[Rio-pm] Como traduzir uma página HTML para XML

[Cleysinho]

O módulo é realmente poderoso.

Em 8 de fevereiro de 2012 08:42, Cleysinho <cleysinhonv em gmail.com> escreveu:

> Olá Wagner,
>
> Eu estou elaborando uma abordagem *in silico* por estudo de vias
> metabólicas. A dinâmica desse estudo me direciona para um passo anterior a
> esse com uma abordagem do BLAST no KEEG para que eu chegue ate a essa
> página por meio de um número de acesso (pte:PTT_17669<http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669>).
> O que na verdade preciso é chegar ao número de acesso da Ortologia K01899<http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01899>.
> Porém vi que lá possuem informações que podem ser importantes para traçar
> uma nova linha de estudo. Embora não sei se estas informaçẽos pode ser
> encontradas no NCBI, se elas estiverem lá seriam mais fáceis de adquiri-las
> usando o Bioperl, no qual uso em algumas funcionalidades do sistema. A
> opção pelo KEEG por aparecer em sua maioria nas novas publicações , mas
> confesso que conheço pouco do grande potencial do Bioperl.
>
> Por outro lado se você conhecer uma saída semelhante seria de ótimo.
>
> Abraços
>
>
> 2012/2/7 Wagner Arbex <arbex em arbex.pro.br>
>
>> Olá, Cleydson;
>>
>> Vc tem quer ler essa página do KEGG ou vc consegue essas infs da proteína
>> no NCBI? Minha pergunta é pq vc tem serviços - muitos, por sinal -
>> disponibilizados pelo NCBI que são facilmente acessados em Perl e que te
>> retornam "todas" as infs que vc precisa.  Amanhã posso te passar mais
>> dicas.
>>
>> Salvo engano, uma outra opção, como vc deve saber, é usar BioPerl. Esse
>> "treco" não é tão feio como parece :)
>>
>> []s e até mais.
>> --
>>    Wagner Arbex, DSc
>>    Bioinformatics, Modeling and Simulation
>>    http://www.arbex.pro.br/
>>
>>    Sent from my iPad
>>
>> On 07/02/2012, at 18:00, Cleysinho <cleysinhonv em gmail.com> wrote:
>>
>> Olá pessoal,
>>
>>
>> Estou com um desafio intessante que esta me custando algumas horas da
>> minha madrugada. Estou usando expressão regular para extrair resultado de
>> uma página (usando www::mechanize), o módulo esta até elegante, mas a
>> dinâmica dos resultados da página faz com que a expressão regular fure em
>> algum momento da análise. Devido essa dinâmica entendi que seria mais
>> "simples" transformar a página html em xml, o delicioso de tudo isso é que
>> não faço idéia de como fazer inicialmente. Se alguém souber como posso
>> fazer, poderia me dar alguma dica ou sugerir algum módulo  se não lhes
>> custar o tempo.
>>
>> A página
>> http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pte:PTT_17669
>>
>> Abraços,
>>
>> --
>> **
>> .: Inteligência Coletiva :.
>> Uma inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma
>> inicial. Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na
>> humanidade’. (Pierre Lévy)
>> www.cleysinho.blogspot.com
>> www.bioinfopop.ufv.br
>>
>> _______________________________________________
>> Rio-pm mailing list
>> Rio-pm em pm.org
>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
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Uma inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial.
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