  Com ele você pode alternar entre várias versões Perl e ele ainda cuida
>> da instalação e localização de libs com o comando cpanm. Tudo isso sem
>> incomodar o administrador.
>>
>>  Vocês utilizam scripts de terceiros? ok, veja esse exemplo:
>>
>>  Script:
>>
>>  #!/usr/bin/perl
>>
>>  print 'Foo: ' . $] . $/;
>>
>>
>>  Executando:
>>
>>  $ ./foo.pl
>> 5.016002
>>
>>  $ perl foo.pl
>> 5.018002
>>
>>  Notou que a segunda forma executa com o perl do meu ambiente, ignorando
>> o shebang?
>>
>>  Só complica se um script executar outro, mas de qualquer forma, você
>> sempre pode trocar o shebang para:
>>
>>  #!/usr/bin/env perl
>>
>>
>>
>>  ***
>>
>>  A recomendação que a gente costuma dar é "nunca mexa no Perl do
>> ambiente", porque entre outras coisas, scripts de inicialização do SO
>> dependem dele e se vc bagunçar aí, seu sistema não boota.
>>
>>  Além disso, sistemas Apple e Fedora são famosos por terem uma péssima
>> compilação do Perl, com problemas de performance e bugs que já foram
>> corrigidos mas não aplicados na "versão deles".
>>
>>  Há uns 5 anos, usar o Perl padrão do sistema e instalar local::lib era
>> o mais indicado. Hoje, a menos que o seu usuário não tenha acesso a um
>> compilador, o que no caso eu duvido, a melhor opção tende a ser perlbrew.
>>
>>  Pode ser que no seu caso específico, tenha um detalhe ou outro, mas não
>> me parece tão problemático.
>>
>>  Quanto a módulos especiais, a menos que sejam alguma coisa proprietária
>> e não estejam acessíveis via cpan, você também pode instalá-los.
>>
>>  Eu sei que Bioinformática é bem diferente de computação em geral, mas
>> se vocês puderem, ao invés de criar scripts que rodam scripts, tentem criar
>> módulos, ou seja, bibliotecas, que são chamados em um pequeno script.
>>
>>  É um investimento bobo, que ajuda a resolver uma porrada de problemas e
>> a diminuir o tempo que você gasta montando o seu ambiente.
>>
>>  ***
>>
>>  Quanto a replicação para os nós, tem várias opções também desde
>> empacotadores até a distribuição com git.
>>
>>  []'s
>>
>>
>>
>>
>>
>> 2014-01-30 Aureliano Guedes <guedes_1000 em hotmail.com>
>>
>>  Nicole, nunca fui no x-meeting, mas gostaria. Agora se voce fala que a
>> bioinfo esta lotada de mulher, amem senhor, mande umas pra goiania. Hahaha.
>> Eu tbm sou paranoico quanto a modificar o perl do sistema. Eu prefiro o
>> perlbrew. Apesar de que 2 de 5 vezes que configurei o perlbrew deu problema.
>> Mas essa taxa da erro de configuracai do perlbrew de 40% e compativel com
>> minha taxa de erros por falta da atencao na hora de programar.
>>
>> Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com> escreveu:
>>
>>   eu não gosto de alterar o perl do sistema.
>>
>>  mas posso estar sendo paranoico.
>>
>>
>> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>  Oi Blabos,
>>
>>  Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
>> instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
>> admin.
>>  No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada
>> pelo Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse
>> "Perl Roll" já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
>> bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
>> objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
>> esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
>>  Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
>> todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
>> algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
>> Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
>> de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
>> shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
>> bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
>>  Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
>> usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
>> acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
>>
>>  Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que
>> deixar tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
>>
>>  Obrigada!!!
>>  Nicole
>>
>>
>>
>>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe <
>> blabos em gmail.com> escreveu:
>>    Pessoal,
>>
>>  O perlbrew não ajudaria não?
>>
>>  Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
>>
>>  Seriam apenas os comandos:
>>
>>  $ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
>>  $ echo "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc" >> .bashrc
>> $ perlbrew install perl-5.18.2
>> $ perlbrew switch perl-5.18.2
>> $ perlbrew install-cpanm
>> $ cpanm My::Incredible::Module
>>
>>
>>  []'s
>>
>>
>>
>>
>>
>> 2014-01-30 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>
>>
>> Isso mesmo; na primeira vez em que "perl -Mlocal::lib" roda ele cria os
>> diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
>> rodar nunca mais.
>> Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para
>> melhorar a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do
>> sistema): "eval $(perl -Mlocal::lib)". Desse jeito os usuários
>> automagicamente terão local::lib configurado ao fazer o login :)
>>
>>
>> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>   Obrigada, Stanislaw!
>>
>> Então o usuário só precisará rodar o "perl -Mlocal::lib" uma única vez e
>> colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
>> nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
>> que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
>> ainda preciso do local::lib?
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>
>>
>>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep <
>> creaktive em gmail.com> escreveu:
>>     Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o
>> Perl do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa
>> dessa etapa.
>> O que acontece se você rodar "perl -Mlocal::lib"?
>> Aqui, por exemplo, aparece:
>>
>>  PATH="/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH";
>> export PATH;
>> PERL5LIB="/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB";
>> export PERL5LIB;
>>
>> PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";
>> export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
>> PERL_MB_OPT="--install_base \"/Users/stas/perl5\"";
>> export PERL_MB_OPT;
>> PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5";
>> export PERL_MM_OPT;
>>
>>  Se você colar o output produzido no seu sistema para o
>> .bashrc/.profile, o Perl "se sentirá em casa" no $HOME :)
>> O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que "perl
>> -Mlocal::lib" seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
>> variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o "perl -Mlocal::lib"
>> diz.
>>
>>
>> 2014-01-30 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>   Obrigada Stanislaw e Aureliano!
>>
>> Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
>> X-Meeting?
>>
>> Stanislaw,
>>
>> como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
>> pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
>> fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
>> não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
>> precisaria fazer sua própria instalação?
>>
>> Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
>> configuração, aparece a seguinte mensagem:
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>> local::lib is installed. You must now add the following environment
>> variables
>> to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
>> then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
>>
>>
>> Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
>>
>>
>> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>>
>> Porém, como podes ver, o "following environment variables" está vazio e
>> nenhuma modificação é feita no .bashrc
>>
>> Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
>> entendo por que não está funcionando.
>> Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
>> .profile a força.
>>
>> Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
>> e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
>> seja demais, não?
>>
>> Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
>> A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
>>
>> Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
>> instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
>> em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
>> configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
>> O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
>> executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
>> vai precisar executar o local::lib, certo?
>>
>>
>> Obrigada pela ajuda!
>>
>>
>> Abraços,
>> Nicole
>>
>>
>>  Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes <
>> guedes_1000 em hotmail.com> escreveu:
>>    Caraca. Complexo.
>> O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
>> Hello colega bioinformata.
>>
>> Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:
>>
>>   Olá Nicole!
>> Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o
>> Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado
>> avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas
>> foram tomadas:
>>
>>  1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
>>
>>  2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
>> modificados de:
>>
>>  #!/usr/bin/perl
>>
>>  para:
>>
>>  #!/usr/bin/env perl
>>
>>  3. local::lib foi utilizado para CPAN "desovar" no $HOME. O local::lib
>> requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o
>> environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib
>> dessa forma.
>>
>>  3.1. Download do local::lib:
>>
>>  $ wget
>> http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ tar xzvf local-lib-2.000004.tar.gz
>> $ cd local-lib-2.000004/
>>
>>  3.2. Instalação do local::lib:
>>
>>  $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
>> $ make
>> $ make test
>> $ make install
>>
>>  3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
>>
>>  $ cat << PROFILE >> $HOME/.profile
>> eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)
>> PROFILE
>> $
>>
>>  A idéia aqui é que rodar "perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib"
>> retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl
>> buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode
>> simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado
>> acima) rodar eval do output do Perl.
>>
>>  3.4. Carregar a configuração:
>>
>>  . $HOME/.profile
>>
>>  3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa
>> configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente):
>>
>>  $ cpan
>>
>>  cpan[1]> o conf prerequisites_policy follow
>> cpan[2]> o conf commit
>> cpan[3]> install App::cpanminus
>> cpan[4]> quit
>>
>>  Boa sorte!
>>
>>
>> 2014-01-29 Nicole Scherer <bionica2007-perl em yahoo.com>
>>
>>          Boa tarde, queridos Mongers,
>>
>>  eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias
>> batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas
>> das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela.
>>
>>  Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (
>> http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro
>> linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim,
>> mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO
>> (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server,
>> Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as
>> vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de
>> Perl:
>>
>>  - a do sistema (RHEL6):
>>  $ /usr/bin/perl -v
>> This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  - e a do Rocks:
>>  $ /opt/perl/bin/perl -v
>> This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for
>> x86_64-linux-thread-multi
>>
>>  Cada qual com as suas bibliotecas.
>>
>>   @INC:
>>     /usr/local/lib64/perl5
>>     /usr/local/share/perl5
>>     /usr/lib64/perl5/vendor_perl
>>     /usr/share/perl5/vendor_perl
>>     /usr/lib64/perl5
>>     /usr/share/perl5
>>     .
>>   @INC:
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2
>>     /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi
>>     /opt/perl/lib/5.14.2
>>     .
>>
>>
>>  Agora é que começam meus problemas...
>>
>>  Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes
>> de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover  o
>> /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl
>> (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar
>> simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução.
>>
>>
>>  O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a
>> deixá-lo como default.
>>  Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso,
>> qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos
>> os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários,
>> concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os
>> usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à
>> internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada
>> com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo
>> ok.
>>  Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil.
>>
>>  Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma
>> mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e
>> toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo
>> com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE
>> todos os itens, menos em prefs_dir.
>>
>>  [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm
>>   'build_dir' => q[/home/hpcst06/.cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/home/hpcst06/.cpan],
>>   'histfile' => q[/home/hpcst06/.cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>> (O default cpan_home é /export/cpan/cpan )
>> [hpcst06 em crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm
>>   'build_dir' => q[/export/cpan/cpan/build],
>>   'cpan_home' => q[/export/cpan/cpan],
>>   'histfile' => q[/export/cpan/cpan/histfile],
>>   'keep_source_where' => q[/export/cpan/cpan/sources],
>>   'prefs_dir' => q[/export/cpan/cpan/prefs],
>>
>>
>>  Claro que o usuário pode executar
>>  >o conf prefs_dir /home/hpcst06/.cpan/prefs
>>  para alterar esta variável, mas concordam que deveria ter sido
>> automático.
>>  Alguém já passou por isto?
>>
>>  Procurei o erro em FirstTime.pm, mas não consegui localizar algo que me
>> chamasse a atenção.
>>  Exatamente igual ao que tenho no Ubuntu, e que funciona normalmente.
>>
>>
>> - Tendo corrigido manualmente o prefs_dir, segui tentando instalar
>> localmente algum pacote.
>> Aí eu admito uma grande falta de conhecimento da minha parte, mas tentei
>> entender o que os tutoriais na internet e fiquei perdida. Devo usar direto
>> o cpan? (já que na configuração ele me pergunta se eu quero que use
>> local::lib)
>> What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
>>  [local::lib]
>> Ou devo usar sempre
>> $ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>> ?
>> (tudo bem, posso colocar esta linha no tutorial, vai assustar os
>> usuários, mas funciona)
>>
>>
>>  - Rodando
>> [hpcst06 em crab ~]$ perl -MCPAN -Mlocal::lib -e
>> 'CPAN::install(Acme::Time::Baby)'
>>
>> - deu tudo certo.
>> [...]
>> Result: PASS
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- OK
>> Running make install
>> Prepending
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/arch
>> /home/hpcst06/.cpan/build/Acme-Time-Baby-2010090301-wJGXda/blib/lib to
>> PERL5LIB for 'install'
>> Installing /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/Acme/Time/Baby.pm
>> Installing /home/hpcst06/perl5/man/man3/Acme::Time::Baby.3
>> Appending installation info to
>> /home/hpcst06/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/perllocal.pod
>>   ABIGAIL/Acme-Time-Baby-2010090301.tar.gz
>>   /usr/bin/make install  -- OK
>>
>>
>>  - Agora, tentei instalar o Data::Printer (Oi Breno!) pela mesma
>> estratégia e não consegui. Pode ser que não tenha a ver com a estratégia.
>>
>> Test Summary Report
>> -------------------
>> t/05-obj.t                (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/06-obj2.t               (Wstat: 512 Tests: 0 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/07-sort.t               (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> t/25-weak.t               (Wstat: 512 Tests: 8 Failed: 0)
>>   Non-zero exit status: 2
>>   Parse errors: No plan found in TAP output
>> Files=54, Tests=258,  4 wallclock secs ( 0.19 usr  0.09 sys +  2.82 cusr
>> 0.40 csys =  3.50 CPU)
>> Result: FAIL
>> Failed 4/54 test programs. 0/258 subtests failed.
>> make: *** [test_dynamic] Error 255
>>   GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>>   /usr/bin/make test -- NOT OK
>> //hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
>>   reports GARU/Data-Printer-0.35.tar.gz
>> Running make install
>>   make test had returned bad status, won't install without force
>>
>>
>>
>> Desculpem a postagem tão longa. Acabei até solucionando algumas outras
>> dúvidas enquanto tentava descrevê-las aqui.
>>
>> Abraços a todos,
>> Nicole Scherer
>>
>>
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From oscarbm em gmail.com  Fri Feb 14 06:25:16 2014
From: oscarbm em gmail.com (Oscar Marques)
Date: Fri, 14 Feb 2014 12:25:16 -0200
Subject: [Rio-pm] Fwd: From Marcio's friend
In-Reply-To: <CANgVCPFkzRtiU9BKWjm3KENUpnwfwxhHO8oBHcPegUXcFDeP-g@mail.gmail.com>
References: <CANgVCPFkzRtiU9BKWjm3KENUpnwfwxhHO8oBHcPegUXcFDeP-g@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAF2NWbZwH1OLhefoRq14vCaU28MXY98BFev1gtBxMyXAMTxmMQ@mail.gmail.com>

Olá galera.
Tudo bom?
Um amigo irlandes quer trabalhar no Brasil e ta procurando emprego.
Alguém pode ajudar?
Grato.

---------- Forwarded message ----------
From: Benjamin Jakobus <benjamin.jakobus em gmail.com>
Date: 2014-02-14 12:04 GMT-02:00
Subject: From Marcio's friend
To: oscarbm em gmail.com


Hi Oscar,

Marcio forwarded me your email address. I am a software engineer for IBM
Ireland (Collaboration Solutions, IBM Software Group Dublin), but plan on
moving to Rio. Marcio mentioned that you might know of people that are
looking to hire (I attached my CV to give you an idea of my background -
unfortunately my Portuguese is basic at best)?

Thanks for your time,
Best Regards,
Ben
-- 
*Software Engineer, IBM*
*E-mail (Private):* benjamin.jakobus em gmail.com
*E-mail (Work):* benjamij em ie.ibm.com
*Mobile:* ++353 (0) 87 341 0 233
*LinkedIn: *http://www.linkedin.com/in/benjaminjakobus



-- 
Oscar Marques
oscarbm em gmail.com
http://www.dunkelheit.com.br
@f117usbr <https://twitter.com/#%21/f117usbr>
+55 21 9293-9343
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Nome: CV.pdf
Tipo: application/pdf
Tamanho: 76100 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140214/cb9671c5/attachment-0001.pdf>

From blabos em gmail.com  Fri Feb 21 07:15:10 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Fri, 21 Feb 2014 12:15:10 -0300
Subject: [Rio-pm] [X-POST] Arquivos .dbc do DataSUS
Message-ID: <CAAxpsiZ6AHQYBuSotpkZogkd=_99MCjfFhGSFRgN18cZ-sOWUg@mail.gmail.com>

Pessoal,

Descupem pelo cross-post, mas eu to precisando debulhar uns arquivos .dbc
do DataSUS.

Até onde eu entendi, esse é um formato compactado de arquivos .dbf e embora
dê pra abrir com os módulos de acesso a DBF padrão, obviamente os dados
saem cagados.

Eles podem ser convertidos para .dbf com o tabwin(
ftp://ftp.datasus.gov.br/tabwin/tabwin/tab36b.zip).

Uma vez obtidos os arquivos .dbf, cpan é meu amigo e a mágica acontece.

Minha dúvida é: Vocês conhecem alguma forma de manipular os arquivos .dbc
sem que eu precise usar um windows e um programa com interface gráfica só
pra descompactá-los?

[]'s
-------------- Próxima Parte ----------
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From samircurys em gmail.com  Sun Feb 23 22:58:40 2014
From: samircurys em gmail.com (Samir Cury)
Date: Sun, 23 Feb 2014 22:58:40 -0800
Subject: [Rio-pm] Variavel - caminho padrao para diretorios de testes
Message-ID: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>

E ai pessoal, faz um tempo que nao passo por aqui, mas felizmente estou
voltando a usar Perl no cotidiano e me livrando da ferrugem.

Estava revisando um modulo que falta pouco para subir pro CPAN, e me
deparei com uma coisa que  nao me pareceu o melhor jeito de se fazer :

https://github.com/samircury/HTCondor--Queue--Parser/blob/master/t/01_basic.pl#L11

Penso isso pois uma vez enquanto escrevia testes em Python me falaram de
uma variavel que referenciava o diretorio de testes. Imaginei que pudesse
existir um equivalente em Perl mas minhas buscas nao retornaram nada
especifico.

Achei interessante perguntar aqui na lista se conhecem algum jeito melhor.
De repente esta na ponta da lingua de quem escreve modulos direto. Do jeito
que esta ja passa no "prove" [1] mas como nao tenho muita pratica com
modulos e sempre bom perguntar.

Abracos,
Samir

[1] :

  ~/code/Condor--Queue--Parser $ prove -l t/01_basic.pl
t/01_basic.pl .. ok
All tests successful.
Files=1, Tests=9,  2 wallclock secs ( 0.03 usr  0.00 sys +  1.27 cusr  0.03
csys =  1.33 CPU)
Result: PASS
-------------- Próxima Parte ----------
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From creaktive em gmail.com  Sun Feb 23 23:54:56 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Mon, 24 Feb 2014 08:54:56 +0100
Subject: [Rio-pm] Variavel - caminho padrao para diretorios de testes
In-Reply-To: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
References: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
Message-ID: <CANgJoACZ9mX9H9bJL2VFw0VAgXhZPad5YSKwLnrbdDQgo+r9Dg@mail.gmail.com>

Olá Samir!
Não há necessidade de passar o "absolute path", os testes são sempre
executados da raiz da sua distribuição:

my @condor_q =  read_file( 't/input.txt' ) ; # isso é suficiente

Uma nota: os testes em Perl tem extensão padrão .t, portanto, o nome do
arquivo de testes ficaria mais consistente se fosse "01_basic.t".
Abs


2014-02-24 7:58 GMT+01:00 Samir Cury <samircurys em gmail.com>:

> E ai pessoal, faz um tempo que nao passo por aqui, mas felizmente estou
> voltando a usar Perl no cotidiano e me livrando da ferrugem.
>
> Estava revisando um modulo que falta pouco para subir pro CPAN, e me
> deparei com uma coisa que  nao me pareceu o melhor jeito de se fazer :
>
>
> https://github.com/samircury/HTCondor--Queue--Parser/blob/master/t/01_basic.pl#L11
>
> Penso isso pois uma vez enquanto escrevia testes em Python me falaram de
> uma variavel que referenciava o diretorio de testes. Imaginei que pudesse
> existir um equivalente em Perl mas minhas buscas nao retornaram nada
> especifico.
>
> Achei interessante perguntar aqui na lista se conhecem algum jeito melhor.
> De repente esta na ponta da lingua de quem escreve modulos direto. Do jeito
> que esta ja passa no "prove" [1] mas como nao tenho muita pratica com
> modulos e sempre bom perguntar.
>
> Abracos,
> Samir
>
> [1] :
>
>   ~/code/Condor--Queue--Parser $ prove -l t/01_basic.pl
> t/01_basic.pl .. ok
> All tests successful.
> Files=1, Tests=9,  2 wallclock secs ( 0.03 usr  0.00 sys +  1.27 cusr
> 0.03 csys =  1.33 CPU)
> Result: PASS
>
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From samircurys em gmail.com  Mon Feb 24 00:16:05 2014
From: samircurys em gmail.com (Samir Cury)
Date: Mon, 24 Feb 2014 00:16:05 -0800
Subject: [Rio-pm] Variavel - caminho padrao para diretorios de testes
In-Reply-To: <CANgJoACZ9mX9H9bJL2VFw0VAgXhZPad5YSKwLnrbdDQgo+r9Dg@mail.gmail.com>
References: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
	<CANgJoACZ9mX9H9bJL2VFw0VAgXhZPad5YSKwLnrbdDQgo+r9Dg@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAA8RMzxga9Od39PrAgHYFgdnf7KpWEa11T5Y9kfiWLgGAOrLGg@mail.gmail.com>

Valeu Stanislaw! Era o que estava antes, mas achei facil demais pra ser
verdade. Beleza entao.

extensao .t -- de fato, agora estou lembrado, mudando, obrigado!

Abs


2014-02-23 23:54 GMT-08:00 Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com>:

> Olá Samir!
> Não há necessidade de passar o "absolute path", os testes são sempre
> executados da raiz da sua distribuição:
>
> my @condor_q =  read_file( 't/input.txt' ) ; # isso é suficiente
>
> Uma nota: os testes em Perl tem extensão padrão .t, portanto, o nome do
> arquivo de testes ficaria mais consistente se fosse "01_basic.t".
> Abs
>
>
> 2014-02-24 7:58 GMT+01:00 Samir Cury <samircurys em gmail.com>:
>
>> E ai pessoal, faz um tempo que nao passo por aqui, mas felizmente estou
>> voltando a usar Perl no cotidiano e me livrando da ferrugem.
>>
>> Estava revisando um modulo que falta pouco para subir pro CPAN, e me
>> deparei com uma coisa que  nao me pareceu o melhor jeito de se fazer :
>>
>>
>> https://github.com/samircury/HTCondor--Queue--Parser/blob/master/t/01_basic.pl#L11
>>
>> Penso isso pois uma vez enquanto escrevia testes em Python me falaram de
>> uma variavel que referenciava o diretorio de testes. Imaginei que pudesse
>> existir um equivalente em Perl mas minhas buscas nao retornaram nada
>> especifico.
>>
>> Achei interessante perguntar aqui na lista se conhecem algum jeito
>> melhor. De repente esta na ponta da lingua de quem escreve modulos direto.
>> Do jeito que esta ja passa no "prove" [1] mas como nao tenho muita pratica
>> com modulos e sempre bom perguntar.
>>
>> Abracos,
>> Samir
>>
>> [1] :
>>
>>   ~/code/Condor--Queue--Parser $ prove -l t/01_basic.pl
>> t/01_basic.pl .. ok
>> All tests successful.
>> Files=1, Tests=9,  2 wallclock secs ( 0.03 usr  0.00 sys +  1.27 cusr
>> 0.03 csys =  1.33 CPU)
>> Result: PASS
>>
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From tiago.peczenyj em gmail.com  Mon Feb 24 01:19:17 2014
From: tiago.peczenyj em gmail.com (Tiago Peczenyj)
Date: Mon, 24 Feb 2014 06:19:17 -0300
Subject: [Rio-pm] Variavel - caminho padrao para diretorios de testes
In-Reply-To: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
References: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAB_CdjztKq0Sjc1eFYz75fEtU3ZwFs-1sm2X1VRy8y8rcpKeTQ@mail.gmail.com>

FindBin?
Em 24/02/2014 03:58, "Samir Cury" <samircurys em gmail.com> escreveu:

> E ai pessoal, faz um tempo que nao passo por aqui, mas felizmente estou
> voltando a usar Perl no cotidiano e me livrando da ferrugem.
>
> Estava revisando um modulo que falta pouco para subir pro CPAN, e me
> deparei com uma coisa que  nao me pareceu o melhor jeito de se fazer :
>
>
> https://github.com/samircury/HTCondor--Queue--Parser/blob/master/t/01_basic.pl#L11
>
> Penso isso pois uma vez enquanto escrevia testes em Python me falaram de
> uma variavel que referenciava o diretorio de testes. Imaginei que pudesse
> existir um equivalente em Perl mas minhas buscas nao retornaram nada
> especifico.
>
> Achei interessante perguntar aqui na lista se conhecem algum jeito melhor.
> De repente esta na ponta da lingua de quem escreve modulos direto. Do jeito
> que esta ja passa no "prove" [1] mas como nao tenho muita pratica com
> modulos e sempre bom perguntar.
>
> Abracos,
> Samir
>
> [1] :
>
>   ~/code/Condor--Queue--Parser $ prove -l t/01_basic.pl
> t/01_basic.pl .. ok
> All tests successful.
> Files=1, Tests=9,  2 wallclock secs ( 0.03 usr  0.00 sys +  1.27 cusr
> 0.03 csys =  1.33 CPU)
> Result: PASS
>
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From blabos em gmail.com  Mon Feb 24 01:24:47 2014
From: blabos em gmail.com (Blabos de Blebe)
Date: Mon, 24 Feb 2014 06:24:47 -0300
Subject: [Rio-pm] Variavel - caminho padrao para diretorios de testes
In-Reply-To: <CAB_CdjztKq0Sjc1eFYz75fEtU3ZwFs-1sm2X1VRy8y8rcpKeTQ@mail.gmail.com>
References: <CAA8RMzzwRLGbQFfTyD_J=k+nhRut7P6uV69oN4-YcM7zOgcUag@mail.gmail.com>
	<CAB_CdjztKq0Sjc1eFYz75fEtU3ZwFs-1sm2X1VRy8y8rcpKeTQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAxpsiZSg6DhfwvQA-0SqJHhBX4N6=zZHpQtFmp-SXeyv-YO8Q@mail.gmail.com>

Acredito que o que você precisa é o que o Stan já falou, algo como:

my @condor_q = read_file( './t/input.txt' );

ou até mesmo:

my @condor_q = read_file( 't/input.txt' );

O uso do FindBin pode ser meio cheio de truques, se você utilizar vários
níveis de sub diretórios.

[]'s



2014-02-24 6:19 GMT-03:00 Tiago Peczenyj <tiago.peczenyj em gmail.com>:

> FindBin?
> Em 24/02/2014 03:58, "Samir Cury" <samircurys em gmail.com> escreveu:
>
>>  E ai pessoal, faz um tempo que nao passo por aqui, mas felizmente estou
>> voltando a usar Perl no cotidiano e me livrando da ferrugem.
>>
>> Estava revisando um modulo que falta pouco para subir pro CPAN, e me
>> deparei com uma coisa que  nao me pareceu o melhor jeito de se fazer :
>>
>>
>> https://github.com/samircury/HTCondor--Queue--Parser/blob/master/t/01_basic.pl#L11
>>
>> Penso isso pois uma vez enquanto escrevia testes em Python me falaram de
>> uma variavel que referenciava o diretorio de testes. Imaginei que pudesse
>> existir um equivalente em Perl mas minhas buscas nao retornaram nada
>> especifico.
>>
>> Achei interessante perguntar aqui na lista se conhecem algum jeito
>> melhor. De repente esta na ponta da lingua de quem escreve modulos direto.
>> Do jeito que esta ja passa no "prove" [1] mas como nao tenho muita pratica
>> com modulos e sempre bom perguntar.
>>
>> Abracos,
>> Samir
>>
>> [1] :
>>
>>   ~/code/Condor--Queue--Parser $ prove -l t/01_basic.pl
>> t/01_basic.pl .. ok
>> All tests successful.
>> Files=1, Tests=9,  2 wallclock secs ( 0.03 usr  0.00 sys +  1.27 cusr
>> 0.03 csys =  1.33 CPU)
>> Result: PASS
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From guedes_1000 em hotmail.com  Sun Mar  2 19:26:31 2014
From: guedes_1000 em hotmail.com (Aureliano Guedes)
Date: Mon, 3 Mar 2014 00:26:31 -0300
Subject: [Rio-pm] [Curiosidade] Perl no smartphone
Message-ID: <BLU403-EAS195574E0CF27E5EBD966514948F0@phx.gbl>

Ola monges,

So uma curiosidade.
Alguem conhece ou ja viu algum metodo, projeto ou mesmo algum grupo que tenha apenas a vontade de rodar perl em smartphone, seja android windows phone ou iOS?

T+

From renato.cron em gmail.com  Sun Mar  2 22:03:38 2014
From: renato.cron em gmail.com (Renato Santos)
Date: Mon, 3 Mar 2014 03:03:38 -0300
Subject: [Rio-pm] [Curiosidade] Perl no smartphone
In-Reply-To: <BLU403-EAS195574E0CF27E5EBD966514948F0@phx.gbl>
References: <BLU403-EAS195574E0CF27E5EBD966514948F0@phx.gbl>
Message-ID: <CABmdQ_T-eNyG2+kTuaKJ=gEHfS25WaRkqA_XM8Cf4mhWQ2EV5A@mail.gmail.com>

Rodar Perl é relativamente simples, difícil é criar uma app.

Dado que o Perl tem poucas dependências, você precisa ter um compilar C no
smartphone e paciência.

Acho que Tinha um grupo, uns 3 anos atrás, no Android 1.5 (sim, já existiu)
que rodavam Perl. Mas não sabe mais disso!
On Mar 3, 2014 12:26 AM, "Aureliano Guedes" <guedes_1000 em hotmail.com> wrote:

> Ola monges,
>
> So uma curiosidade.
> Alguem conhece ou ja viu algum metodo, projeto ou mesmo algum grupo que
> tenha apenas a vontade de rodar perl em smartphone, seja android windows
> phone ou iOS?
>
> T+
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URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20140303/269d6ae4/attachment.html>

From creaktive em gmail.com  Sun Mar  2 22:55:02 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Mon, 3 Mar 2014 07:55:02 +0100
Subject: [Rio-pm] [Curiosidade] Perl no smartphone
In-Reply-To: <CABmdQ_T-eNyG2+kTuaKJ=gEHfS25WaRkqA_XM8Cf4mhWQ2EV5A@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS195574E0CF27E5EBD966514948F0@phx.gbl>
	<CABmdQ_T-eNyG2+kTuaKJ=gEHfS25WaRkqA_XM8Cf4mhWQ2EV5A@mail.gmail.com>
Message-ID: <CANgJoABd07ccKcirwQ=ZpNhUsAgBezm1HGLdqW_cFk36BEMzSg@mail.gmail.com>

Para iOS, temos o PerlMotion: https://github.com/goccy/perl-motion
Não é exatamente Perl, mas permite escrever apps num subset te Perl.
Por outro lado, instalar Perl "normal" num iOS c/jailbreak é dois palito:
http://iphonesdkdev.blogspot.nl/2014/01/how-to-install-perl-theos-and-llvm.html


2014-03-03 7:03 GMT+01:00 Renato Santos <renato.cron em gmail.com>:

> Rodar Perl é relativamente simples, difícil é criar uma app.
>
> Dado que o Perl tem poucas dependências, você precisa ter um compilar C no
> smartphone e paciência.
>
> Acho que Tinha um grupo, uns 3 anos atrás, no Android 1.5 (sim, já
> existiu) que rodavam Perl. Mas não sabe mais disso!
> On Mar 3, 2014 12:26 AM, "Aureliano Guedes" <guedes_1000 em hotmail.com>
> wrote:
>
>> Ola monges,
>>
>> So uma curiosidade.
>> Alguem conhece ou ja viu algum metodo, projeto ou mesmo algum grupo que
>> tenha apenas a vontade de rodar perl em smartphone, seja android windows
>> phone ou iOS?
>>
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From oscarbm em gmail.com  Sun Mar  2 23:47:33 2014
From: oscarbm em gmail.com (Oscar Marques)
Date: Mon, 3 Mar 2014 04:47:33 -0300
Subject: [Rio-pm] [Curiosidade] Perl no smartphone
In-Reply-To: <CANgJoABd07ccKcirwQ=ZpNhUsAgBezm1HGLdqW_cFk36BEMzSg@mail.gmail.com>
References: <BLU403-EAS195574E0CF27E5EBD966514948F0@phx.gbl>
	<CABmdQ_T-eNyG2+kTuaKJ=gEHfS25WaRkqA_XM8Cf4mhWQ2EV5A@mail.gmail.com>
	<CANgJoABd07ccKcirwQ=ZpNhUsAgBezm1HGLdqW_cFk36BEMzSg@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAF2NWbbENZ8WTF-jc5_HPKC9CD+Smmze7A4QN7aYuzW_3kwYMQ@mail.gmail.com>

http://code.google.com/p/android-scripting/

Eu rodo perl no Android.
Veja ae.


Em 3 de março de 2014 03:55, Stanislaw Pusep <creaktive em gmail.com> escreveu:

> Para iOS, temos o PerlMotion: https://github.com/goccy/perl-motion
> Não é exatamente Perl, mas permite escrever apps num subset te Perl.
> Por outro lado, instalar Perl "normal" num iOS c/jailbreak é dois palito:
> http://iphonesdkdev.blogspot.nl/2014/01/how-to-install-perl-theos-and-llvm.html
>
>
> 2014-03-03 7:03 GMT+01:00 Renato Santos <renato.cron em gmail.com>:
>
>  Rodar Perl é relativamente simples, difícil é criar uma app.
>>
>> Dado que o Perl tem poucas dependências, você precisa ter um compilar C
>> no smartphone e paciência.
>>
>> Acho que Tinha um grupo, uns 3 anos atrás, no Android 1.5 (sim, já
>> existiu) que rodavam Perl. Mas não sabe mais disso!
>> On Mar 3, 2014 12:26 AM, "Aureliano Guedes" <guedes_1000 em hotmail.com>
>> wrote:
>>
>>> Ola monges,
>>>
>>> So uma curiosidade.
>>> Alguem conhece ou ja viu algum metodo, projeto ou mesmo algum grupo que
>>> tenha apenas a vontade de rodar perl em smartphone, seja android windows
>>> phone ou iOS?
>>>
>>> T+
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>>> Rio-pm em pm.org
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Oscar Marques
oscarbm em gmail.com
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From manoel.domingues.junior em gmail.com  Wed Mar  5 08:05:00 2014
From: manoel.domingues.junior em gmail.com (Manoel Domingues Junior)
Date: Wed, 5 Mar 2014 13:05:00 -0300
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Recomenda=E7=E3o_de_modulos_para_Log?=
Message-ID: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>

Olá pessoal,

Estou fazendo uns scripts(na verdade é uma API com Mojolicious::Lite) aqui
e implementei uma função de log usando um conjunto de Net::Syslog com
Sys::Syslog para fazer o log do script.

https://gist.github.com/mdjunior/9369937

sub log_wrapper {

    my $log = shift;
    my $priority = shift;

    if ( ! defined $priority ) {
	$priority = 'debug';
    }

    if ( $ENV{APP_LOG} eq 'LOCAL' ) {
        openlog( $ENV{APP_NAME}, 'ndelay,pid', 'LOG_DAEMON' );
        syslog( $priority, $log );
        closelog();
    } elsif ($ENV{APP_LOG} eq 'NET') {
        my $log_net = Net::Syslog->new(
                                Name => $ENV{APP_NAME},
                                Facility => 'local7',
                                Priority => $priority,
                                SyslogPort => $ENV{APP_SYSLOG_PORT},
                                SyslogHost => $ENV{APP_SYSLOG_HOST},
                                );
        $log_net->send($log);
    }
    return;
}

Pesquisando na internet vi que muita gente comenta sobre o Log::Log4perl e
o Log::Any mas não sei bem qual desses (ou outros) é o ideal ou o padrão de
uso.

No caso, toda a configuração do meu script fica em variáveis de ambiente. O
script possui uma trilha de auditoria que é feita usando os logs, logo ele
gera eventos em grande quantidade em diferentes níveis (debug, info e
error).

Alguma recomendação?

Abraços,
-- 
--
Manoel Domingues Junior
"Coletar dados é o primeiro passo para a sabedoria, mas compartilhar dados
é o primeiro passo para a comunidade."
IBM - Prodigy Linux
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From creaktive em gmail.com  Wed Mar  5 08:35:35 2014
From: creaktive em gmail.com (Stanislaw Pusep)
Date: Wed, 5 Mar 2014 17:35:35 +0100
Subject: [Rio-pm] =?utf-8?q?Recomenda=C3=A7=C3=A3o_de_modulos_para_Log?=
In-Reply-To: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
References: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
Message-ID: <CANgJoADrcakCPqdrKKkGLWEZhXzOo15usFTg8sCV4xZ-bzSSaA@mail.gmail.com>

http://mojolicio.us/perldoc/Mojo/Log

?????, 5 ????? 2014 ?. ???????????? Manoel Domingues Junior ???????:

> Olá pessoal,
>
> Estou fazendo uns scripts(na verdade é uma API com Mojolicious::Lite) aqui
> e implementei uma função de log usando um conjunto de Net::Syslog com
> Sys::Syslog para fazer o log do script.
>
> https://gist.github.com/mdjunior/9369937
>
> sub log_wrapper {
>
>
>     my $log = shift;
>
>     my $priority = shift;
>
>
>     if ( ! defined $priority ) {
>
> 	$priority = 'debug';
>
>     }
>
>     if ( $ENV{APP_LOG} eq 'LOCAL' ) {
>
>         openlog( $ENV{APP_NAME}, 'ndelay,pid', 'LOG_DAEMON' );
>
>         syslog( $priority, $log );
>
>         closelog();
>     } elsif ($ENV{APP_LOG} eq 'NET') {
>
>         my $log_net = Net::Syslog->new(
>
>                                 Name => $ENV{APP_NAME},
>
>                                 Facility => 'local7',
>
>                                 Priority => $priority,
>
>                                 SyslogPort => $ENV{APP_SYSLOG_PORT},
>
>                                 SyslogHost => $ENV{APP_SYSLOG_HOST},
>
>                                 );
>         $log_net->send($log);
>
>     }
>     return;
>
> }
>
> Pesquisando na internet vi que muita gente comenta sobre o Log::Log4perl e
> o Log::Any mas não sei bem qual desses (ou outros) é o ideal ou o padrão de
> uso.
>
> No caso, toda a configuração do meu script fica em variáveis de ambiente.
> O script possui uma trilha de auditoria que é feita usando os logs, logo
> ele gera eventos em grande quantidade em diferentes níveis (debug, info e
> error).
>
> Alguma recomendação?
>
> Abraços,
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> é o primeiro passo para a comunidade."
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From shonorio em gmail.com  Wed Mar  5 08:48:46 2014
From: shonorio em gmail.com (Solli Honorio)
Date: Wed, 5 Mar 2014 13:48:46 -0300
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Recomenda=E7=E3o_de_modulos_para_Log?=
In-Reply-To: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
References: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>

Manoel,

Eu utilizo o Log4Perl e gosto dele por ser independente e permitir expandir
a saida para quase tudo que existe hj, e se não existir é só fazer um
plugin.

Não recomendo fazer um sistema de log proprietário .

Se eu não estiver enganado, o Log::Any é uma interface/bind para vários
tipos de Log.

Solli Honorio



Em 5 de março de 2014 13:05, Manoel Domingues Junior <
manoel.domingues.junior em gmail.com> escreveu:

> Olá pessoal,
>
> Estou fazendo uns scripts(na verdade é uma API com Mojolicious::Lite) aqui
> e implementei uma função de log usando um conjunto de Net::Syslog com
> Sys::Syslog para fazer o log do script.
>
> https://gist.github.com/mdjunior/9369937
>
>
> sub log_wrapper {
>
>
>     my $log = shift;
>
>     my $priority = shift;
>
>
>     if ( ! defined $priority ) {
>
>
> 	$priority = 'debug';
>
>     }
>
>     if ( $ENV{APP_LOG} eq 'LOCAL' ) {
>
>
>         openlog( $ENV{APP_NAME}, 'ndelay,pid', 'LOG_DAEMON' );
>
>
>         syslog( $priority, $log );
>
>         closelog();
>     } elsif ($ENV{APP_LOG} eq 'NET') {
>
>
>         my $log_net = Net::Syslog->new(
>
>
>                                 Name => $ENV{APP_NAME},
>
>
>                                 Facility => 'local7',
>
>                                 Priority => $priority,
>
>                                 SyslogPort => $ENV{APP_SYSLOG_PORT},
>
>
>                                 SyslogHost => $ENV{APP_SYSLOG_HOST},
>
>
>                                 );
>         $log_net->send($log);
>
>
>     }
>     return;
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From oainikusama em gmail.com  Wed Mar  5 17:13:14 2014
From: oainikusama em gmail.com (breno)
Date: Wed, 5 Mar 2014 20:13:14 -0500
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Recomenda=E7=E3o_de_modulos_para_Log?=
In-Reply-To: <CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>
References: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
	<CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CAHS-WQbwd4Xni5jJDkEfUqavQC9dLde6VxgT0ZeQ=YyZy2O0BQ@mail.gmail.com>

Manoel,

também recomendo o Log4perl, e para apps Mojolicious vc pode usar o
https://metacpan.org/pod/MojoX::Log::Log4perl =]

[]s

-b

2014-03-05 11:48 GMT-05:00 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>:
> Manoel,
>
> Eu utilizo o Log4Perl e gosto dele por ser independente e permitir expandir
> a saida para quase tudo que existe hj, e se não existir é só fazer um
> plugin.
>
> Não recomendo fazer um sistema de log proprietário .
>
> Se eu não estiver enganado, o Log::Any é uma interface/bind para vários
> tipos de Log.
>
> Solli Honorio
>
>
>
> Em 5 de março de 2014 13:05, Manoel Domingues Junior
> <manoel.domingues.junior em gmail.com> escreveu:
>>
>> Olá pessoal,
>>
>> Estou fazendo uns scripts(na verdade é uma API com Mojolicious::Lite) aqui
>> e implementei uma função de log usando um conjunto de Net::Syslog com
>> Sys::Syslog para fazer o log do script.
>>
>> https://gist.github.com/mdjunior/9369937
>>
>>
>>
>> sub log_wrapper {
>>
>>     my $log = shift;
>>
>>     my $priority = shift;
>>
>>
>>     if ( ! defined $priority ) {
>>
>>
>>
>> 	$priority = 'debug';
>>
>>     }
>>
>>     if ( $ENV{APP_LOG} eq 'LOCAL' ) {
>>
>>
>>
>>         openlog( $ENV{APP_NAME}, 'ndelay,pid', 'LOG_DAEMON' );
>>
>>
>>
>>         syslog( $priority, $log );
>>
>>         closelog();
>>     } elsif ($ENV{APP_LOG} eq 'NET') {
>>
>>
>>
>>         my $log_net = Net::Syslog->new(
>>
>>
>>
>>                                 Name => $ENV{APP_NAME},
>>
>>
>>
>>                                 Facility => 'local7',
>>
>>                                 Priority => $priority,
>>
>>                                 SyslogPort => $ENV{APP_SYSLOG_PORT},
>>
>>
>>
>>                                 SyslogHost => $ENV{APP_SYSLOG_HOST},
>>
>>
>>
>>                                 );
>>         $log_net->send($log);
>>
>>
>>
>>     }
>>     return;
>>
>> }
>>
>> Pesquisando na internet vi que muita gente comenta sobre o Log::Log4perl e
>> o Log::Any mas não sei bem qual desses (ou outros) é o ideal ou o padrão de
>> uso.
>>
>> No caso, toda a configuração do meu script fica em variáveis de ambiente.
>> O script possui uma trilha de auditoria que é feita usando os logs, logo ele
>> gera eventos em grande quantidade em diferentes níveis (debug, info e
>> error).
>>
>> Alguma recomendação?
>>
>> Abraços,
>> --
>> --
>> Manoel Domingues Junior
>> "Coletar dados é o primeiro passo para a sabedoria, mas compartilhar dados
>> é o primeiro passo para a comunidade."
>> IBM - Prodigy Linux
>>
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From andregarciacarneiro em gmail.com  Fri Mar  7 07:18:27 2014
From: andregarciacarneiro em gmail.com (Andre Carneiro)
Date: Fri, 7 Mar 2014 12:18:27 -0300
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Recomenda=E7=E3o_de_modulos_para_Log?=
In-Reply-To: <CAHS-WQbwd4Xni5jJDkEfUqavQC9dLde6VxgT0ZeQ=YyZy2O0BQ@mail.gmail.com>
References: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
	<CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>
	<CAHS-WQbwd4Xni5jJDkEfUqavQC9dLde6VxgT0ZeQ=YyZy2O0BQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <CABoU2P0-qr4-RLTtvTZ-rZbktBz5-7sxitkuau6eizQ4Y9C6Xw@mail.gmail.com>

Log4perl ainda é a melhor opção.


2014-03-05 22:13 GMT-03:00 breno <oainikusama em gmail.com>:

> Manoel,
>
> também recomendo o Log4perl, e para apps Mojolicious vc pode usar o
> https://metacpan.org/pod/MojoX::Log::Log4perl =]
>
> []s
>
> -b
>
> 2014-03-05 11:48 GMT-05:00 Solli Honorio <shonorio em gmail.com>:
> > Manoel,
> >
> > Eu utilizo o Log4Perl e gosto dele por ser independente e permitir
> expandir
> > a saida para quase tudo que existe hj, e se não existir é só fazer um
> > plugin.
> >
> > Não recomendo fazer um sistema de log proprietário .
> >
> > Se eu não estiver enganado, o Log::Any é uma interface/bind para vários
> > tipos de Log.
> >
> > Solli Honorio
> >
> >
> >
> > Em 5 de março de 2014 13:05, Manoel Domingues Junior
> > <manoel.domingues.junior em gmail.com> escreveu:
> >>
> >> Olá pessoal,
> >>
> >> Estou fazendo uns scripts(na verdade é uma API com Mojolicious::Lite)
> aqui
> >> e implementei uma função de log usando um conjunto de Net::Syslog com
> >> Sys::Syslog para fazer o log do script.
> >>
> >> https://gist.github.com/mdjunior/9369937
> >>
> >>
> >>
> >> sub log_wrapper {
> >>
> >>     my $log = shift;
> >>
> >>     my $priority = shift;
> >>
> >>
> >>     if ( ! defined $priority ) {
> >>
> >>
> >>
> >>      $priority = 'debug';
> >>
> >>     }
> >>
> >>     if ( $ENV{APP_LOG} eq 'LOCAL' ) {
> >>
> >>
> >>
> >>         openlog( $ENV{APP_NAME}, 'ndelay,pid', 'LOG_DAEMON' );
> >>
> >>
> >>
> >>         syslog( $priority, $log );
> >>
> >>         closelog();
> >>     } elsif ($ENV{APP_LOG} eq 'NET') {
> >>
> >>
> >>
> >>         my $log_net = Net::Syslog->new(
> >>
> >>
> >>
> >>                                 Name => $ENV{APP_NAME},
> >>
> >>
> >>
> >>                                 Facility => 'local7',
> >>
> >>                                 Priority => $priority,
> >>
> >>                                 SyslogPort => $ENV{APP_SYSLOG_PORT},
> >>
> >>
> >>
> >>                                 SyslogHost => $ENV{APP_SYSLOG_HOST},
> >>
> >>
> >>
> >>                                 );
> >>         $log_net->send($log);
> >>
> >>
> >>
> >>     }
> >>     return;
> >>
> >> }
> >>
> >> Pesquisando na internet vi que muita gente comenta sobre o
> Log::Log4perl e
> >> o Log::Any mas não sei bem qual desses (ou outros) é o ideal ou o
> padrão de
> >> uso.
> >>
> >> No caso, toda a configuração do meu script fica em variáveis de
> ambiente.
> >> O script possui uma trilha de auditoria que é feita usando os logs,
> logo ele
> >> gera eventos em grande quantidade em diferentes níveis (debug, info e
> >> error).
> >>
> >> Alguma recomendação?
> >>
> >> Abraços,
> >> --
> >> --
> >> Manoel Domingues Junior
> >> "Coletar dados é o primeiro passo para a sabedoria, mas compartilhar
> dados
> >> é o primeiro passo para a comunidade."
> >> IBM - Prodigy Linux
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André Garcia Carneiro
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From wallace em reis.me  Fri Mar  7 08:59:33 2014
From: wallace em reis.me (Wallace Reis)
Date: Fri, 07 Mar 2014 13:59:33 -0300
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Recomenda=E7=E3o_de_modulos_para_Log?=
In-Reply-To: <CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>
References: <CAGLXH2P0oRnAvpy2cW2B2jpT-QJGuM+tcKcUmS_+mJGY+CM2ng@mail.gmail.com>
	<CAAetMDGOKy5SwgiE8m4vSCEB+8RBVrB=w5E5_0eyhJaNG2_SOQ@mail.gmail.com>
Message-ID: <5319FAF5.5040707@reis.me>

On 05/03/14, 1:48 PM, Solli Honorio wrote:
> Se eu não estiver enganado, o Log::Any é uma interface/bind para vários
> tipos de Log.

Tem o Log::Contextual também.

Ab,

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wallace em reis.me
http://wallace.reis.me

From jimmy.tty em gmail.com  Tue Mar 18 06:45:38 2014
From: jimmy.tty em gmail.com (jimmy)
Date: Tue, 18 Mar 2014 10:45:38 -0300
Subject: [Rio-pm] Arquivos .dbc do DataSUS
In-Reply-To: <CAAxpsiZ6AHQYBuSotpkZogkd=_99MCjfFhGSFRgN18cZ-sOWUg@mail.gmail.com>
References: <CAAxpsiZ6AHQYBuSotpkZogkd=_99MCjfFhGSFRgN18cZ-sOWUg@mail.gmail.com>
Message-ID: <20140318134538.GB2377@textmode>

Saudações Blabos,

On Fri, Feb 21, 2014 at 12:15:10PM -0300, Blabos de Blebe wrote:
> Pessoal,
>
> Descupem pelo cross-post,  mas eu to precisando  debulhar uns arquivos
> D.dbc do ataSUS.
>
> Até onde eu  entendi, esse é um formato compactado  de arquivos .dbf e
> embora dê pra abrir com os  módulos de acesso a DBF padrão, obviamente
> os dados saem cagados.
>
> Eles     podem     ser     convertidos     para     .dbf     com     o
> tabwin(ftp://ftp.datasus.gov.br/tabwin/tabwin/tab36b.zip).
>
> Uma  vez  obtidos os  arquivos  .dbf,  cpan é  meu  amigo  e a  mágica
> acontece.
>
> Minha dúvida é:  Vocês conhecem alguma forma de  manipular os arquivos
> .dbc sem  que eu precise usar  um windows e um  programa com interface
> gráfica só pra descompactá-los?
>
> []'s

Acho que  você já resolveu o  problema, de qualquer forma,  procurei por
arquivos dbc  no datasus para  analisar e tentar encontrar  alguma coisa
que lhe  ajudasse e, nas buscas,  encontrei mais gente que  vem brigando
com esses dados. No link:

https://github.com/vidageek/blog/blob/master/dados/datasus.markdown 

eu li  uma história de  "aflição e martírio"  sobre como tentar  usar os
arquivos do datatus.

-- 
"Não manejo bem as palavras
Mas manipulo bem as strings."
------------------------------
http://tecnoveneno.blogspot.com

From cartas em frederico.me  Mon Mar 24 05:33:40 2014
From: cartas em frederico.me (Frederico Recsky)
Date: Mon, 24 Mar 2014 09:33:40 -0300
Subject: [Rio-pm] =?iso-8859-1?q?Taubat=E9_Perl_Workshop?=
Message-ID: <CAMWwLXVueg=OJS7+dnK1M0k3LVfcrM8SrcBTst5V+bEg2zYyfQ@mail.gmail.com>

Olá.

Dia 24 de maio vamos fazer um Perl workshop em Taubaté. Na Universidade
local. A ideia é fazer um workshop no Vale do Paraiba, fora dos centros
comuns.

http://perl.taubate.me/

Estamos também recebendo propostas de palestras, não tem um tema especifico
e todos assuntos são bem vindos.

Taubaté é uma cidade amigavel, fica a 4h de carro do Rio de Janeiro e 1
hora de Ubatuba :P.

[]'s

Frederico
-------------- Próxima Parte ----------
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