[Moscow.pm] "Perl -- за и против"

[Alessandro Gorohovski]

Grigory V.Sapunov <grigory.sapunov на gmail.com> писал(а) в своём письме Sat,  
01 Sep 2012 11:57:39 +0300:

>>>> еще - неизвестно насколько актуально в РФ, но много большой
>>>> биоинформатики крутится на перле #bioperl
>>>>
>>>>
>>>>  А, кстати, много?
>>>
>>> Есть чувство, что биоинформатики всё больше смотрят в сторону R и
>>> Bioconductor.
>>>
>>
>> Сомневаюсь.
>>
>> А факты можете привести?
>>
>>
> Исключительно впечатления из общения с биоинформатиками, а также  
> наблюдения
> за свежими инициативами в области. Вот недавний российский курс от Cold
> Spring Harbour Laboratory по анализу геномных данных, например, был  
> заявлен
> как построенный на базе R.
>
> Так что мне тоже интересны факты и цифры.
>
> Среди прочего мои сомнения основаны и на том, что орейлевская литература  
> по
> перлу и биоинформатике закончилась где-то с 10 лет назад. Зато в 2009 у  
> них
> была книга уже по питону и биоинформатике. И в 'R in a nutshell' 2009-го  
> же
> также есть глава по теме.
>
> А ваши сомнения на чём основаны?

Основаны на том, что для расшифровки RNA написано очень много кода на Perl
(не только известный bioperl)
и подавляющее большинство иностранных Web-ресурсов (например, NCBI)  
использует perl-scripts.

Думаю, выбор perl здесь не случаен --- основан на особенностях языка,  
оптимизированного
для работы с последовательностями символов (RNAseq, proteins, ...)

Я бы скорее согласился, что R является не заменой perl,
а дополнением и расширением в сторону статистики (биометрики).

Питон, скорее дань моде, изюминка.
:)

--
ANG