Сделайте через переменные среды, например так:
my $libfoo = 'libfoo.a';
if (exists $ENV{LIBFOO} && -e $ENV{LIBFOO}) {
$libfoo = $ENV{LIBFOO};
}
my $libfooinc = '';
if (exists $ENV{LIBFOOINC} && -d $ENV{LIBFOOINC}) {
$libfooinc = '-I' . $ENV{LIBFOOINC};
}
...
WriteMakefile(
NAME => "Foo",
OBJECT => "Foo.o $libfoo",
INC => "-I. $libfooinc",
);