[Rio-pm] script reiniciando

[Andre Carneiro]

A propósito, tem um módulo chamado BioPerl que você precisa conhecer.



http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Tools/Blast.pm



Cheers!

2010/7/26 Denilson Silva <denilsongv2 em hotmail.com>

>
>  Oi pessoal,
>
>  Estou com o seguinte problema:
> eu tenho um script perl que executa um programa através da função
>  system, este programa gera sua saída num arquivo, ai quando ele
> termina a execução eu imprimo o conteúdo do arquivo na página web,
> porém, quando a execução do programa é demorada o script não
> continua a execução após a chamada system, ele reinicia e depois
> termina.
>
> script resumido:
> ...
> my   $query = CGI->new;
> print $query->header;
> print $query->start_html("Resultado");
> *&executaBuscas();*
> print $query->end_html;
>
>
> sub executaBuscas{
> ....
>     if ( $query->param('ncbi') ) {
>         ...
>         print $query->h2(' Resultado NCBI');
>         &*NCBI*($arquivo_de_entrada, $ncbi_prog, $ncbi_base);
>     }
> ....
> }
>
> sub NCBI {
>
>     my $ncbi      = NCBI->new();
>     $arquivo_de_saida = "resultado.txt";
>     $ncbi->setResultado($arquivo_de_saida);
>     $ncbi->*consulta*();
>     $ncbi->exibeResultado(); * <- está linha não é executada quanda função
> consulta demora na chamada system*
> }
>
> consulta{
> ....
> *system*("/usr/local/blast/bin/blastall -p $programa -d  $pathbase -i
> $sequencia -o $resultado");
> ....
> }
>
> saída com erro (o script imprime o comando print $query->h2(' Resultado
> NCBI'); duas vezes) :
>
> Resultado NCBI
> Resultado NCBI
>
> saida correta:
>
> Resultado NCBI
>
> #conteúdo do arquivo
>
>
> *
> Se alguém puder ajudar ?*
>
>
>
> Desde já obrigado.
> Abraço.
> Denilson S. de Andrade
>
>
>
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André Garcia Carneiro
Analista/Desenvolvedor Perl
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