Resent to the email list, since my &quot;approval&quot; wasn&#39;t completed at time of post.<br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Mario Steele</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mario@ruby-im.net">mario@ruby-im.net</a>&gt;</span><br>
Date: Wed, Dec 3, 2008 at 7:33 AM<br>Subject: Re: [Omaha.pm] Fishing for GUI ideas...<br>To: Todd Christopher Hamilton &lt;<a href="mailto:netarttodd@gmail.com">netarttodd@gmail.com</a>&gt;<br>Cc: &quot;Perl Mongers of Omaha, Nebraska USA&quot; &lt;<a href="mailto:omaha-pm@pm.org">omaha-pm@pm.org</a>&gt;<br>
<br><br>We run into a similar problem as we have right now, and why our current method is static.&nbsp; We have 5 different strains in which we need to convert over into usable data.&nbsp; Each strain has different set of data, some similar, some not.&nbsp; We&#39;re looking specifically for the mutations, but also for markers of where the strain is found against our base comparison strain.<br>

<br>Currently, running out system as it is, the time it takes to generate the output, is quite long, see: <a href="http://clab.ist.unomaha.edu/CLAB/index.php/Talk:RT386#Profiling" target="_blank">http://clab.ist.unomaha.edu/CLAB/index.php/Talk:RT386#Profiling</a><br>

<br>The first test, is with a speed hack we had, that only loaded 1 strain of data into the mixer, and generated only a snipplet of the genetic code, that we could use for comparison of the design of the current output.&nbsp; EG to give us the best results, without running the same generation over and over and over again, awaiting the length that the second part gives us.&nbsp; Which, you can see from the second set of test results, how long it takes to render 5 strains of data, into usable HTML format.<br>

<br>Also, as a side note, I sent this in a previous email, but was not subscribed to the PM Email list, so I&#39;m re-posting it here, to save space. ;-)<div class="Ih2E3d"><br><br>SVG would never, ever hold up to the rendering of the millions of base
pairs that are generated from the blast output.&nbsp; I&#39;ve looked at that as
a possibility for graphical representation, and just the shear amount
of generated data from both blast, and our own HTML output is
demonstrated below:<br>
<br>blast_output size: 38m (All 5 strains blasted)<br>html size: 15 megs (give or take a few kilobytes for svn repo data, and images used in my tool you listed below)<br><br>SVG
would have a literal field day trying to load that much data up in the
scalable method, to zoom into the individual amplicons of the DNA
Strand, not counting all 5 that we are looking at.<br><br></div><div><div></div><div class="Wj3C7c"><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 3, 2008 at 7:25 AM, Todd Christopher Hamilton <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:netarttodd@gmail.com" target="_blank">netarttodd@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">xml is a great idea. I agree it might be to much to render but...what<br>
if you approached it like a large table. &nbsp;the million row table<br>
problem has (AFAICT) has been solved with the concept of pageing.<br>
paging like displaying only 50 rows of you million row table.<br>
<br>
what if you took a similar approach with your svg? each zoom level<br>
displays only what you need. &nbsp;new zoom requests (ajax) make a new<br>
query in the background.<br>
<div><div></div><div><br>
On 12/3/08, Jay Hannah &lt;<a href="mailto:jay@jays.net" target="_blank">jay@jays.net</a>&gt; wrote:<br>
&gt; On Dec 3, 2008, at 5:41 AM, Rob Townley wrote:<br>
&gt;&gt; Viral, Bacterial and ┐ribosomal? dna are usually in a circle.<br>
&gt;&gt; Normal human, but not mitochondrial DNA is a line.<br>
&gt;&gt; When i did research, most molecular biologists were only interested in<br>
&gt;&gt; circular dna because anything else was too big. &nbsp;Of course the human<br>
&gt;&gt; genetic code has been broken since then. &nbsp;It may not matter at all to<br>
&gt;&gt; your users...<br>
&gt;<br>
&gt; Ya. Whether or not they were looking at circular DNA our GUI would<br>
&gt; flatten it (as many tools do).<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; When i taught C++, a geneticist and i toyed with a circular rna<br>
&gt;&gt; explorer like interface using a cross platform gui toolkit application<br>
&gt;&gt; for the Mac and Windows.<br>
&gt;<br>
&gt; Oh? Did it survive? What&#39;s the name of that project?<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; On a tangent, i was wondering if svg could make it easier to do a<br>
&gt;&gt; circle. &nbsp; Scalable Vector Graphics defined in XML, maybe too much<br>
&gt;&gt; data.<br>
&gt;&gt; Or, using svg to make a line like interface similar to a disk<br>
&gt;&gt; defragging gui.<br>
&gt;<br>
&gt; Well, sidestepping the whole circular thing is my plan, so I don&#39;t<br>
&gt; have to deal with it. I&#39;d be very impressed if any SVG renderer could<br>
&gt; scale up to thousands of base pairs without choking horribly. &nbsp;:)<br>
&gt;<br>
&gt; Status update: Mario added an Javascripty (almost AJAXy) scroll bar<br>
&gt; to our tool:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://clab.ist.unomaha.edu/CLAB/index.php/RT386" target="_blank">http://clab.ist.unomaha.edu/CLAB/index.php/RT386</a><br>
&gt;<br>
&gt; j<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Omaha-pm mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Omaha-pm@pm.org" target="_blank">Omaha-pm@pm.org</a><br>
&gt; <a href="http://mail.pm.org/mailman/listinfo/omaha-pm" target="_blank">http://mail.pm.org/mailman/listinfo/omaha-pm</a><br>
&gt;<br>
<font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
Todd Christopher Hamilton<br>
(402) 660-2787<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">-- <br>Mario Steele<br><a href="http://www.trilake.net" target="_blank">http://www.trilake.net</a><br><a href="http://www.ruby-im.net" target="_blank">http://www.ruby-im.net</a><br>
<a href="http://rubyforge.org/projects/wxruby/" target="_blank">http://rubyforge.org/projects/wxruby/</a><br>
<a href="http://rubyforge.org/projects/wxride/" target="_blank">http://rubyforge.org/projects/wxride/</a><br>
</div></div></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Mario Steele<br><a href="http://www.trilake.net">http://www.trilake.net</a><br><a href="http://www.ruby-im.net">http://www.ruby-im.net</a><br><a href="http://rubyforge.org/projects/wxruby/">http://rubyforge.org/projects/wxruby/</a><br>
<a href="http://rubyforge.org/projects/wxride/">http://rubyforge.org/projects/wxride/</a><br>