[Cascavel-pm] retirando dados de texto pra bd mysql...

[Luiz Gonzaga]

Gabriel, tente o seguinte (Nao executei, certamente existem erros. Considerei que voce jah tem a conexao com o banco de dados):

################################################################################
open ARQUIVO, "arquivo.txt";
while(<ARQUIVO>)
{
 if ($_ =~ />\w+\|\w+\|(.+\-\d+)\s(.+)/)
  {
    if ((defined $campo1) && (defined $campo4))
       {
         #comando para inserir os dados no banco. Quando for encontrada a segunda linha iniciando com ">", os dados da sequencia anterior serai inseridos.
       } 
    $campo1 = $1;
    $campo2 = $2; 
    $campo3 = $_;
    $campo4 = "";
  }
 else
  {
    $campo4 .= $_;
  }
}
#comando para inserir os dados no banco. Aqui serao inseridos os dados da ultima sequencia.

###############################################################################

Espero ter-lhe ajudado. 

Abracos, Luiz Gonzaga.
Laboratorio Nacional de Bioinformatica / Laboratorio Nacional de Computacao Cientifica.
lgonzaga em lncc.br



On Tue, 13 Apr 2004 14:43:42 -0300 (ART)
Gabriel Rodrigues <gabrielrodrigues06 em yahoo.com.br> wrote:

> Olá pessoal blz ? 
> 
> Tenho um arquivo com essas características...
> 
> >gnl|uv|J01749.1:1-4361-49 Cloning vector pBR322
> TTCTCATGTTTGACAGCTTATCATCGATAAGCTTTAATGCGGTAGTTTATCACAGTTAAATTGCTAACGC
> AGTCAGGCACCGTGTATGAAATCTAACAATGCGCTCATCGTCATCCTCGGCACCGTCACCCTGGATGCTG
> TAGGCATAGGCTTGGTTATGCCGGTACTGCCGGGCCTCTTGCGGGATATCGTCCATTCCGACAGCATCGC
> >gnl|uv|X66730.1:1-2687-49 B.bronchiseptica plasmid
> pBBR1 genes for mobilization and replication
> CTCGGGCCGTCTCTTGGGCTTGATCGGCCTTCTTGCGCATCTCACGCGCTCCTGCGGCGGCCTGTAGGGC
> AGGCTCATACCCCTGCCGAACCGCTTTTGTCAGCCGGTCGGCCACGGCTTCCGGCGTCTCAACGCGCTTT
> GAGATTCCCAGCTTTTCGGCCAATCCCTGCGGTGCATAGGCGCGTGGCTCGACCGCTTGCGGGCTGATGG
> .
> .
> .
> 
> gostaria de pegar antes de tudo o codigo que estah
> depois do segundo pipe '|' ateh o primeiro espaço que
> vier, mandando o mesmo para uma coluna no mysql...
> 
> depois pegar o que estiver depois do espaco e mandar
> para um outro campo no bd mysql...
> 
> Depois disso pegar estah mesma linha que inicia com
> '>' INTEIRA e enviar para uma outra coluna.
> 
> Em seguida tem que enviar todo o codigo que vem com as
> letras ACGT para um unico campo tipo binario. São
> todas as letras ateh a proxima entrada que começar com
> outro '>' que aí já não faz mais parte da sequencia
> antiga...
> 
> 
> obrigado
> 
> Gabriel Rodrigues
> 
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