<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Thanks all, I'm out of practice. <DIV><BR class="khtml-block-placeholder"><DIV>So the error must be that the program that is calling this script is not getting the arguments to it. </DIV><DIV>The error message I get from the calling program (written in C) is</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">"Something wrong running command</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">/usr/local/genome/bin/findSequenceMatchesForConsed.perl</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">/usr/local/genome/consed_mac/assembly_view/edit_dir/assembly_view.fasta.screen.ace.1 -minmatch 30</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">-minscore 60  Unknown error: 0 (errno = 22)"</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>So this program thinks it is sending a filename and two parameters, but the perl script isn't getting them. </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>The script is in a dir that had a mode of 111 (only execute). That looks like the problem. I chmoded to allow reading and that fixed it.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Thanks,</DIV><DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>Tom K</DIV><DIV><A href="mailto:kellert@ohsu.edu">kellert@ohsu.edu</A></DIV><DIV>4-2442</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><BR><DIV><DIV>On Sep 19, 2006, at 11:26 AM, David E. Wheeler wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">On Sep 19, 2006, at 11:07, Thomas Keller wrote:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV> <BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">23:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>if ( $#ARGV &lt; 0 ) {</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">24:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>die $usage;</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">25:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>}</DIV> </BLOCKQUOTE><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Use this, instead:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">23:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>unless( @ARGV ) {</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">24:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>die $usage;</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">25:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>}</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">It's easier to read, too.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Best,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">David</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></DIV></BODY></HTML>