[Rio-pm] Perl é genuinamente uma linguagem de script ou híbrida?

Sábado Fevereiro 18 04:03:39 PST 2012

oi cleysinho,

nao exatamente. nao sei se phred/phrap eh um bom exemplo hoje em dia - quer
dizer nao lembro-me a ultima vez que alguem eu trabalho com fez sanger
sequencing e teve trace data (mas suponho que ainda seja usado pra
low-medium throughput? - hoje em dia so faco high-throughput).

eles disponilibizam source code e.g. da pagina de phred "We distribute
phred as 'C' source code: in order to run it you need a 'C' compiler." e "We
distribute phrap/cross_match/swat as 'C' source code: in order to run them
you need a 'C' compiler.". a diferenca eh que eles so fazem diretamente pra
pessoas depois de registrar com eles. suponho isso eh pq a licensa eles
usam nao eh gratis pra empresas e pra tentar evitar empresas usa-lo sem
registrar eles nao simplesmente deixam o source num public ftp - mas eh
gratis pra acedemicos (isto nao nao eh tao raro e.g. RepBase eh muito bem
usado e tem uma politia semelhante).

um abraco,

dan.

Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
-------------------------------------------------------------------------------------
dsth em cantab.net
dsth em cpan.org

2012/2/18 Cleysinho <cleysinhonv em gmail.com>

> Oi Daniel,
>
> Eu acredito que existem pessoas e pessoas. Eu participei de curso de
> inverno de Bioinformática em Ribeirão Preto, senti que eles são
> extremamente sérios com estas questões e são um dos maiores incentivadores
> de estudantes de graduação a entrarem na área. O belo trabalho in silico é
> bem ajustado com os trabalhos de bancada. Resumindo eles são sérios com
> estas questões.
>
> Por outro lado veja o programa Phred, Phrap eles são extremamente usados
> na bioinformática e até hoje eles não liberaram o código fonte, sempre que
> precisar você precisa mandar um email para o cara que desenvolveu para ele
> liberar o arquivo já compilado, o pior é que estou falando do programa
> amais usado. Programas para detectar regiões de microsateliite mais usados
> não disponibilizam o código.
>
>
> Tem outros centro computacionais importantes no Brasil que publicaram um
> sistema de anotação de genoma na Bioinformatics e vendem o serviços de
> anotação.
>
> É a realidade que vivemos hoje no que se diz computação científica.
>
> 2012/2/18 Ole Peter Smith <ole.ufg em gmail.com>
>
>> uma coisa e dados, outro e codigo. Tem que compartilhar e o codigo
>> mesmo!!!! Caso nao, como ser conhecimeto livre???
>>
>> No minimo, os algoritmos de pseudocodigo...
>>
>> Acho muito bacana esta discussao, que eu vejo em nemhuma outra lista!
>>
>> 0le
>>
>> 2012/2/17 Daniel Hughes <dsth em cantab.net>
>>
>>>
>>> Veja bem, isso é polêmico mas... uma vez que vc teve a ideia e vc
>>>> implementou isso é "seu". Dependendo do seu grau de instrução no assunto vc
>>>> pode querer ter a ideia para si ou dividir com o mundo. Felizmente o mundo
>>>> perl gira em torno do CPAN então nós somos incentivados a dividir nossos
>>>> codigos com a comunidade mas um cara q cresceu no mundo da biologia, por
>>>> exemplo, pode não entender os beneficios disso. Ou seja, querer evitar que
>>>> o codigo fonte seja divulgado pode ser um problema cultural onde se
>>>> acredita que isso é o certo a se fazer, ou pode ser um desejo expresso do
>>>> cara que mesmo compreendendo as inumeras vantagens insiste em ter tudo para
>>>> si.
>>>>
>>>>
>>> desculpa, mas fiz meu doutorado em biologia molecular e nao to
>>> reconhecendo nada disso. em realidade em biologia tem ainda mais incentivo
>>> pra compartilhar dados pq nao pode publicar sem fazer isso. enquanto
>>> algumas pessoas talvez demorem um pouco pra assegurar que eles estão os
>>> primeiros em geral isso eh em termos de meses no maximo. tanto nos
>>> laboratórios quanto em bioinformatica os únicos dados e códigos escondidos
>>> sao do setor particular e nao academico.
>>>
>>>
>>> dan.
>>>
>>>
>>> Daniel S. T. Hughes M.Biochem (Hons; Oxford), Ph.D (Cambridge)
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