[Rio-pm] Perl é genuinamente uma linguagem de script ou híbrida?

Aureliano Guedes guedes_1000 em hotmail.com
Sábado Fevereiro 18 05:56:43 PST 2012


Bem, sou da biomedicina, trabalho atualmente com pesquisa em genética de RNA's satelites e atualmente em silico.
Eu vejo sim um compartillhamento de dados, poucos são os casos que vejo uma certa ignorancia ao compartilhar!
Eu mesmo estarei compartilhando meus programas quando publicar meu trabalho!
Mas cada um com seu motivo.
Mas parece que tem uma galera de Ribeirão Preto aqui??
Faremos contato em breve, hahaha!

From: dsth em cantab.net
Date: Sat, 18 Feb 2012 12:03:39 +0000
To: rio-pm em pm.org
Subject: Re: [Rio-pm]	Perl é genuinamente uma linguagem de script ou híbrida?

oi cleysinho,

nao exatamente. nao sei se phred/phrap eh um bom exemplo hoje em dia - quer dizer nao lembro-me a ultima vez que alguem eu trabalho com fez sanger sequencing e teve trace data (mas suponho que ainda seja usado pra low-medium throughput? - hoje em dia so faco high-throughput). 



eles disponilibizam source code e.g. da pagina de phred "We distribute phred as 'C' source code: in order to run it you need a 'C' compiler." e "We distribute phrap/cross_match/swat as 'C' source code: in order to run them you need a 'C' compiler.". a diferenca eh que eles so fazem diretamente pra pessoas depois de registrar com eles. suponho isso eh pq a licensa eles usam nao eh gratis pra empresas e pra tentar evitar empresas usa-lo sem registrar eles nao simplesmente deixam o source num public ftp - mas eh gratis pra acedemicos (isto nao nao eh tao raro e.g. RepBase eh muito bem usado e tem uma politia semelhante).



um abraco,

dan.

Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
-------------------------------------------------------------------------------------
dsth em cantab.net


dsth em cpan.org



2012/2/18 Cleysinho <cleysinhonv em gmail.com>


Oi Daniel,

Eu acredito que existem pessoas e pessoas. Eu participei de curso de inverno de Bioinformática em Ribeirão Preto, senti que eles são extremamente sérios com estas questões e são um dos maiores incentivadores de estudantes de graduação a entrarem na área. O belo trabalho in silico é bem ajustado com os trabalhos de bancada. Resumindo eles são sérios com estas questões.




Por outro lado veja o programa Phred, Phrap eles são extremamente usados na bioinformática e até hoje eles não liberaram o código fonte, sempre que precisar você precisa mandar um email para o cara que desenvolveu para ele liberar o arquivo já compilado, o pior é que estou falando do programa amais usado. Programas para detectar regiões de microsateliite mais usados não disponibilizam o código.





Tem outros centro computacionais importantes no Brasil que publicaram um sistema de anotação de genoma na Bioinformatics e vendem o serviços de anotação.

É a realidade que vivemos hoje no que se diz computação científica. 




2012/2/18 Ole Peter Smith <ole.ufg em gmail.com>



uma coisa e dados, outro e codigo. Tem que compartilhar e o codigo mesmo!!!! Caso nao, como ser conhecimeto livre???
No minimo, os algoritmos de pseudocodigo...
Acho muito bacana esta discussao, que eu vejo em nemhuma outra lista!




0le

2012/2/17 Daniel Hughes <dsth em cantab.net>





Veja bem, isso é polêmico mas... uma vez que vc teve a ideia e vc implementou isso é "seu". Dependendo do seu grau de instrução no assunto vc pode querer ter a ideia para si ou dividir com o mundo. Felizmente o mundo perl gira em torno do CPAN então nós somos incentivados a dividir nossos codigos com a comunidade mas um cara q cresceu no mundo da biologia, por exemplo, pode não entender os beneficios disso. Ou seja, querer evitar que o codigo fonte seja divulgado pode ser um problema cultural onde se acredita que isso é o certo a se fazer, ou pode ser um desejo expresso do cara que mesmo compreendendo as inumeras vantagens insiste em ter tudo para si.









desculpa, mas fiz meu doutorado em biologia molecular e nao to reconhecendo nada disso. em realidade em biologia tem ainda mais incentivo pra compartilhar dados pq nao pode publicar sem fazer isso. enquanto algumas pessoas talvez demorem um pouco pra assegurar que eles estão os primeiros em geral isso eh em termos de meses no maximo. tanto nos laboratórios quanto em bioinformatica os únicos dados e códigos escondidos sao do setor particular e nao academico.







dan.

Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
-------------------------------------------------------------------------------------
dsth em cantab.net






dsth em cpan.org




_______________________________________________

Rio-pm mailing list

Rio-pm em pm.org

http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm


-- 
                                            /////




                                         ( O O )
=================oOO==(_)==OOo=================            Every day and every hour, I'm Learning more          The more I Learn, the less I Know about before



         The Less I know, the more I want to Look around             Diggin' deeper into Higher Ground...  UB40                                .oooO   Oooo.
==================(     )=(     )=====================




                                     \  (     )  /
                                      \_)   (_/
===============================================
                        Ole Peter Smith, IME, UFG
    http://www.mat.ufg.br/docentes/olepeter - ole at mat.ufg.br




===============================================
                   Life sure is a Mystery to be Lived
                      Not a Problem to be Solved
===============================================



_______________________________________________

Rio-pm mailing list

Rio-pm em pm.org

http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm


-- 






.: Inteligência Coletiva :.Uma
 inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial. 
Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na 
humanidade’. (Pierre Lévy)
www.cleysinho.blogspot.com
www.bioinfopop.ufv.br






_______________________________________________

Rio-pm mailing list

Rio-pm em pm.org

http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm



_______________________________________________
Rio-pm mailing list
Rio-pm em pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm 		 	   		  
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://mail.pm.org/pipermail/rio-pm/attachments/20120218/cc05e297/attachment.html>


Mais detalhes sobre a lista de discussão Rio-pm